가. 청구법인은 2010.12.28. OOO 배후단지에 물류창고업을 영위할 목적으로 설립한 법인으로, 동 사업을 영위하기 위한 OOO 배후단지내 물류센터(이하 “물류센터”라 한다) 신축공사를 하면서, 2011.7.6. ㈜OOO과 매월 1회 공사진행율(공정율)에 의한 기성청구액(완성도기준 지급조건부)을 지급하기로 하면서 선급금 OOO원(부가가치세 별도)을 2011.10.31.까지 지급하는 조건(실제 2011.10.31. 지급됨)으로 총 OOO원(당초 OOO원에서 변경된 것, 부가가치세 별도), 공사기간 2011.7.7.～2012.1.31.로 하는 신축공사도급계약을 체결하고, 각 기성율에 따른 공사대금청구시 선급금 중 동 기성율에 상당하는 해당금액을 당해 총 기성액에서 차감하고 잔액에 대하여만 세금계산서를 수취하는 방식으로 물류센터를 신축하여 2011.12.28. 사업승인 및 2012.1.13. 소유권보존등기하였다.

나. 처분청은 2012.3.12.～2012.3.14.까지 청구법인에 대하여 OOO 배후단지내 물류센터 신축과 관련하여 고정자산 매입시 선발행세금계산서 수취혐의가 있다 하여 세무조사를 한 결과, 2011.10.18. 공급가액 OOO원과 2011.10.18. 공급가액OOO원에 상당하는 세금계산서(이하 “쟁점①세금계산서”라 한다) 및 2011.11.4. 공급가액 OOO원에 상당하는 세금계산서(이하 “쟁점②세금계산서”라 하며, 쟁점①,②세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 용역의 공급시기 이전으로 작성일자를 기재하여 수취한 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 2012.6.11. 청구법인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 물류센터 신축공사의 소요자금을 금융기관으로부터 시설자금을 대출받아 공사를 진행하였으며, 대출신청에 필요한 이사회결의 및 내부결재를 거쳐 금융기관에 대출신청서를 제출하고, 금융기관의 대출승인 절차를 거쳐 대금지급이 이루어졌으며, 대출신청 및 승인절차에 소요되는 기간이 7일 이상이기에 부득이하게 세법에서 규정하는 기간을 초과하게 되었고, 이런 애로사항을 개선하기 위하여 현행 「부가가치세법 시행령」제54조 제2항에 반영하였으며, 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결에서 “선발행 세금계산서의 경우 동일한 과세기간 내에 교부받은 것으로서 거래사실이 확인되고, 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에는 세금계산서상 작성연월일이 실제작성일로 기재되든 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니하고 매입세액은 공제되는 것”( 「부가가치세법 시행령」제54조 제2항 신설 전의 규정에 따른 판결)으로 해석하고 있고,

세금계산서 제도는 납세자간 상호검증기능을 갖고 있으므로 세금계산서 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이라고 해석하고 있는 점에 비추어 볼 때 청구법인이 세법에서 규정하는 선발행 세금계산서의 경우 7일 이내 대금지급이 이루어 져야 하나, 같은 달(2011년 10월) 이내에 대금이 지급되었고 부가가치세 신고도 정상적으로 이루어졌으므로 전단계 매입세액공제법을 채택하고 있는 현행 검증기능에 아무런 문제가 없고, 비록 쟁점①세금계산서가 공급시기와 교부일자가 다른 것은 금융기관으로부터 시설자금 대출승인 기간이 길어짐에 따른 부득이한 사유에 기인한 것이므로 정당한 사유가 있는 것이라는 점에서 쟁점①세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 처분청은 쟁점②세금계산서에 대하여 작성일자를 기준으로 선발행세금계산서라고 보아 이 건 과세하였는바, 쟁점②세금계산서는 물류센터 신축공사 관련 4차 기성청구에 따른 전자세금계산서로 용역의 공급시기 이전에 작성된 것은 사실이나 동 세금계산서의 교부일(청구법인의 입장에서는 수취일)은 용역의 공급시기 이후에 이루어졌고, 세금계산서 교부일로부터 7일 이내에 대금결재가 완료되었으며, 쟁점②세금계산서는 작성일자를 제외하고는 공급가액 등 필수적 기재사항은 모두 실제거래내용과 일치하고 전자세금계산서 교부시기도 용역의 공급시기가 속한 동일한 과세기간에 이행되었고, 청구법인은 제4차 기성청구에 대한 거래내용을 공사계약서, 기성청구서, 기성승인통지서에 의하여 거래내용이 확인 가능하므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않으며, 「부가가치세법」제60조 제2항 제2호의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되어 있으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우로 매입세액공제대상으로 보아야 하므로 부가가치세 및 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 세금계산서의 경우 공급시기 도래전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 「부가가치세법」제16조의 세금계산서 또는 제32조의 영수증을 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것이나, 당초 도급공사계약서 내용과 같이 선급금 OOO원의 지급은 2011.10.31. 이행되었고, 이와 관련된 쟁점①세금계산서는 작성일자가 각 2011.10.12.과 2011.10.14.일자로 기재되어 있으며, 청구법인의 경우 그 대가를 지급하지도 않았을 뿐더러 「부가가치세법 시행령」제54조 제2항의 발급특례 세금계산서의 요건도 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인이 수취한 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다른 선발급 세금계산서를 수취한 것으로, 청구법인이 제시한 판례(대법원 2004.11.18 선고 2002두5771 판결)는 「부가가치세법 시행령」제54조 제2항의 신설(2007.2.28. 신설) 이전의 판례로서 「부가가치세법 시행령」제54조(세금계산서 발급의 특례) 제2항 및 제3항은 세금계산서 수수 등 거래질서에 대하여 보다 엄격하게 적용하여야 한다는 취지로 2007.2.28.에 신설된 것이고, 「부가가치세법 시행령」제60조 제2항 제2호 등은 수취한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 적용하는 것이나 쟁점①세금계산서는 착오로 볼 수 없는 점에서 같은 법 시행령 제54조 제2항의 발급 특례세금계산서의 요건을 충족하지 못한 필요적 기재사항이 사실과 다른 선발급 세금계산서를 수취한것으로 보아 매입세액 불공제함이 타당하므로 당초 처분 정당하다.

