가. 원고는 1990. 4. 10. 보건복지가족부장관으로부터 민법 제32조 및 보건복지가족부 및 그 소속청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조 규정에 의하여 제반 지시사항의 준수를 조건으로 법인설립허가를 받은 비영리사단법인이다.

이후 원고에 대한 소관 주무관청이 식품의약품안전처로 변경됨에 따라 원고는 2013. 12. 30. 식품의약품안전처장으로부터 ‘즉석 판매제조가공업 중 떡류를 제조가공하는 영업자의 권익보호’를 사업내용으로 하여 민법 제32조, 식품위생법 제59조 및 식품의약품안전처 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제4조의 규정에 의하여 법인설립 허가를 받았다.

나. 피고는 원고에 대한 서면확인 결과, 원고가 2012 사업연도에 한국농수산식품유통공사(이하 ‘유통공사’라 한다)로부터 B 5,100,000kg 을 9,690,000,000원에 매입하여 이를 원고 소속 약 13,000개 회원사들에게 10,732,766,400원에 판매(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)하였음에도 위 판매금액에 대하여 매출계산서를 발급하지 아니하고 법인세 신고 시 수입금액에서 누락하였다고 보아 2018. 2. 1. 원고에게 2012 사업연도 법인세 522,060,520원(일반과소신고 가산세 18,855,878원, 납부불성실 가산세 99,967,319원, 계산서미발급 가산세 214,655,328원 포함)을 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 당초처분’이라 한다). 다.

원고는 이 사건 당초처분에 불복하여 2018. 3. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 5. 3. ‘계산서미발급 가산세에 대하여 국세기본법 제49조 제1항 제2호에 따른 가산세 한도규정을 적용하여 그 세액을 경정하라’는 취지로 원고의 청구를 일부 인용하고 나머지 부분은 기각하는 결정을 하였다. 라.

피고는 2019. 5....

참조조문