함)의 부과처분 중 135,718,070원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 원고는 농업협동조합법에 근거하여 축산관련 농업인을 조합원으로 하여 품목별조합으로 설립된 세법상 비영리법인으로, 수익사업으로 상호금융업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 구 조세특례제한법(2011. 3. 9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제72조에 따라 당기순이익 과세방법을 선택하여 피고에게 법인세를 신고・납부하였으나, 피고는 원고의 2010 사업연도 결산재무제표상 대손충당금 적립액 43,387백만 원 중 12,630백만 원이 기업회계기준에 위배하여 과다하게 적립한 것으로 보고, 이를 원고의 2010 사업연도 결산재무제표상 법인세차감전 당기순이익에서 손금불산입한 다음, 2014. 7. 1. 원고에게 2010 사업연도 법인세 1,649,351,700원 을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나2015. 12. 7. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 기재(가지번호 포함, 이하 같다),

변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 원고

1) 결산재무제표상의 당기순이익을 법인세 과세표준으로 규정한 조세특례제한법 제72조의 입법취지 등을 고려할 때, 조세특례제한법상 대손충당금의 한도를 제한하는 규정이 없음에도 불구하고 과세관청인 피고가 임의로 원고가 기업회계기준에 따라 적립한 대손충당금을 과다적립액으로 보고 법인세법 규정에 따른 한도초과액을 손금불산입하는 세무조정을 한 것은 법률상 근거가 없으므로 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이다.

2) 농협중앙회가 2009. 8. 17. 원고 등 그 소속의 상호금융업을 영위하는 지역 농・축협 등에 보냈던 '신용대손충당금 설정방법 및 유의사항 알림'(이하 '이 사건 알림'이라 한다)에 따라 원고는 대손충당금 적립률을 은행권 수준으로 유지할 필요가 있었던 점, 이 사건 알림에 따르면 상호금융감독규정상 적립요구액(하한기준)의 400% ~ 600%가 은행권 대손충당금 적립률 100%와 비슷한 정도이므로, 원고가 2010년도에 위 상호금융감독규정상 대손충당금 적립요구액 대비 469%를 적립한 것은 기업회계기준에 따른 적정한 것인 점, 원고의 2010년도 결산재무제표에 대한 외부감사인 역시 위 결산 재무제표상 대손충당금 적립률에 관하여 적정의견을 표시하였던 점 등에 비추어 보면, 원고의 2010 사업연도 결산재무제표는 기업회계기준에 따라 적정하게 작성된 것이다. 한편, 과세관청인 피고로서는 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임을 부담하므로, 원고의 2010 사업연도 결산재무제표가 명백하게 기업회계기준 또는 관행에 위배된다는 점을 입증하여야 하나, 그러한 입증이 없으므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 피고

1) 피고는 원고가 대손충당금을 기업회계기준에 따라 적정하게 계상하지 아니함으로써 결산재무제표상의 당기순이익에 관한 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 법인세법 제66조 제2항 제1호1)에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것일 뿐 기업회계기준에 따라 적정하게 작성된 결산재무제표상의 당기순이익에 대하여 추가적인 세무조정을 하려는 것이 아니다.

2) 원고가 2010년도에 설정한 대손충당금 43,387백만 원은 감독규정2)에 따른 요적립액 하한기준의 469%, 자체 리스크관리위원회 기준의 227.5%에 해당하는바, 이는 기업회계기준이 정한 기준에 비추어 과다계상된 것이라고 볼 수밖에 없다. 따라서 피고는 원고가 2009년도에 대손충당금 적립에 사용한 산정 방법이 기업회계기준에 비추어 허용할 수 있는 최대한의 기준이라고 판단하여 그와 같은 산식으로 산정한 307억원 상당을 적정한 기업회계기준에 따른 대손충당금 적립의 상한금액으로 보고, 그 차액 상당인 12,630백만 원을 과다적립한 것으로 보아 이에 대하여 법인세를 부과한 것이다. 따라서 이 사건 처분은 정당하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계법령 및 기업회계기준

별지 기재와 같다.

