가. 피고 회사는 토목설계공사업 등을 영위하기 위하여 피고 C가 2001. 1. 5. 설립한 회사로서, 현재 피고 C가 대표이사(설립시부터 계속하여 대표이사 직을 맡고 있다), 그의 처 D가 사내이사(설립시부터 감사의 직을 맡고 있다가 2015. 4. 24. 이사의 직에 취임하였다)의 직을 맡고 있고, 피고 C, D 외 다른 등기임원은 없다.

나. 원고는 2003. 2.경 피고 회사에 입사하여 수자원 관련 분야의 업무를 맡아 왔는데, 아래에서 보는 바와 같이 2004. 3.경 피고 회사의 주식을 취득하였고, 2007. 10. 31. 피고 회사 이사의 직에 취임하였다가 2013. 10. 31. 임기만료로 퇴임하였다.

다. 원고는 2004. 3.경 피고 C와 사이에, 원고가 피고 회사의 주식 중 일부를 취득하되 피고 회사의 사업 중 수자원 관련 분야는 원고가, 도로 관련 분야는 피고 C가 각자 독립적으로 운영하면서 해당 분야 수주금액의 80%씩을 가져가고(해당 분야 직원들의 급여 등 경비는 각자 책임지고 지출한다) 나머지 20%씩을 공동경비로 적립한 다음 매년말에 실제 지출되지 않은 잔액을 지분비율에 따라 정산하기로 하는 내용의 동업약정(이하 ‘이 사건 동업약정’이라고 한다)을 체결하였다. 라.

이 사건 동업약정 체결 무렵 피고 회사의 총 주식 15,000주 중 13,500주를 피고 C가, 1,500주를 D가 각 소유하고 있었으며, 원고는 이 사건 동업약정에 따라 2004. 3. 16. 및 17. 주식대금 합계 125,000,000원을 피고 C가 지정한 피고 회사 계좌로 입금하였다.

피고 C는 2004. 3. 17. 위 돈을 전부 자신의 계좌로 입금하였고, 2004. 3. 24. 피고 회사 이사회를 개최하여 신주 10,000주를 주당 10,000원에 발행하기로 한 다음 위 돈 중 100,000,000원을 피고 회사에 신주인수금으로 납입하여 원고로 하여금 피고 회사의 주식 10,000주를...