가. 청구법인은 2010.3.11. OOO를 조성하여 사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 주주는 OOO, OOO 주식회사(20%, 이하 “OOO”이라 한다), OOO 주식회사(31%, 이하 “OOO”이라 한다)이고, 2015.10.29. 법원의 해산판결에 의해 해산되었다.

나. 청구법인은 2010.3.26. OOO 및 주식회사 OOO(OOO이 100%지분 보유, 이하 “OOO”라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 <표1>과 같이 OOO을 지급하여 매수하되, 이후 사업승인을 받거나 토지거래 허가를 득하는 즉시 소유권이전등기를 완료하기로 매매계약을 체결하였다.

<표1> 쟁점토지 매매대금의 내역 및 지급시기

다. 청구법인은 위 매매계약에 따라 2010.3.26. OOO이 OOO 및OOO에 대해 부담하는 OOO의 채무를 인수하였고, 2010.3.31. 청구법인이 인수한 금융기관 대출금 OOO을 변제OOO하였다.

라. 이후 투자자간의 분쟁이 발생하여 사업인허가와 관련된 업무가 진행되지 못하였고, 2011.4.1. OOO에 대한 대출금 채무의 만기가 도래하자 연대보증인인 OOO이 대출원리금 전액을 대위변제하였으며, OOO이 쟁점토지의 우선수익자로서 공매처분을 요청하여 2011.6.21. 쟁점토지는 주식회사 OOO에 OOO에 양도되었다.

마. OOO은 우선수익자의 지위에서 공매대금 중 실제 지출한 OOO과 그 이자 합계 OOO을 회수하였고, 청구법인에게 대여한 사업비용 OOO 상당액을 회수하여 청구법인과 정산절차를 마쳤다.

한편, 청구법인은 공매대금 중 2011.8.24. 수익자의 지위에서 수익금 OOO, OOO으로부터 정산금 OOO을 수령한 후, 이를 잡이익으로 회계처리하였고, 이를 근거로 2012.3.31. 2011사업연도 법인세 OOO을 신고·납부하였다.

바. 청구법인은 쟁점토지의 취득가액이 OOO이 아닌OOO이라면서 2017.3.29. 기납부한 법인세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2017.5.17. 이를 거부하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2017.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지의 취득경위는 다음과 같다.

(가) OOO은 2008.9.17. 쟁점토지에 문화예술 관광단지를 조성하는 사업을 하기 위해 OOO를 설립하였고, 2009.5.11. OOO에게 쟁점토지를 OOO에 양도하였으며, OOO는 같은 날 OOO 외 3개 은행으로부터 OOO을 대출받아 OOO에게 지급하였다. 또한 대출금채무의 담보를 위하여 2009.5.18. 주식회사 OOO과 쟁점토지에 관한 부동산담보신탁계약을 체결하였다.

(나) OOO 및 OOO(이하 “OOO측”이라 한다)는 2010.2.8. OOO과 특수목적법인인 청구법인을 설립하여 사업을 공동으로 진행하기로 하는 내용의 “합작투자계약”을 체결하였고, 그에 따라 OOO은 같은 날 OOO에게 계약금 OOO을 지급하였다.

(다) OOO측과 OOO은 OOO 계열회사인 OOO(OOO을 포함하여 “OOO측”이라 한다)을 합작투자계약에 참여시키기로 하고, 2010.3.9. 청구법인의 지분을 OOO측 49%, OOO측 51%로 하는 “변경계약(Ⅰ)”을 체결하였고, OOO은 OOO에게 1차 중도금 OOO을 지급하였다.

(라) OOO측과 OOO측은 2010.3.11. 청구법인을 설립하였고, 2010.3.26. 청구법인이 쟁점토지를 취득하기로 이 건 매매계약을 체결하였다. 계약당시 계약당사자 모두 쟁점토지의 가치를 OOO으로 평가하였고, “변경계약서(Ⅰ)”에도 쟁점토지의 대금은 OOO으로 결정한다고 기재하였으나, 이 건 매매계약서에는 양도소득세 등을 절감할 목적으로 매매대금을 OOO으로 기재한 것이다.

(2) 쟁점토지가 취득가액OOO에 못미치는 가액으로 공매OOO됨으로써 청구법인이 손해를 보았으므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(가) 청구법인은 형식상으로는 쟁점토지를 OOO에 매수하는 것으로 계약을 체결하였지만, 제1차 변경계약서를 보면 양 당사자는 쟁점토지의 매수대금을 OOO으로 하는 것에 의사의 합치가 있었고, 이 사건 토지를 이용한 사업이 계속되었다면 쟁점토지의 매수로 인하여 청구법인이 지출하였어야 하는 금원이 OOO이라는 사실을 알 수 있다. 결국 쟁점토지의 취득원가가 청구법인의 장부에 온전히 계상되기 전에 공매가 이루어져 버린 것이다.

쟁점토지 공매의 실질은 청구법인이 OOO에 취득한 쟁점토지를 매각하여 총 OOO의 매각대금을 받아 정산할 금원을 지출한 후, 최종적으로 OOO만 청구법인에 남았으므로 결론적으로 청구법인은 OOO의 손실OOO을 입은 것이다.

