상고비용은 원고의 부담으로 한다.

법인세법 제59조의3 제2항 제3호 는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하는 한편 같은 조 제3항 은 “ 제2항 의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있고, 그 위임에 따라 규정된 같은법시행령 제124조의8 제4항 은 “ 법 제59조의3 제2항 제3호 의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있는 바, 위 규정의 취지로 미루어 보면 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 특별부가세를 면제받으려면 법인세법 제26조 에 규정된 법인세과세표준과 세액의 신고기간내에 특별부가세면제신청서를 제출하여야 하며, 위 신고기간내에 위 신청서를 제출하지 아니한 경우에는 특별부과세를 면제받을 수 없다 고 보아야 할 것이다.

원심이 같은 취지에서 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인인 원고가 1984.1.24. 그 소유의 기본재산인 원판시 부동산을 소외인에게 매도한 사실을 인정한 다음 원고가 법인세법 제26조 에 따른 위 양도일이 속하는 사업연도의 법인세과세표준신고기간이 훨씬지난 이후인 1988.6.22.에야 비로소 피고에게 위 특별부가세면제신청서를 제출한 사실은 원고 스스로 이를 인정하고 있으므로 결국 원고는 위 양도차익에 대한 특별부가세를 면제받을 수 없다고 판시한 것은 옳고 거기에 논지와 같은 법리오해의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고 소송비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.