2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 9. 6. 원고에게 한 2011년 제2기 부가가치세 가산세 OOOO원의 부과 처분을 취소한다.

가. 전자세금계산서의 발급

원고는 절삭공구 도매업을 영위하는 법인으로 주식회사 BBB(이하 'BBB'이라 한다)과 연동되는 주식회사 CC데이타서비스 {전자세금계산서 발급업무 대행사업자(ASP 사업자), 이하 'CC'이라 한다}를 통하여 전자세금계산서를 발급・신고하여 왔다.

나. 처분 등

(1) 원고는 2011. 10. 13. BBB 운영의 전자세금계산서 발급시스템(Enterprise Manager Professional, 약칭하여 'Entman-pro'라고도 한다, 이하 '발급시스템'이라 한다)을 통하여 국세청에 '작성일자: 2011. 9. 2.부터 2011. 9. 30.까지', '공급가액 합계 OOOO원'의 전자세금계산서 150건(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 전송하였다.

(2) 피고는 2012. 9. 6. 원고에게 "이 사건 세금계산서를 지연 발급하였다."는 이유로, 2011년 제2기 부가가치세 가산세(세금계산서 미발급) OOOO원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

(3) 원고는 2012. 12. 3. 심사청구를 제기하였는데, 2013. 2. 26. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 가산세 부과사유의 부존재

발급시스템은 거래업체에 전자세금계산서를 발급할 때 전자서명을 첨부되도록 설계되었는데, 2011. 8. 17.부터 국세청에 세금계산서 발급명세를 전송할 때 전자서명이 첨부되도록 변경된 점, 원고는 이러한 사실을 알지 못한 채 2011. 10. 10. 거래업체에 전자세금계산서를 발급하고, 같은 달 13. 국세청에 세금계산서 발급명세를 전송하였는데, 피고는 전자서명이 첨부된 같은 달 13.을 전자세금계산서 발급일로 본 점, 이는 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조의2 제6항 제1호에서 정한 "국세청장에게 다음달 15일까지 세금계산서 발급명세를 전송하여야 한다."는 규정에 위반하는 점 등을 고려할 때, 원고는 거래업체에 다음달 10. 이전에 세금계산서를 발급하고, 다음달 15. 이전에 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하였으므로, 이 사건 세금계산서는 지연 발급된 것으로 볼 수 없다.

(2) 가산세 감면의 정당한 사유

발급시스템의 변경사실을 알지 못한 점, 다음달 10. 이전에 이메일로 거래업체에 세금계산서를 발급한 점 등을 고려할 때, 가산세 부과사유가 있더라도, 국세기본법 제48조에서 규정된 가산세 감면의 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 평등원칙 위반

발급시스템을 이용한 업체들 중 약 10%가 전자세금계산서를 지연 발급하였는데도, 원고에게만 가산세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 평등원칙을 위반하여 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 전자세금계산서의 발급 절차 등

(가) 2011. 8. 17. 발급시스템의 변경 전후로 ASP 사업자를 통한 전자세금계산서의 발급 절차는 아래와 같다.

○ 2011. 8. 17. 변경 전

발급시스템에 등록한 아이디와 비밀번호로 로그인 → 특정 거래업체와 일정 기간을 정하면 해당 기간의 특정 거래업체에 대한 거래내용이 1장의 전자세금계산서로 출력 → 전자세금계산서 발행 선택 → 거래 상대방에게 이메일로 전자세금계산서 발송(전자서명 첨부) → 국세청 신고

○ 2011. 8. 17. 변경 후

발급시스템에 등록한 아이디와 비밀번호로 로그인 → 특정 거래업체와 일정 기간을 정하면 해당 기간의 특정 거래업체에 대한 거래내용이 1장의 전자세금계산서로 출력 → 전자세금계산서 임시발행 선택(발급 내용 확인) → 국세청 신고(전자서명 첨부): "임시발행시 '신고'에 체크하면 발급 즉시 국세청 신고가 됩니다. 국세청 전송(신고)일이 발급일이 되고 있어 익월 7일까지는 반드시 국세청 전송(신고)를 하시기 바라며, [자료 비교] 후 신고바랍니다. ★★ 전자세금계산서 발급일은 익월 10일까지이지만, 전송(신고) 후 신고 실패될 수 있으므로, 이를 방지하기 위해 '익월 7일까지'는 반드시 국세청 전송(신고)를 해주시기 바랍니다(※신고실패: 전자세금계산서 미발급 상태이며, 가산세 부과대상임)."이라는 안내문이 화면에 표시

