가. 원고는 1974. 5. 23. 설립되어 TV 브라운관, 컴퓨터 모니터 브라운관(Cathode Ray Tube, 이하 ‘CRT’라 한다)용 유리밸브를 제조생산하는 회사로서, 중국 내 CRT용 유리밸브 생산 및 판매 확대를 위해 2003. 3. 31. 중국 호남성에 ‘호남HEG전자유리유한공사’(Hunan HEG Electronic Glass CO.Ltd, 이하 ‘HNH’라 한다)를 100% 출자하여 설립하였다.

나. 원고는 2010. 3. 29. 피고에게 과세표준 26,789,267,751원, 총부담세액 4,859,300,818원으로 하여 2009사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다가, 2010. 12. 29. ‘자회사인 HNH가 2009년에 사업폐지하였으므로 원고의 HNH에 대한 대여금 및 미수금 채권 합계 79,248,896,922원(시설투자대여금 38,822,700,000원 운영자금대여금 16,228,289,732원 기타 미수금 24,197,907,190원)이 대손금으로 추가 손금산입되어야 한다’고 주장하면서 법인세 4,859,300,818원을 환급하고 원고의 2009 사업연도 결손금을 52,459,629,171원으로 증액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2011. 2. 24. 원고에게 HNH가 2009년에 사업폐지하였다고 볼 수 없어 원고 주장 금액을 2009 사업연도의 대손금으로 인정할 수 없다는 이유로 법인세 경정청구 기각 통지(이하 '이 사건 처분‘이라 한다)를 하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 2011. 5. 11. 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2013. 8. 21. ‘HNH의 실질적인 사업폐지 시점은 2009년인데, 원고 주장 금액 중 운영자금대여금 16,228,289,732원은 대손금 요건을 갖추지 못했고, 시설투자대여금 38,822,700,000원 및 기타 미수금 24,197,907,190원은 존재 여부 등이 불분명하므로 각 채권의 존재 여부 및 대손금 요건 충족 여부 등을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하라’는 내용의 재조사결정 이하 '이 사건...