2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 3. 21. 원고에게 한 2008 사업연도 법인세 1,285,900,460원의 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

가. 원고(2008. 9.경 '주식회사 AA'에서 '주식회사 AABBB'으로 상호를 변경한 후2016. 3.경 다시 '주식회사 AAAA'으로 상호를 변경하였다)는 배관재 등 건설자재제조판매업 등을 영위하는 코스닥 상장법인으로서, 2007. 12. 5.경 금, 은, 동재, 전자스크랩 등의 재활용 등 비철금속류 재생업 등을 영위하는 BBB 주식회사(이하 'BBB'이라 한다)의 지분 70%를 취득하였고, 이에 따라 BBB은 2007 회계연도부터 원고의 연결재무제표 작성대상 종속회사가 되었다.

나. 원고는 2008. 7. 15. BBB을 흡수합병하기 위하여 합병을 위한 이사회결의를 거쳐서 같은 날 합병계약을 체결하였고, 2008. 9. 1. 주주총회를 거쳐, 2008. 10. 7. 합병(이하 '이 사건 합병'이라 한다)을 하고 그 무렵 합병등기를 마쳤다.

다. 코스닥 상장법인인 원고는 구 증권거래법 시행령(2008. 7. 29. 대통령령 제20947호로 폐지되기 전의 것, 이하 '구 증권거래법 시행령'이라고 한다) 제84조의7 제1항 및 구 증권거래법 시행규칙(2008. 8. 4. 총리령 제885호로 폐지되기 전의 것, 이하 '구 증권거래법 시행규칙'이라 한다) 제36조의12 제1항 및 제2항에 따라 기준주가를 합병가액(주당 2,792원)으로 산정하였고, 비상장법인인 BBB은 유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙 제5조 내지 제8조에 의한 자산가치와 수익가치를 가중평균한 본질가치로 합병가액(주당 8,157원)을 산정하였으며, 원고와 BBB의 합병비율은 위 각 합병가액에 따라 1 : 2.9215616으로 결정되었다.

라. 원고는 위 합병비율에 따라 BBB의 주주에게 BBB의 보통주(액면금액 500원)1주당 원고의 보통주(액면금액 500원) 2.9215616주를 교부하여 총 12,270,558주(= BBB 발행주식수 4,200,000주 × 2.9215616, 1주 미만의 단주에 대하여는 합병시 교부하는 원고의 합병신주가 변경상장되는 초일의 종가로 계산된 금액을 현금으로 지급)를 교부하였다.

마. 원고는 이 사건 합병에 관하여 기업인수ㆍ합병 등에 관한 회계준칙(이하 '결합회계준칙'이라 한다) 제4조에 따라 매수법으로 회계처리를 하고, 위 회계준칙 제17조에 따라 연결재무제표상의 장부가액을 승계하는 것으로 회계처리를 하였는데, 그 결과 BBB의 순자산 공정가액과 합병대가의 차액 3,208,765,661원을 회계장부에 무형자산인 영업권(이하 '이 사건 영업권'이라 한다)으로 계상하였다.

바. 원고는 이 사건 영업권에 대하여 10년의 내용연수를 적용하여 정액법으로 상각하여 2008년 및 2009년에 각각 80,219,140원, 320,876,556원을 감가상각비로 계상하였는데, 이 사건 영업권을 손금으로 처리하여 세무신고를 하면서도 이를 익금에 산입하지는 아니하였다.

사. 대전지방국세청은 2010년경 '원고가 이 사건 영업권을 익금으로 세무조정을 하지 않으면서도 감가상각자산으로 보아 영업권을 상각한 것은 익금계상 없이 손금만 계상하는 것으로서 결국 법인세 부담을 임의로 줄이는 결과가 되어 부당하므로 위 영업권은 감가상각자산에 해당하지 않는다'고 지적하였고, 원고는 이에 따라 2010. 5. 14. 2008 및 2009 각 사업연도에 상각하였던 각 금액을 손금불산입하는 것으로 법인세 수

정신고를 하였으며, 미상각잔액 2,807,669,695원(= 3,208,765,661원 - 80,219,140원 - 320,876,556원)에 관하여 2010 사업연도에 손금산입하여 △유보처리함과 동시에 같은금액을 손금불산입하고 기타로 처분하여 신고하였다.

아. 대전지방국세청장은 원고의 2008 사업연도의 법인세 신고에 대한 서면분석 결과 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법인세법 시행령'이라 한다) 제24조 제4항에서 정한 감가상각자산인

영업권으로서 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법인세법'이라 한다) 제17조 제1항 제3호 단서에서 정한 '합병평가차익'에 해당하는 것으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세하도록 피고에게 통지하였고, 이에 따라 피고는 2014. 3. 26. 원고에게 2008 사업연도의 법인세 1,285,900,460원(과소신고가산세88,735,280원, 납부불성실가산세 465,937,033원, 가산세 합계 554,672,313원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

[인정근거] 일부 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1, 2, 4 내지 6호증의 각 기재(각 가지번호 포함, 이하 같다)

2. 원고의 주장 요지

가. 이 사건 영업권은 BBB의 무형의 사업상 가치를 평가하여 승계한 것이 아니라,결합회계준칙에 따라 합병비율에 의해 정해진 합병대가와 피합병법인 순자산의 공정가액과의 차액으로 계상된 것으로서 단순히 회계처리의 기술적 과정에서 발생하는 금액에 불과하므로, 익금산입대상인 합병평가차익에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 설령 이 사건 영업권이 과세대상에 해당한다 하더라도, 이 사건의 경우 대법원의 2018. 5. 11. 선고 판결 이전까지 합병법인이 계상한 회계상 영업권을 세법상 영업권으로 보아 과세할 수 있는지 여부에 관하여 그 입장이 정리되지 아니하였고, 이 사건 영업권이 감가상각자산에 해당하지 않는다는 대전지방국세청과 피고의 지적에 따라 2010년 수정신고를 하였고 과세관청으로부터 어떠한 문제점도 지적받지 아니하였으므로, 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부에 대한 판단

가. 이 사건 영업권이 법인세법상 합병평가차익에 해당하는지 여부

(1) 관련 법리

구 법인세법은 합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가하여 승계한 경우 그 자산의 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세한다(제17조 제1항 제3호 단서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항, 제12조 제1항 제1호).

