2. 피고가 2011. 7. 1. 원고에...

가. 원고는 2006년 1월경 당시 비상장법인인 B 주식회사(2010. 1. 20. C 주식회사로 상호가 변경되었다. 이하 ‘소외 회사’라 한다)의 발행주식 5,000주(발행주식 총수의 100%)를 보유하고 있었다.

나. 원고는 2006. 2. 27. 아래 표와 같이 특수관계자인 D 등 8인(이하 ‘D 등’이라 한다)에게 소외 회사 주식 합계 4,182주(발행주식 총수의 83.64%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 액면가인 주당 10,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

성명 관계 양도주식수(주) 양도가액(원) 지분율(%) D 누나 817 8,170,000 16.34 E 외사촌 548 5,480,000 10.96 F 〃 548 5,480,000 10.96 G 〃 391 3,910,000 7.82 H 〃 391 3,910,000 7.82 I 〃 391 3,910,000 7.82 J 〃 548 5,480,000 10.96 K 〃 548 5,480,000 10.96 합계 4,182 41,820,000 83.64

다. 원고의 조부인 L은 2006. 2. 28. 소외 회사에게 서울 관악구 M 대 2,112㎡ 및 지상 3층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 증여하고, 2006. 3. 3. 소외 회사 명의로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 라.

소외 회사는 이 사건 부동산을 증여받은 데 대하여 자산수증이익 6,379,127,750원을 익금에 산입하여 2006 사업연도 법인세 1,567,990,230원을 신고납부하였다.

마. 서울지방국세청장은 2011년 4월경 소외 회사에 대한 주식변동조사를 실시하여 이 사건 주식의 양도에 관하여 특수관계자 사이의 비상장주식 저가양도에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 양도인인 원고에게 양도소득세를 과세하고, 이 사건 양도가액과 소외 회사 주식을 보충적 평가방법에 의해 평가한 가액과의 차액을 저가양도에 따른 증여이익으로 보아 양수인인 D 등에게 증여세를 과세하며, 소외 회사가 이 사건 부동산을 증여받음에 따른 원고의 주식 가치 증가분에...