나. 쟁점의 정리

1) 먼저 원고는, 이 사건 처분은 법률적 근거가 없는 것이어서 조세법률주의에 위배된다고 주장하고 있으나, 피고의 주장과 같이 과세관청으로서는 법인세법 제66조 제2항 제1호에 근거하여 법인세 신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정할 수 있으므로, 원고의 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있음이 확인되는 경우에는 피고가 원고의 법인세 과세표준과 세액을 경정할 수 있다고 할 것이다.

2) 그러나 피고는 원고가 작성한 2010년 결산재무제표에 계상된 대손충당금 43,387백만 원이 기업회계기준에 위배되어 과다계상되었다는 것을 전제로 하여 이 사건 처분을 한 것이므로, 아래에서는 원고가 2010년 결산재무제표에 계상한 대손충당금43,387백만 원이 피고의 주장과 같이 기업회계기준이 정한 범위를 초과하여 과다계상된 것인지 여부에 관하여 판단하기로 한다.

다. 판단

1) 인정사실

가) 신용사업을 영위하는 조합법인은 구 상호금융업감독규정(2012. 2. 17. 금융위원회고시 제2012-5호로 개정되기 전의 것) 제12조와 구 상호금융업감독업무 시행세칙(2012. 5. 24. 개정되기 전의 것) 제12조 및 별표 5에 따라 산출된 대손충당금 요적립잔액 이상을 결산재무제표상 대손충당금 잔액으로 유지하여야 하는데, 그 방식은 아래 <표1>과 같고, 위 대손충당금 요적립잔액은 금융감독원이 금융기관의 자산건전성을 확보하기 위하여 부여한 결산재무제표상 최소한의 대손충당금 설정기준에 해당한다.

나) 원고의 리스크관리위원회는 2006. 9. 18. 대출자산의 부실화 등 위험을 대비하여 아래 <표 2>와 같이 채권 건전성별 대손충당금 요적립률을 상향하여 자산건전성강화를 도모하는 것으로 의결하였다.

다) 농협중앙회는 2009. 8. 17. 원고를 비롯한 하위 각 지역조합에 이 사건 알림을 통하여 '상호금융의 채무자 신용등급이 은행보다 낮아 예상손실율이 더 높음에도 불구하고 상호금융업감독규정상의 건전성분류기준이 은행업감독규정보다 완화되어 있으므로, 여건이 되는 사무소는 경험손실율 및 향후 예상손실율을 반영하여 대손충당금을 현재 적립액의 2배 이상 충분히 설정하라'고 통보하였다.

라) 농협중앙회는 2010. 12. 28. 원고를 비롯한 하위 각 지역조합에 '부실채권증가에 따른 대손충당금 설정 철저'라는 제목의 공문을 통하여 아래 <표 3>과 같은 결정요인을 고려하여 객관적이고 합리적인 대손추산액을 결정하도록 통보하였다.

마) 원고는 위와 같은 기준에 따라 2010 사업연도 결산재무제표 작성시, ① 대출채권의 건전성 분류에 따른 대손충당금 요적립잔액을 대손충당금비율 100%로 계산한 후, 원고의 전기 대손충당금 비율인 161.31%를 반영하여 요적립 대손충당금 3,000백만 원을 추가로 적립하고, ② 2010년도 말 현재 신규로 연체가 발생한 대출채권의 건전성분류를 '고정'으로 재분류한 후 50%에 대하여 전기 대손충당금 비율인 161.31%를 반영한 3,050백만 원을 추가로 적립한 다음, ③ 가장 최근의 월별 평균연체비율인 2.33%와 최고연체비율인 3.07%를 감안하여 2011년 예상연체비율인 2.7%를 산정하고 그에 대한 대손충당금인 9,580백만 원을 추가로 적립하여 합계 15,630백만 원의 대손충당금을 적립하였다.

바) 원고의 2008년부터 2010년까지 회계연도말 대손충당금 적립액 현황을 자체리스크관리위원회의 적립요구액 및 위 가)항에 따른 상호금융감독규정상 최소적립요구액과 비교하면 아래 <표 4>와 같다.