(2) 물류센터의 신축공사 관련 4차분 기성회분 기성승인(2011.11.2.)에 대한 쟁점②세금계산서 수취현황을 보면, 전자세금계산서 발급일자가 기성승인일 2011.11.2.보다 2일 뒤인 2011.11.4.에 발급되었고 수취일도 2011.11.7.로 정상적으로 승인한 것이 확인되며, 작성일자가 2011.10.31일로 작성된 것은 단순 착오에 의한 발급으로 주장하나, 기재사항 착오라 함은 작성일자 중 연월일을 실수로 잘못 기재하거나 공급가액 및 세액의 단위를 실수로 잘못 기재하는 것 등을 말한 것으로, 상기 거래에 대하여 전자세금계산서의 발행처인 (주)OOO의 문서번호 대양 2011-05호(2011년 11월 2일자)발송문서에 의거 기성청구가 된 것이 확인되며, 동일자 감리원 기성부분 감리검토서(총괄감리원: 송OOO)에 의거 기성확정된 것을 명백히 알 수 있으나, 동 기성부분과 관련하여 발행된 전자세금계산서의 필요적 기재사항인 작성일자를 단순히 착오로 발급하였다고 주장하는 것은 납득하기 어려우며, 이는 여러 정황으로 보아 청구법인과 발행법인의 금융권 대출등 청구법인의 기타 다른 이익을 이유로 임의적 필요에 의하여 발행된 것으로 판단되며, 실제로 각 기성청구시마다 대출받은 것으로 확인되므로 쟁점②세금계산서에 대하여 「부가가치세법 시행령」제54조 제2항의 발급 특례세금계산서의 요건을 충족하지 못한 필요적 기재사항이 사실과 다른 선발급 세금계산서를 수취한 것으로 보아 매입세액 불공제함이 타당하므로 당초 처분 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2010.12.28. OOO 배후단지에서 물류창고업을 영위할 목적으로 자본금OOO원으로 하여 설립한 후 2011년도 중 자본금 OOO원으로 증자하면서 ㈜OOO 등 다수의 법인이 투자한 법인으로 전사적시스템(ERP)을 갖추고 있지 않은 것으로 처분청의 조사서에 나타나고 있고, 청구법인의 사업목적을 수행하기 위하여〈표1〉과 같이 OOO 배후단지내 물류센터 신축공사를 2011.7.6. ㈜OOO과 총 OOO원(2011.12.23. OOO원로 변경약정된 것, 부가가치세 별도)에 체결하였으며

㈜OOO이 청구법인에 요청한 기성청구원 문서에 의하면, ㈜OOO은〈표2〉와 같이 공사기성율을 검사하여 1차부터 6차까지 매월 말일에 공사대금의 지급을 청구하였고, 기성청구금액신청서가 접수되는 당일 청구법인은 기성승인을 한 후 기성 청구시마다 당해 총 기성액에서 선급금 중 기성율에 해당하는 금액을 제외한 나머지 기성액에 대하여 지급하고, 동 지급액에 상당하는 세금계산서를 전자적 방식에 의한 전자세금계산서를 수취(교부)하였다.

