가. 이 사건 도급계약의 체결 1) 피고는 2005. 7. 1. 서울 강동구 하일동 일원의 911,429㎡ 토지를 대상으로 공사기간을 착공일로부터 36개월, 추정가격을 공사대금 378억 6,483만 원(부가가치세 및 문화유적시굴조사 1억 867만 원 각 별도)로 하여 시공하는 강일지구 도시개발사업단지(이하 ‘이 사건 사업지구’) 조성공사(이하 ‘이 사건 공사’)의 입찰공고(갑2호증의 1)를 하였다. 2) 원고와 계룡건설산업 주식회사(이하 ‘계룡건설산업’)는 공사도급비율을 30% : 70%로 하는 공동수급체를 구성하여 위 입찰에 참가하였고, 위 입찰에서 공동시공자로 선정됨에 따라 2005. 9. 5. 피고와 사이에 이 사건 공사를 공사대금 326억 2,100만 원에 수급하는 내용의 공사도급계약(갑2호증의 2, 이하 ‘이 사건 도급계약’)을 체결하였다.

나. 이 사건 변경계약의 체결 1) 한편, 서울특별시는 2007. 8.경 피고가 시행 중인 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부 실태 및 개선 방안에 관하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택 규모와 이를 초과하는 규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택 건설용지의 면적이 차지하는 비율(이하 ’면세비율‘)에 상응하는 택지비 관련 부가가치세는 면제된다.‘는 결론을 내리게 되었다(갑3호증, 갑14호증의 1). 2) 이에 따라 서울특별시는 2007. 9. 3.경 피고에게 위와 같은 면세비율을 적용함으로써 이미 납부한 부가가치세는 경정청구를 통하여 환급받고, 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 공사와 관련하해서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라는 내용의 지시를 하였다

(갑4호증, 갑14호증의 2). 3 그러자...