사) 외부감사인인 회계법인이촌은 원고의 2010년도 결산재무제표에 대하여 회계감사를 실시한 후 2011. 1. 14. 결산재무제표가 원고의 재무상태를 회계처리기준에 따라 적정하게 표시하고 있다는 감사의견을 표명하였다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제6 내지 9, 15, 22호증, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

앞서 든 증거와 갑 제4, 5, 10 내지 14, 17 내지 21호증, 을 제5호증의 각 기재, 증인 신연재의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거들만으로는 원고가 2010년 결산재무제표 작성시 상호금융감독규정상 대손충당금 적립요구액 대비 469%인 43,387백만 원의 대손충당금을 적립하도록 회계처리한 것이 일반적인 기업회계기준이나 관행에 명백히 어긋난 것이라고는 인정할 수 없으므로, 그와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

가) 기업회계는 국가의 재정조달 및 적정과세를 목적으로 세법에 의한 과세소득을 산정하는 세무회계와 달리 기업정보의 이용자가 합리적인 의사결정을 할 수 있도록 재무자료를 일반적으로 인정된 회계원칙에 따라 처리하여 유용하고 적정한 정보를 제공할 목적으로 재무제표를 작성하는 것으로서 서로 다른 목적을 가지고 있으며, 이러한 목적의 차이는 기업회계기준과 법인세법 사이에 당기순이익이나 과세소득을 보고함에 있어 경영자의 재량적 판단을 어느 정도 허용할 것인가에 있어 큰 차이를 가져온다. 기업회계기준은 경영자의 재량적 판단영역을 폭넓게 인정하는 반면, 법인세법은 대손충당금, 업무무관경비, 과다경비, 접대비 등과 관련하여 엄격한 규정을 두고 있다. 그런데, 1981. 12. 31. 전면개정되어 1982. 1. 1.부터 시행된 구 조세감면규제법은, 조합법인에 법인세를 부과하되 조합법인의 기장능력이 부족한 점을 감안하여 별도의 세무조정 없이 결산재무제표상의 당기순이익을 그대로 법인세 과세표준으로 하는 특례(제9조)를 규정하였고, 구 조세감면규제법이 1998. 12. 28.(1999. 1. 1. 시행) 조세특례제한법으로 전면개정되면서 위 조항은 조세특례제한법 72조로 이전되었는데, 2000. 12. 29. 개정된 조세특례제한법 제72조는 기부금과 접대비 지출에 대해서만 법인세법 규정에 따라 세무조정을 하여 조합법인의 법인세 과세표준을 산정하도록 개정되었다(한편, 위 조항은 2013. 1. 1. 중소기업과의 과세형평 제고를 위하여 조합법인의 결산재무제표상의 당기순이익에 기부금, 접대비 세무조정 외에도 인건비・복리후생비 등 과다경비, 업무무관비용, 차입금 지급이자, 구상채권과 업무무관 가지급금에 대한 대손충당금 설정 등 법인세법 규정에 의한 세무조정 사항도 추가하는 것으로 개정되었다).

이와 같은 조합법인에 대한 당기순이익과세 규정의 입법취지와 개정과정 등에 비추어 보면, 세무조정의 대상이 될 수 있는 접대비, 과다경비, 업무무관비용, 구상채권의 대손충당금 등과 같은 항목이 아니라면 그것은 경영자의 재량적 판단에 의한 결과물로서 기업회계기준에 명백히 위배된다는 특별한 사정이 없는 한, 과세관청으로서는 그 결산재무제표상의 당기순이익을 법인세 과세표준으로 그대로 사용하는 것이 위 규정의 입법취지에 부합한다.

