2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원의 판결이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰고, 원고의 당심에서의 새로운 주장 및 이에 대한 판단을 추가하는 것 이외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

▣ 제1심 판결문 3쪽 밑에서 3째줄 다음에 아래 부분을 추가한다.

『3) 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 , 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 에 의하면, 학술연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역은 부가가치세법 시행규칙 제11조의3 제3항 의 규정과 같은 “새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역”이라는 제한을 받지 않으므로, 이 사건 용역이 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 연구용역이 아니라 하더라도 행동과학에 관한 학술연구단체가 공급한 것이므로 면세 대상이다.

4) 원고는 1968. 9월 설립된 이후 40년 동안 법인세 등을 신고·납부하는 과정에서 이 사건 용역 공급과 관련하여 부가가치세를 신고·납부하여야 한다는 등의 아무런 지적을 받지 않았고, 이러한 비과세관행을 신뢰하였으므로 이러한 태도를 바꿔 부가가치세를 과세한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

5) 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 부과할 수 없다고 할 것인바, 원고도 위와 같이 비과세관행으로 인하여 이 사건 용역에 대한 부가가치세 신고·납부 의무를 불이행한 것이므로 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.』

▣ 제1심 판결문 7쪽 밑에서 3째줄 “학술연구연구와”을 “학술연구와”로 고친다.

▣ 제1심 판결문 9쪽 6째줄 다음에 아래 부분을 추가한다.

『3) 세 번째 주장에 대한 판단

부가가치세법 제12조 제1항 제16호 , 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 가 ‘학술연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역’에 대하여 부가가치세를 면제하는 이유는 학술연구단체가 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 장려하기 위하여 세금 부담을 경감시키기 위한 것이고, 학술연구단체라 하더라도 단지 연구개발된 결과인 검사기법 등을 응용 또는 이용하는 것에 불과한 용역까지도 부가가치세를 면제하려고 한 것은 아닌 것으로보이는 점, 학술연구단체가 새로운 이론 등의 연구용역과 관련되지 아니한 수익활동을 하는 경우 부가가치세를 면제한다면 학술연구단체가 영위하는 동일한 수익활동을 하는 납세의무자에 대하여는 불평등하게 부가가치세를 부과하게 되는 결과가 발생하는 점, 학술연구용역이라 함은 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 용역을 의미하고, 기존의 연구결과를 용용 또는 이용하는 것까지 포함한다고 보기 어렵고, 따라서 부가가치세법 제11조의3 제3항 의 규정은 확인적 의미에 불과한 점 등을 종합하면, 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 , 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 의 ‘학술연구단체가 학술연구와 관련하여 공급하는 용역’의 경우에도 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등을 연구하는 용역에 해당한다고 봄이 상당한바, 이 사건 용역은 앞서 본 바와 같이 이에 해당하지 아니하므로, 위 주장은 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 대한 판단

과세관청이 원고에 대하여 이 사건 처분 전에 이 사건 용역과 같은 용역에 대하여 부가가치세를 부과하지 않았다고 하더라도, 과세관청이 원고에 대하여 그러한 용역에 대한 부가가치세를 부과하지 않겠다는 공적 견해를 표명하지 않은 이상, 위 주장은 더 이상 살필 필요 없이 이유 없다.

5) 다섯 번째 주장에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다( 대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조).

이 사건의 경우 과세관청이 원고의 사업 개시 이후 이 사건 용역과 같은 용역에 대하여 이 사건 처분에 이르기까지 부가가치세를 과세하지 않았다는 사정이 있다고 하여 납세의무자인 원고가 이 사건 용역에 관한 부가가치세를 신고·납부하지 않는 것에 대하여 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정할 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다.』

2. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.