(나) 원고는 2011. 9. 2.부터 2011. 10. 10.까지 발급시스템에서 전자세금계산서(작성일자: 2011. 9. 2.부터 2011. 9. 30.까지)를 작성하여 거래처에 이메일로 전송하였고, 2011. 10. 13. 발급시스템에서 국세청으로 세금계산서 발급명세를 전송하였다.

(2) 국세청의 행정지도

(가) 국세청은 2011. 5.경부터 ASP 사업자에게 전자세금계산서 발급과 동시에 자동으로 발급내역이 일 단위로 전송되는 발급시스템을 설치하도록 행정지도 하였다.

(나) 부가가치세법 시행령 제53조의2에 규정된 전자세금계산서의 국세청 전송일은 아래와 같은 취지에 따라 2012. 2. 2. 대통령령 제23595호(2012. 7. 1. 시행)로 개정되면서 종전의 '전자세금계산서 작성연월일이 속하는 달의 다음달 15일'에서 '전자세금계산서 발급일의 다음 날'로 개정되었다.

○ 전송기한 단축을 통한 전자세금계산서 발급제도의 실효성 제고

○ 세금계산서 발급기한과 전송기한 차이를 줄여 전송기한 내 거래내역을 조작할 가능성을 줄임(월 초 발급시 최대 45일 차이 발생하여 기재내용 임의조정 가능성 상존)

○ 발급기한과 전송기한 분리 운영에 따라 무지 등 담당자 실수 등에 의해 가산세를 부과받는 사례 등을 방지

(3) BBB의 소명 공문

BBB은 2011. 10. 20. 원고에게 아래와 같은 '전자세금계산서 지연발급 가산세 소명 신청의 건'이라는 공문을 송부하였다.

○ 귀사에서 발행한 2011년 8월분과 9월분 전자세금계산서가 시스템 변경에 따라 9. 15.과 10. 15. 발급됨으로 인하여 지연발급 가산세 대상이 되므로, 가산세 납부를 소명하기 위한 공문입니다.

○ Entman-pro 전자세금계산서 시스템 변경 사항

① 귀사에서 사용하는 Entman-pro 프로그램은 전자세금계산서 발행시 이메일로 발행을 하여 상호 확인 후 국세청에 신고를 하게 되며, BBB 전자세금계산서는 CC과 연동되어 발급・전송됩니다.

② 정책적으로 시행된 전자세금계산서가 국세청에서 각 ASP사업자로 고시한 내용(2011. 5. 2. 시행되는 고시에 따라 '발행 즉시 국세청에 전송')으로 시스템이 8. 17.자로 변경되었습니다.

③ 시스템 변경 후 국세청 신고시 전자서명을 xml 파일에 포함하여 "국세청 신고일=발행일"이나, 과거(2011. 8. 17. 이전)에는 이메일 전송시에 전자서명을 xml 파일에 포함하여 이메일 전송일이 발행일이었습니다.

○ 소명 신청 대상 자료

전자세금계산서를 10일까지 발행하고 15일까지 국세청에 신고한 건은 소명 신청 대상이 됩니다. 그러나 11일부터 발행하여 15일까지 국세청 신고한 건은 사용자의 과실이 포함되어 있으므로, 소명신청 대상에서 제외됩니다.

(4) BBB의 공지사항 안내 등

(가) BBB은 2011. 5. 3. 홈페이지의 공지사항에 '전자세금계산서 국세청 전송안내'라는 제목으로 아래와 같이 공지하였다.

○ 5. 2. 시행되는 '전자세금계산서 시스템을 구축・운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시'에 따라 아래와 같은 사항을 안내 드립니다.