나) 피고는, 원고가 2010년도에 적립한 대손충당금이 기업회계기준에 위반된다는 근거로 주로, 상호금융업감독규정상 적립요구액의 469%이거나 원고 자체의 리스크관리위원회 적립요구액의 227.5%라는 점을 들면서 위 기준에 위반되는 대손충당금의 적립은 모두 기업회계기준 위반이 될 수 있으나, 원고에게 유리한 방향으로 원고가 2009년도에 적용한 산정방식에 따른 대손충당금을 인정하겠다는 입장이다. 그러나 앞서 본 바와 같이 상호금융업감독규정상의 대손충당금 요적립잔액은 금융감독원이 금융기관의 자산건전성을 확보하기 위하여 부여한 최소한의 대손충당금 설정기준인 점, 원고의 리스크관리위원회는 2006. 9.경 대출자산의 부실화 등 위험을 대비하여 채권별로 대손충당금 요적립율을 상향하였으나 그 후 농협중앙회는 2009. 8. 17. 다시 원고를 비롯한 하위 각 지역조합에 이 사건 알림을 통하여 '건전성 분류기준이 은행업감독규정보다 완화되어 있으므로 여건이 되는 사무소는 경험손실율 및 향후 예상손실율을 반영하여 대손충당금을 현재 적립액의 2배 이상 충분히 설정할 것'을 통보한 점, 나아가 농협중앙회는 2010. 12. 28. 다시 공문을 통하여 '금감원 요적립액이 매년 증가한다면 대손추산액 상승 요인, 경기침체, 쌀값 하락, 구제역 등 농가소득하락, 금리상승 등이 예상된다면 대손추산액 상승 요인, 예년의 연체율 추이가 상반기에 계속 상승한다면 대손추산액 상승 요인, 현재 여신규모 및 내년도 예상 여신규모가 클수록 대손추산액 상승 요인, 동일인당 여신한도가 커지거나 신용대출비중이 클수록 대손추산액 상승 요인 등'을 강조하고 아울러 2009년도 상호금융 전국 평균 적립율 232% 및 국내은행권 적립 동향 등을 참조하여 객관적이고 합리적인 대손추산액을 결정하도록 통보한 점, 이에 따라 원고는 위 리스크관리위원회 적립요구액 뿐만 아니라 경기침체나 축산물가격하락 등 위에서 언급된 여러 결정요인들을 검토하고, 특히 2010년도에 급격히 증가된 장기성 대출채권 및 그 성분을 분석하여 보수적으로 예상연체비율을 산정한 다음 이를 모두 반영하여 2010년도 대손추산액을 산정한 것으로 보이는 점 등의 사정에 비추어 보면, 원고가 상호금융업감독규정이 요구하는 최소한의 적립요구액이나 4-5년 전에 자체적으로 마련한 리스크관리위원회의 적립요구액을 초과하여 대손충당금을 적립하였다고 하여 그것이 기업회계기준에 명백히 위배되었다고는 감히 단정할 수 없다.

다) 더욱이 원고의 2010 사업연도 결산재무제표의 외부감사를 담당한 공인회계사인 증인 신연재는 '원고의 2010년도 대손충당금 잔액에 관하여 급격한 장기성 대출채권의 증가, 증가된 대출채권의 성분 불량 등을 모두 고려하여 대손충당금의 과소계상 여부뿐만 아니라 과다계상 여부에 관하여도 충분히 검토하였으며, 원고의 2010년도 결산재무제표는 기업회계기준에 따라 적정하게 작성된 것이다.'라고 증언하였는데, 이는 원고가 농협중앙회의 2009. 8. 17.자 이 사건 알림 및 2010. 12. 28.자 공문에 따라 2010. 11.경 발생한 구제역으로 인한 농가소득 하락, 동일인 대출한도 증가, 고액 대출의 증가 등을 감안하여 대손충당금 적립비율을 상향하였다는 주장을 뒷받침하는 것으로 보인다.

라) 기업회계기준 뿐만 아니라 상호금융업감독규정, 은행업감독규정 등이 대손충당금 설정기준을 세워두고 있음에도 시중의 은행 및 상호저축은행 등은 유사한 조건(고정 이하 여신 대비 등) 아래에서도 대손충당금 적립 비율이 3배 이상 차이를 보이고 있고, 가장 높은 비율로 대손충당금을 적립한 은행 및 상호저축은행에 관한 외부감사 결과 그 재무상태를 기업회계기준에 따라 중요성의 관점에서 적정하게 표시하고 있다는 감사의견을 받았다. 이와 같은 사정으로 미루어 보아 은행 또는 상호저축은행별로 처한 고유한 상황에 따라 경영자의 재량적 판단영역 내에서 대손충당금 적립비율을 결정할 수 있는 것이다.

마) 피고는 원고가 대손충당금을 과다적립함으로써 과세회피를 의도하고 있다고도 주장하나, 기업회계상 대손충당금 계상의 문제는 결국 단순한 귀속시기의 문제로 귀결될 뿐이고, 증인 ooo 역시 대손충당금 과다설정으로 인한 과세회피가 가능한지에 관하여 '대손충당금을 과다하게 설정한다고 하더라도 결과적으로 기간귀속의 차이로서 과세이연에 불과한 것이다'라고 증언하고 있다.

4. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.