(나) 청구법인의 해산과 관련된 법원 판결OOO에서도 쟁점토지의 취득가액을OOO으로 인정하였다.

(다) 결국 쟁점토지의 공매로 인하여 청구법인이 수익을 얻은 사실이 전혀 없음에도 불구하고, 청구법인은 장부 기장상 수익이 있는 것처럼 계상하는 오류를 범했고, 이를 시정하지 않아 2011사업연도 법인세를 과다납부하였으므로 이 건 경정청구를 거분한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점토지의 취득가액이 OOO임을 입증하기 위해 서울고등법원 판결서를 제출하였으나, 판결서에 기재된 내용은 쟁점토지의 정상적인 가치가 OOO으로 청구법인이 손해를 입었다고 보인다는 내용에 불과하다.

「법인세법」상 토지의 취득가액은 관련 장부 및 지출증명서류에 의하여 확인되는 실지 취득가액을 말하는 것으로 정상가치를 취득가액으로 인정할 수 없는바, 쟁점토지의 정상적인 가치가 OOO이라하더라도 이를 쟁점토지의 취득가액으로 인정해 달라는 주장은 받아들이기 어렵다.

또한, 청구법인은 OOO, OOO 및 OOO 간에 2010.03.09. 작성된 변경계약서(Ⅰ)상 쟁점토지의 계약금액은 OOO으로 기재되어 있다고 주장하고 있으나, 변경계약서(Ⅰ)은 청구법인이 계약당사자로 기재되어 있지 않아 청구법인의 쟁점토지 취득가액 입증 서류로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 취득가액이 OOO이 아닌 OOO이므로 청구법인이 쟁점토지의 공매로 인하여 얻은 수익이 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 법인세법 제41조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

(3) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 불복이유서 등에 나타나는 이 건 쟁점토지의 매매와 관련하여 발생한 주요 사건은 <표2>와 같다.

<표2> 일자별 주요 사건

(2) 청구법인이 제출한 관련 계약서의 주요내용은 다음과 같다.

<청구법인과 OOO측의 부동산매매계약서, 2010.3.26.>

(3) 청구법인의 해산에 관한 법원의 판결서OOO에서 청구법인의 주장과 관련된 내용은 다음과 같다.

(4) 쟁점토지 중 한 필지인 OOO의 등기사항전부증명서에 의하면, 해당 토지는 1975.10.18. OOO이 증여받아 취득하였다가 2011.8.22. 주식회사 OOO에 매도되었고, 2009.5.11. 채무자를 OOO로 하고OOO, 근저당권자를 OOO 외 3으로 한 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

(5) OOO은 2011.10.31. 쟁점토지를 양도하고 양도소득세를 신고하면서, 양도일을 2011.8.22. 양도가액을 OOO(주식회사 OOO에 양도된 가액), 취득가액을 OOO으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고한 것으로 나타난다.

(6) 청구법인의 주식변동내역 및 쟁점토지와 관련하여 재무제표 등 계상된 내용 등은 다음과 같다.

(가) 청구법인의 주식변동내역은 <표3>과 같고, 재무제표에 의하면 액면가액 OOO에 출자한 것으로 나타난다.

<표3> 청구법인의 주식등변동상황명세서

(나) 청구법인은 2010년 토지를 취득하면서 발생한 금융기관 등에 대출금을 장기차입금으로, 계약금, 중도금 합계 OOO은 선급금으로 계상하였다가, 2011년 공매대금 OOO 중 OOO에 정산할 금액 OOO을 제외한 OOO 상당액을 수령한 후 잡이익으로 계상하였으며, 이를 근거하여 2011사업연도 법인세를 신고한 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지의 취득가액이 OOO이 아닌 OOO이므로 쟁점토지의 공매로 인하여 얻은 수익이 없다고 주장하나, 「법인세법」 제41조 제1항 제1호에서 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 취득가액이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 매입가액을 의미하는 것인바, 청구법인은 2010.3.26. OOO 및 OOO로부터 쟁점토지를 OOO에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 청구법인이 OOO에게 쟁점토지를 취득하기 위해 2010.3.26. OOO의 OOO 등에 대한 채무 OOO을 인수하고, 2010.3.31. 기존대주단에 대한 대출금 OOO을 변제한 것 이외에 달리 지출된 금액은 없는 점, 법원의 판결서OOO는 토지의 시가에 미치지 못하는 가액으로 양도되어 청구법인이 손해를 입었고 이를 회복할 가능성이 없다는 내용으로 OOO을 취득가액으로 인정한 것으로 보기 어렵고, 변경계약서(Ⅰ)은 청구법인이 계약당사자에 해당하지 아니하여 쟁점토지의 취득가액을 입증하는 자료로 보기 어려운 점, 청구법인은 2011.8.24. 수익자의 지위에서 공매대금 OOO 중 OOO에 정산할 금액 OOO을 제외하고 OOO 상당액을 수령한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점토지의 공매로 인하여 얻은 수익이 없다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.