가. 원고는 로봇 무인방제기 제조 및 수리, 용역업, 신재생에너지 관련기술 개발 및 솔루션 공급업, 태양광 발전설비 제조 및 공급업, LED 제조판매업, 농업용기계장비 제조업 등을 목적사업으로 하여 1995. 8. 28. 설립된 법인이고, 본점소재지는 순천시 B이다.

나. 원고는 2010. 3. 17. 서울시 양천구 C 대 457.2㎡ 및 지하 1층, 지상 2층 건물을 매수하여 2010. 4. 1. 각 소유권이전등기를 마쳤고, 취득세 58,349,040원, 농어촌특별세 5,834,900원, 등록세 58,349,040원, 지방교육세 11,669,800원을 신고, 납부하였다.

다. 원고는 2010. 8. 6. 위 건물 3층 199.92㎡ 부분(이하 ‘이 사건 증축 부분’이라 한다)을 증축하고, 2010. 11. 5. 증축등기를 마쳤으며, 이 사건 증축 부분에 관한 취득세 2,044,790원, 농어촌특별세 204,470원, 등록세 817,910원, 지방교육세 163,580원을 신고, 납부하였다. 라.

피고는 2011. 4. 18. 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 증축 부분이 ‘본점의 사업용 부동산’에 해당한다는 이유로, 2011. 9. 10. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제112조 제3항의 중과세율을 적용하여 건물분에 대한 취득세 5,360,210원, 농어촌특별세 536,010원을 원고에게 추가로 부과하였으며, 원고는 이에 대하여 불복하지 아니하고 납부하였다.

마. 피고는 이 사건 증축 부분의 부속토지에 대해서 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과하지 않았다는 이유로, 2014. 11. 11. 원고에 대하여 취득세20,293,980원, 가산세 13,349,370원,농어촌특별세3,364,310원을 추가로 부과하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2015. 1. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 8....

참조조문