★ 5. 2. 시행되는 고시에 따라 발행 즉시 국세청에 전송해 주시기 바랍니다.

① 국세청 전송은 발행 즉시 해주시기 바라며, 불가피한 경우 익월 7일 이전까지 전송해 주시기 바랍니다(국세청에서는 즉시 전송을 권장하고 있습니다).

- 전자세금계산서 발행 및 국세청신고는 익월 10일까지입니다.

이후 실패나 오류로 인하여 재발행하는 경우는 가산세 대상이 되므로, 7일 이전까지 발행을 권장합니다.

- 지연 발행, 지연 전송은 발행 즉시 전송하지 않아 발생하는 경우가 대부분입니다.

기존에는 명문화된 규정이 없어서 전자세금계산서 발행 이후 국세청 전송을 하여야 함에도, 지속적으로 지연 발행 또는 지연 전송 등으로 인하여 가산세 대상이 되고 있는 고객분들이 있어 개정된 고시에서는 지연 발행, 지연 전송을 막고자 발행 즉시 전송 원칙을 세워두고 있습니다.

○ 위와 같은 사항은 5. 2. 개정된 고시에 따라 시행되는 것이므로, 고객분들의 협조 부탁드립니다.

(나) BBB은 2011. 10. 6. 홈페이지의 공지사항에 '전자세금계산서 국세청 신고

기한 재안내'라는 제목으로 아래와 같이 공지하였다.

○ Entman-pro 프로그램을 사용하는 많은 사업자가 전자계산서 '국세청 신고기한'에 대해 착오를 일으키고 있어 이에 대해 다시 한번 공지합니다.

① 법인사업자는 2011. 11. 1.부터 반드시 전자세금계산서를 발행하여 전송하여야 함.

② 전자세금계산서와 관련된 가산세

가산세 구분

내용

가산세율

미발급 가산세

전자세금계산서 미발급 또는 종이발급(=수기발급)

2.0%

지연발급 가산세

공급시기가 속하는 다음달 10일이 지나서 발급 (공급받는 자에게도 동일하게 1%의 지연수취 가산세가 부과됨

1%

지연수취 가산세

공급시기가 속하는 다음달 10일이 지나서 수취

1%

미전송 가산세

공급시기가 속하는 과세기간 다음달 15일까지 미전송

0.3%

지연전송 가산세

공급시기가 속하는 과세기간 다음달 16일 이후 과세기간 다음달 15일까지 전송

0.1%

A. 국세청 전송기한: 익월 10일까지 전송

- 프로그램에서 전자계산서 전송시 E-MAIL로만 발송이 되며, 전자서명이 미첨부된 전자계산서가 발송이 됩니다. 국세청 신고시 전자서명이 첨부・발행되어 국세청 전송한 날짜가 '전자계산서 발행일'이 되므로, 익월 10일까지 반드시 국세청 신고를 해주시기 바랍니다.

♣ 국세청 'e-sero: 발급일=전송일' 보여짐.

※ 국세청에서는 발행 즉시 국세청에 전송을 권장하고 있습니다.

○ 위와 같은 사항은 5. 2. 개정된 고시(발행 즉시 전송)에 따라 시행되는 것이므로, 자세한 사항은 BBB으로 연락바랍니다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 5호증, 을 제3 내지 7호증(가지번호 각 포함)의 각 기재, 이 법원의 BBB에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 가산세 부과사유의 부존재에 관하여

(가) 부가가치세법 시행령 제54조 제1항 제3호는 "관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일자를 작성연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 발급할 수 있다."고, 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제3항, 동 시행령 제53조의2 제6항 제1호는 이러한 경우에 "법인사업자가 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 전자세금계산서 작성연월일이 속하는 달의 다음달 15일까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다."고 규정하고 있다.

한편, 부가가치세법 제16조 제2항 본문은 "대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서를 발급하여야 한다."고, 제7항은 "세금계산서의 작성ㆍ발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."고 규정하고, 동 시행령 제53조의2 제4항은 "대통령령으로 정하는 전자적 방법이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 같은 조 제1항 각 호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급하는 것을 말한다."고 규정하고 있다.

