2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지1. 주위적 청구취지 : 피고가 2013. 8. 14. 원고에 대하여 한 2009년 사업연도 법인세 148,197,780원 경정부과처분 중 34,745,151원의 법인세 경정부과처분, 2010년 사업연도 법인세 149,243,700원 경정부과처분 중 35,071,492원의 법인세 경정부과처분, 2011년 사업연도 법인세 150,984,980원 경정부과처분 중 32,231,423원의 법인세 경정부과 처분, 2012년 사업연도 법인세 96,059,140원 경정부과처분 중 21,695,603원의 법인세 경정부과처분을 각 취소한다.

피고가 2013. 8. 14. 원고에 대하여 한 2,046,329,800원의 소득금액변동통지 중 2009년 사업연도 107,774,333원의 변동통지부분, 2010년 사업연도 117,572,000원의 변동통 지부분, 2011년 사업연도 117,572,000원의 변동통지부분, 2012년 사업연도 95,440,800원의 변동통지부분을 각 취소한다.

2. 예비적 청구취지 : 피고가 2013. 8. 14. 원고에 대하여 한 2,046,329,800원의 소득금액변동통지 중 2009년 사업연도 107,774,333원의 변동통지부분, 2010년 사업연도 117,572,000원의 변동통지부분, 2011년 사업연도 117,572,000원의 변동통지부분, 2012년 사업연도 95,440,800원의 변동통지부분은 무효임을 확인한다.

가. 원고는 2004. 2. 2. 원고 회사의 대표이사인 유★★으로부터 원고 회사 주식5,600주를 1,383,200,000원(주당 247,000원)에 취득(이하 '이 사건 주식취득'이라 한다)하여 현재까지 보유하고 있다.

나. 피고는 00지방국세청장의 원고에 대한 세무조사 결과에 따라 이 사건 주식 취득이 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제341조의 자기주식 취득요건을 결여하여 무효이므로, 이 사건 주식취득 대금을 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 대여금에 해당하는 것으로 판단하여, 2013. 8. 14. 위 취득대금에 대한 인정이자 572,644,800원(2008년 124,488,000원, 2009년 117,572,000원, 2010년 117,572,000원, 2011년 117,572,000원, 2012년 95,440,800원)을 익금산입함으로써, 같은 금액을 유★★에 대한 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지를 하였고(이하 '이 사건 소득금액변동통지'라 한다), 아울러 원고에게 2008년 사업연도 법인세 177,082,740원(가산세 포함), 2009년 사업연도 법인세 148,197,780원(가산세 포함), 2010년 사업연도 법인세 149,243,700원(가산세 포함), 2011년 사업연도 법인세 150,984,980원(가산세 포함), 2012년 사업연도 법인세 96,059,140원(가산세 포함)을 각 경정・고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).다. 원고는 이 사건 소득금액변동통지와 부과처분에 불복하여 2013. 11. 1. 이의신청을 거쳐 2014. 3. 19. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 12. 3. 기각결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 을 제1, 2호증(제1호증은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고의 이 사건 주식취득대금 반환청구권은 상사채권에 해당하고, 원고가 주식을 취득한 2004. 2. 2.부터 5년이 경과한 2009. 2. 2.경 위 반환청구권은 5년의 소멸시효가 완성되어 소멸하였으므로, 2009. 2. 2. 이후의 인정이자에 대한 익금산입은 위법하다.

구분 2009년 2010년 2011년 2012년 부과처분 전체 148,197,780원 149,243,700원 150,984,980원 96,059,140원 쟁점 세액 34,745,151원 35,071,492원 32,231,423원 21,695,603원 소득금액변동통지 전체 117,572,000원 117,572,000원 117,572,000원 95,440,800원 쟁점 소득처분 107,774,333원 117,572,000원 117,572,000원 95,440,800원 따라서 이 사건 부과처분 중 2009. 2. 2. 이후의 인정이자의 익금산입으로 인한 아래 표 '쟁점 세액' 부분은 위법하므로 취소되어야 하고, 또한 이 사건 소득금액변동통지 중 아래 표 '쟁점 소득처분' 부분은 위법하므로 취소되어야 하거나 무효이다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 상행위로부터 생긴 채권 뿐 아니라 이에 준하는 채권에도 상법 제64조가 적용되거나 유추적용 되어야 할 것이지만, 주식회사가 매매계약의 이행으로서 매매대금을 지급하였으나, 매매계약이 무효로 됨에 따라 이미 지급한 매매대금 상당액의 반환을 구하는 경우, 거기에 상거래 관계와 같은 정도로 신속하게 해결할 필요성이 있다고 볼 만한 합리적인 근거도 없으므로, 매매대금의 반환을 구하는 부당이득반환청구권에는 상법 제64조가 적용되지 아니하고, 그 소멸시효기간은 민법 제162조 제1항에 따라 10년이라고 봄이 상당하다(대법원 2003. 4. 8. 선고 2002다64957 판결 참조). 한편, 구 상법 제341조는 회사는 '주식을 소각하기 위한 때, 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 때' 등 구 상법 제341조 각호에서 정한 경우 외에는 자기의 계산으로 자기의 주식을 취득하지 못한다고 규정하고 있다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 을 제6호증(가지번호 포함)의 기재에 의하면 원고 회사의 대표이사 유★★은 이 사건 주식취득 당시 원고 회사의 총 주식 20,000주 중 5,600주를 보유하고 있다가 원고 회사에게 위 주식 전부를 매도하였고, 2013년 사업연도에 이르기까지 원고 회사는 유★★으로부터 매수한 주식을 소각하지 않고 보유하고 있으며, 이 사건 주식취득 이후 2013년 사업연도까지 원고와 유★★을 제외한 나머지 주주들의 주식 비율은 변동이 없었던 사실을 인정할 수 있으므로, 원고가 주식을 소각하기 위하여 이 사건 주식취득을 하였다고 보기 어렵다.

그리고 원고도 유★★이 개인적인 사정으로 주식을 처분하여야 할 상황이어서 유★★의 주식을 취득하였다고 진술하고 있고, 이 사건 주식취득 이후 2013년까지 주주 구성에 변화가 없었던 점과 유★★이 현재까지 계속하여 원고 회사의 대표이사로 재직하는 점을 종합하면, 이 사건 주식취득이 원고 회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우라고 볼 수도 없다.

따라서 이 사건 주식취득은 구 상법 제341조에 따라 무효이고, 원고는 이 사건 주식취득대금 상당액의 부당이득반환을 구할 수 있다고 할 것이며, 위에서 본 법리에 비추어볼 때 이러한 부당이득반환청구권은 상거래 관계와 같은 정도로 신속하게 해결할 필요성이 있다고 볼 수 없으므로, 그 소멸시효기간은 민법 제162조 제1항에 따라 10년이라고 할 것이어서, 이 사건 주식취득대금 반환청구권에 대하여 5년의 상사시효가 적용됨을 전제로 하는 원고의 주위적 청구와 예비적 청구는 모두 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.