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대전고등법원 2015.12.03 2015누11729

부가가치세부과처분취소

주문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다....

이유

1. 처분의 경위

가. 한국철도시설공단법(이하 ‘철도시설공단법’이라 한다)에 의하여 설립된 원고는 철도시설의 건설 및 관리, 외국철도 건설과 남북 연결 철도망 및 동북아 철도망의 건설 등의 사업을 영위하고 있으며, 한국철도공사법(이하 ‘철도공사법’이라 한다)에 의하여 설립된 한국철도공사(이하 ‘철도공사’라 한다)는 철도여객사업, 화물운송사업, 철도시설의 유지ㆍ보수 등 국가ㆍ지방자치단체 또는 공공법인 등으로부터 위탁받은 사업 등을 영위하고 있다.

나. 원고는 2009년부터 2012년까지 철도공사로부터 발행받은 선로 등 유지보수비 세금계산서(이하 위 기간 동안 원고가 철도공사로부터 발급받은 유지보수비 세금계산서를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 의해 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하였다.

다. 피고는 2014. 4. 30.부터 원고에 대하여 세무조사를 한 다음, 원고가 철도공사와 선로사용계약만을 체결하고 유지보수계약은 체결하지 않았음에도 철도공사로부터 발행받은 이 사건 세금계산서는 공급받는 자를 잘못 기재한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고 2014. 6. 11. 원고에게 별지 과세목록 기재와 같이 2009년 제1기분부터 2012년 제2기분까지의 부가가치세 합계 244,172,348,830원(가산세 포함)을 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 2014. 6. 17. 조세심판원에 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 국세기본법 제81조, 제65조 제2항에 따른 결정기간인 90일이 지나도록 결정을 하지 않고 있다.

국세기본법 제56조 제3항 단서는 그 청구일로부터 90일의 결정기간 내에 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받지...