위 각 규정에 비추어 보면, 전자세금계산서는 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 공인인증시스템을 거쳐 정보통신망으로 발급되어야 하고(즉, 전자서명이 첨부되어야 한다), 다음달 15일까지 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송하여야 한다.

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, 원고는 거래업체에 이메일로 전자세금계산서를 발급하였다고 하나, 발급시스템의 변경으로 전자서명이 첨부되지 아니하였고, 이는 부가가치세법령에서 정한 방식의 발급이 아니므로, 그 효력을 주장할 수 없다. 따라서 전자서명이 첨부된 2011. 10. 13.에서야 전자세금계산서의 발급 효력이 발생한다.

한편, 부가가치세법 시행령 제53조의2 제6항 제1호는 "국세청장에게 다음달 15일까지 세금계산서 발급명세를 전송"하도록 규정한 것에 불과하고, 이로 인하여 세금계산서 발급일 자체가 연장되는 것이 아닌 점, 동 시행령은 2012. 2. 2. '발급일의 다음날까지' 전송하도록 개정되어 발급일과 전송일 사이의 간격을 줄였을 뿐인 점 등을 고려할 때, 부가가치세법 시행령상의 규정만으로 전자세금계산서의 발급 효력일을 다툴 수 없다.

(2) 가산세 감면의 정당한 사유에 관하여

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대, ① 부가가치세법 시행령 제53조의2 개정취지(을 제4호증)에 의하면 "국세청은 ASP 및 ERP 사업자에 대하여 전자세금계산서 발급과 동시에 자동으로 그 발급내역이 일단위로 전송되는 시스템을 설치하도록 각 사업자에 대하여 지도할 예정"이라는 문구가 기재되어 있고, BBB도 부가가치세법 시행령의 시행일인 2012. 7. 1.에 앞서 발급시스템을 변경한 점, 원고는 부가가치세법 시행령 제53조의2 제4항에서 정한 방법 중 BBB을 선택하여 전자세금계산서를 발행하고 있으므로, 발급시스템의 작동방식을 제대로 인식하고 있어야 하는 점, ② BBB은 홈페이지 공지사항을 통하여 이 사건 세금계산서 발급 전 2차례(2011. 5. 3.과 2011. 10. 6.)에 걸쳐 "국세청에 전자세금계산서 발행 즉시 전송하기 바라고, 국세청 신고기한은 다음달 10일까지이다."고 공지한 점, 임시 전자세금계산서 출력화면에서도 "국세청 전송(신고)일이 발급일이 되고, 전자세금계산서 발급일은 다음달 10일까지이지만, 전송 실패 등을 감안하여 다음달 7일까지는 반드시 국세청 전송(신고)을 하라."고 공지된 점, 발급시스템을 이용할 경우 BBB의 홈페이지 공지사항과 임시 전자세금계산서 출력화면을 열람하게 되는 점, ③ BBB의 2011. 10. 20.자 공문에도 "11일부터 발행하여 15일까지 국세청에 신고한 건은 사용자의 과실이 포함되어 있으므로, 소명 신청 대상에서 제외된다."고 기재되어 있는 점, ④ 발급시스템은 2011. 8. 17.부터 이전과 달리 거래업체에 대한 전자세금계산서는 임시발행만 되고, 국세청 신고시 전자서명이 첨부되므로, 원고가 이 사건 세금계산서 발행시 이전과 발행방법이 다르다는 사정을 알았다고 보이는 점 등을 고려할 때, 원고가 발급시스템상 발급일이 '이메일 전송일'에서 '국세청 전송일'로 변경된 사실을 인지하지 못하였다 하더라도, 변경 사실을 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있다고 볼 수 없으므로, 원고에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 존재하지 아니한다.

(3) 평등원칙 위반에 관하여

이 법원의 BBB에 대한 사실조회 결과만으로는 전자세금계산서를 지연 발급한 업체들에게 가산세가 부과되지 아니한 사실을 인정하기 부족한 점, 달리 원고만을 차별하여 가산세를 부과하였다고 볼 증거가 없는 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분에 평등원칙을 위반한 위법이 없다.

(4) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서는 발급시기를 경과하여 발급되었으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.