OOO

(2) 쟁점①세금계산서의 수취내역을 보면, 청구법인이 제시한 금융기관 대출관련 증빙에 의하면, 청구법인은 2011.10.24.OOO은행으로부터OOO원을 차입(연 5.95%, 6개월 2011.10.28.～2012.4.28.)하기 위한 이사회를 개최하여 의결한 후 2011.10.28. OOO지점과 OOO원의 여신거래약정(신용대출로 2011.10.28.부터 2012.4.28.까지)을 체결하고 2011.10.30. OOO원을 대출받은 사실이 있고, 물류센터 신축공사와 관련하여 청구법인은 당초 물류센터 신축도급계약서와 같이 선급금 OOO원을 2011.10.31. ㈜OOO에게 지급하였으며, 이와 관련하여 ㈜OOO로부터〈표3〉과 같이 쟁점①세금계산서의 전자적 방식에 의한 세금계산서를 발급 및 수취하였는바, 「부가가치세법 시행령」제53조의2 제8항에 의하면 전자세금계산서의 교부일은 거래상대방이 지정하는 수신함에 전자세금계산서가 입력되는 때(교부일)이므로 쟁점①세금계산서의 교부일은 2011.10.18.로 나타나며,

쟁점①세금계산서(공급가액 OOO원) 중 공급가액 OOO원은 약정(공정율에 의한 기성부분금)상 그 공급시기가 2011.8.5. OOO원, 2011.8.31. OOO원, 2011.10.5. OOO원으로 ‘공급시기 이후 교부받은 세금계산서로 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’에 해당하는 것으로 나타나고 있는 반면, 나머지 공급가액OOO원에 상당하는 세금계산서는 선발행[용역의 공급시기(2011.11.2.부터 2011.12.29.) 전인 2011.10.18.에 교부한 세금계산서]한 것이나 교부일로부터 7일 이내 대금을 지급한 사실이 없어 매입세액공제요건[교부일(2011.10.18.)로부터 7일 이내 대금결재]을 충족하지 못한 세금계산서로 나타난다.

OOO

(3) 쟁점②세금계산서의 수취내역을 보면, 물류센터 신축공사와 관련하여 ㈜OOO이 2011.11.2. 공사대금을 기성청구하고 동일자에 ‘감리원 기성부분 감리검토서’에 의거 기성확정(승인)된 사실이 있으며, 쟁점②세금계산서의 전자적 방식에 의한 세금계산서 발급 및 수취내역은 아래〈표4〉와 같고, 「부가가치세법 시행령」제53조의2 제8항에 의하면 전자세금계산서의 교부일은 거래상대방이 지정하는 수신함에 전자세금계산서가 입력되는 때(교부일)이므로 쟁점②세금계산서의 교부일은 2011.11.4.이고, 쟁점②세금계산서에 해당하는 용역의 공급시기는 2011.11.2.로 나타나고 있어 ‘공급시기 이후 교부받은 세금계산서로 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’에 해당하는 것으로 나타난다.

OOO

(4)처분청은 청구법인의 물류센터 신축공사와 관련하여 2011년 제2기 부가가치세 환급과 관련하여 현지확인한 바, 청구법인이 건설도급업자인 ㈜OOO로부터 수취한 쟁점세금계산서를 공급시기 이전에 대가를 받지 않고 선발급한 세금계산서인 사실과 다른 세금계산서라 하여 아래와 같이 관련 매입세액을 불공제하고 관련 가산세를 가산하여 부과처분한 것으로 확인된다.

OOO

(5)「 부가가치세법 시행령」제22조 제2호에서 조건부로 용역을 공급하는 경우 용역의 공급시기는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때(기성부분이 승인된 때)로 규정하고 있고, 같은법 제17조(납부세액)에서는 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 대통령령이 정하는 것 제외하고는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 불공제하도록 하고, “대통령령이 정하는 경우”란 같은 법 시행령 제60조(매입세액 범위)에서 ‘공급시기 이후 교부받은 세금계산서로 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’로 규정하고 있으며,

같은 법 제9조 제3항에서 ‘사업자가 제1항 또는 제2항에 따른거래시기가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에그 받은 대가에 대하여같은 법 제16조의 세금계산서를 발급하는 경우에는 그 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기’로 보도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제54조 제2항에 의하면 ‘사업자가 재화 또는 용역의공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일로부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우’에도 같은 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급받은 것으로 보도록 규정하고 있으며,

또한, 「부가가치세법 시행령」제54조 제3항에 의하면, 대가를 지급하는 사업자가 ① 거래 당사자간의 계약서, 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것, ② 대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급하는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것, ③ 대금청구시기와 지급시기 사이에 기간이 30일 이내일 것의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 도는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 발급받은 것으로 보도록 규정하고 있으나, 청구법인의 경우는 전사적 자원관리시스템이 미설치된 사실로 볼 때 동 규정을 적용할 수 없는 것으로 확인된다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점①세금계산서 중 OOO원의 공급가액에 해당하는 세금계산서는 공급시기 전에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로(조심 2010서3171, 2011.12.22. 같은 뜻임), 처분청이 쟁점①세금계산서 중 OOO원에 상당하는 세금계산서에 대하여 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 「부가가치세법」제17조 제2항에 의거 매입세액을 불공제한 처분은 타당하나,

나머지 OOO원의 공급가액에 해당하는 세금계산서와 쟁점②세금계산서는 같은 법 시행령 제60조(매입세액 범위)에서 ‘공급시기 이후 교부받은 세금계산서로 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’에 해당하므로 처분청이 이에 대하여 공급시기가 사실과 다른 세금계산서라 하여 「부가가치세법」제17조 제2항에 의거 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.