2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 1. 4.부터 ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지에서 '○○'이라는 상호로 귀금속장신구 도·소매업을 영위하여 오고 있다.

나. 원고는 별지 세금계산서 내역 표 기재와 같이, 2003년 1기에 ① 주식회사 ○○주얼리(이하 '○○주얼리'라 한다)로부터 총 공급가액 144,293,280원 상당의 매입세금계산서 7매(순번 1 내지 7), ② ○○○골드 주식회사(이하 '○○○골드'라 한다)로부터 총 공급가액 32,399,932원 상당의 매입세금계산서 3매(순번 8 내지 10), 2004년 1기에 ③ 주식회사 ○○○○(이하 '○○○○'이라 한다)로부터 총 공급가액 10,100,000원 상당의 매입세금계산서 3매를 각 교부받아(순번 11 내지 13, 이하 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다) 각 해당기간의 종합소득세 신고 시 위 공급가액을 필요경비로 산입하였다.

다. 그런데 피고는 이 사건 세금계산서가 모두 실물거래 없이 교부받은 가공의 세금계산서라고 보아 그 해당 금액을 필요경비에서 제외하였고, 2006. 3. 2. 원고에게 2003년도 귀속 종합소득세 83,063,970원, 2004년도 귀속 종합소득세 2,357,380원의 부과하는 처분(이하 '이 사건 부과처분'이라고 한다)을 하였다.

인정 근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 갑 제2호증, 갑 제10호증의 6, 7, 9, 13, 18, 20, 22, 25, 34, 35, 갑 제16호증의 1 내지3, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○주얼리, ○○○골드 및 ○○○○에서 이 사건 세금계산서 상당 금액을 실제로 지급하고 지금을 매입하여 이를 ○○, ○○, ○○, ○○ 등에 판매하여 왔을 뿐이므로, 이 사건 세금계산서 상의 거래가 모두 가공거래임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) ○○주얼리는 2002. 2. 18. 홍○○이 설립한 법인으로 설립시부터 2003. 4. 18. 폐업시까지 3기 과세기간 동안 1기 당 각 1개의 거래처에서만 집중적으로 지금을 매입하였다고 신고하였으나, 매입처로 되어 있는 ○○, ○○, ○○는 위 기간 중 아무런 매입자료나 지금 운송에 관한 자료가 없는 업체로서 자료상으로 확정되어 모두 고발 조치되었다.

(2) ○○세무서장은 ○○주얼리 역시 지금을 실제로 공급받거나 공급한 사실 없이 수수료만 받고 매출처로부터 송금받은 자금을 매입처로 이체하는 단순 금융거래만을 한 자료상으로 보아 ○○주얼리 법인 및 대표자 홍○○ 개인을 모두 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였는데, 그 범죄 사실 중에서 원고에게 교부한 이 사건 세금계산서(순번 1 내지 7)가 포함되어 있다.

(3) ○○○골드는 사실상 조○○가 운영하는 회사로서 그 명의상 대표자는 조○○의 동생 조○○인데, ○○○○지방검찰청 검사는 2005. 2. 4. ○○○○지방법원에 조○○, 조○○이 공모하여 2002. 7. 22.부터 2003. 8. 1. 사이의 기간 동안 ○○주얼리 등으로부터 536회에 걸쳐 합계 164,638,896,150원 상당의 허위의 매입세금계산서를 교부받고, 2002. 7. 22.부터 2003. 11. 28.부터 원고를 비롯한 주식회사 ○○○○ 등에게 3,730회에 걸쳐 합계 165,083,022,700원 상당의 허위의 매출세금계산서를 발행·교부하였다는 조세범처벌법위반 혐의 등으로 기소하였고{위 허위의 매출세금계산서 발행내역에 이 사건 세금계산서(순번 8 내지 10)도 포함되어 있다}, 위 법원은 2005. 12. 15. 위 부분 공소사실을 모두 인정하여 다른 범죄사실과 합하여 조○○에 대하여 징역 3년을, 조○○에 대하여 징역 8월에 집행유예 2년을 선고하였다{○○○○지방법원 2004고합368, 2005고합2(병합), 2005고합42(병합), 2005고합49(병합) 사건}.

(4) 한편 조○○는 위 판결에 불복하여 ○○고등법원 2006노62(분리)호로 항소하면서 ○○○골드는 완전한 자료상이 아니라 주식회사 ○○○○○, ○○○○ 주식회사 등과의 248건에 해당하는 일부 매입 및 매출 거래 부분은 허위임을 인정할 증거가 없다는 이유로 일부 무죄를 선고하였으나, 원고에 대한 이 사건 세금계산서(순번 8 내지 10) 거래 내역은 조○○가 위와 같이 실물거래로 주장한 부분이나 위 판결 중 무죄 부분에는 포함되어 있지 않다.

(5) ○○○○는 이○○이 2001. 2. 10. 설립한 법인으로 2004. 10.경 폐업하였는데, 이○○은 회사의 외형을 부풀려 코스닥 등록 및 은행대출을 받기 위하하여 귀금속 판매상 등으로부터 발행금액의 4%를 수수료로 받고 실물거래 없이 가공세금계산서를 발행하여 오다가 세무조사 착수 직후인 2004. 10. 22. 거액의 부도를 내고 도주하였으며, 2004. 12. 21. 위 회사 총무팀 과장 신○○은, 원고에게 발행한 이 사건 세금계산서(별재 순번 11 내지 13)가 실물거래 없이 발행한 허위의 세금계산서임을 확인하였다.

(6) 한편 원고는 이 사건 부과처분에 대한 과세전 적부심사 당시 원고 명의의 입금내역이 있는 ○○주얼리 명의의 통장 사본을 제출하였으나 그에 상응하는 원고의 원천자금 내역은 제출하지 못하였고, ○○○골드나 ○○○○에 대하여는 대금 지급과 관련된 자료를 전혀 제출하지 못하였다.

인정 근거을 제2, 3호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제7호증, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9호증의 1 내지 을 제18호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있으므로, 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이나, 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에는 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위에서 인정한 바와 같이 ○○주얼리와 대표 홍○○이 이 사건 세금계산서(순번 1 내지 7)를 비롯한 가공 세금계산서를 교부한 혐의로 형사 고발된 점, ○○○골드의 실질 대표자 조○○가 이 사건 세금계산서(순번 8 내지 10) 교부가 포함된 범죄사실에 대하여 유죄판결을 선고받았으며, ○○○○ 직원 신○○이 세무조사 당시 이 사건 세금계산서(순번 11 내지 13)가 가공 세금계산서임을 확인하였던 점 등에 비추어 볼 때 원고가 ○○주얼리, ○○○골드, ○○○○로부터 교부받은 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점과 원고가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다 할 것이므로, 원고로서는 이 사건 세금계산서 상의 금액이 실제로 지출되었다는 점을 증명할 필요가 있다 할 것인데, 원고의 주장에 부합하는 갑 제15호증의 기재 및 증인 공○○의 증언은 믿기 어렵고, 갑 제5호증 내지 갑 제14호증의 각 기재만으로는 원고와 ○○주얼리, ○○○골드, ○○○○와의 사이에 실제 거래가 있었다고 보기에 부족하며, 달리 이 점을 인정할 만한 증거가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.