그리고 합병의 경우 합병법인이 계상한 영업권은 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계한 경우로서 피합병법인의 상호ㆍ거래관계 기타 영업상의 비밀 등(이하 '상호 등'이라 한다)으로 사업상의 가치가 있어 대가를 지급한 것에 한하여 감가상각자산으로 한다(구 법인세법 시행령 제24조 제4항).

이러한 관계 법령 규정에 따르면, 법인 합병의 경우 영업권 가액을 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수있는 무형의 재산적 가치로 인정하여 그 사업상 가치를 평가하여 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다. 이때 사업상 가치의 평가 여부는 합병의 경위와 동기, 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 합병 이후 세무 신고 내용 등 여러 사정을 종합하여 객관적으로 판단하여야 하고, 기업회계기준에 따라 영업권이 산출된다는 것만으로 이를 추단할 수 없다. 그 상세한 이유는 다음과 같다(대법원 2018. 5. 11. 선고 2017두54791 판결 등 참조).

㈎ 합병법인의 합병평가차익으로 과세하기 위해서는 논리적으로 먼저 합병법인의 자산으로 인정되어야 한다. 법인이 내부의 사업 활동으로 무형의 가치가 있는 영업권을 창출하였다고 하더라도 세법상 자산으로 인식되는 것은 아니며, 합병으로 피합병법인의 영업권을 취득하는 때에는 위 구 법인세법 시행령에서 정한 요건을 갖춘 경우에 한하여 세법상 합병법인의 자산으로 인정된다.

세법과 기업회계는 그 목적과 취지가 달라 법인세법령에서 별도로 규정을 두는 경우가 있는데, 합병 시 영업권의 인식 요건도 그러한 경우에 속한다. 시행령에서 정한 '영업권에 관한 사업상 가치 평가 요건'은 1998. 12. 31. 법인세법 시행령 개정 시에 세법상 영업권을 제한적으로 인정하기 위해 도입된 것으로서, 합병 과세의 틀이 정비된 2010. 6. 8. 개정 법인세법 시행령에서도 제80조의3 제2항으로 옮겨 현재까지 유지되고 있다.

㈏ 합병의 경우 영업권을 세법상 자산으로 인정하기 위한 요건 문제는, 구체적 평가방법의 적절성을 판단할 때 영업권 가액을 합병대가 중 순자산가액을 초과한 차액으로 계산하는 것이 적절한지라는 문제와는 논의 단계를 달리한다. 따라서 상호 등에 대한 사업상 가치 평가를 요구하는 것은 차액설에 따른 영업권 평가의 적절성을 수긍한 판례와 모순되는 것이 아니다.

㈐ 합병평가차익 과세는 피합병법인이 합병 전까지 보유하던 유ㆍ무형의 자산에서 발생한 이득을 합병을 계기로 일정한 요건에 따라 과세하는 것으로서, 구 법인세법 시행령 제15조 제2항이 그 계산법으로 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호를 인용하고 있을 뿐, 개념상 자본준비금(구 법인세법 제16조 제1항 제2호 가목) 등과는 아무런 관련이 없다. 합병법인이 피합병법인으로부터 인계받은 순자산가액과 합병신주 액면가액 사이의 단순 차액인 합병차익은 합병평가차익 과세의 요건이 될 수 없다.

(2) 구체적인 판단

㈎ 앞서 든 증거들 및 을 제3, 7, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 1990. 1.경 설립되어 아파트 및 일반가정용 급수급탕과 난방용

PB(Polybutylene) 배관재를 주로 생산하는 업체로서, PB배관재는 아파트 및 일반가정용 수요가 대부분이기 때문에 건설회사의 주택사업시황에 많은 영향을 받는 품목이다.

② 한편 원고의 계열사인 BBB은 1995. 2.경 설립되어 금, 은, 동재, 전자스크랩 등의 재활용 등 비철금속류 재생업 등을 주요 사업으로 하는 업체로, 자산 총계 대비 당좌자산 비율이 2006년 말 기준 63.77%, 2007년 말 기준 34.20%, 이 사건 합병기일인 2008. 10. 7. 기준 53.09%를 차지하였고, 2007 사업연도 및 2008 사업연도(이 사건 합병기일 전까지)에 잇달아 약 100억 원 상당의 급격한 매출의 성장과 함께 각각 10.42%와 15.35%라는 높은 영업이익률을 보였으며(2006 및 2007 사업연도의 매출액증가율은 각각 24.18%, 28.64%, 영업이익 증가율은 각각 38.08%, 108.33%에 달함), 세무상으로도 연속하여 상당한 규모의 소득금액을 신고하였고, 이 사건 합병 당시에는 약 105억 원의 이익잉여금 누계액이 계상되어 있었다. 이러한 사정은 관련 규정에 따라 피합병법인 주식의 수익가치를 계산할 때 반영이 되었다.

③ 원고는 합병계약서, 합병신고서 및 2008년 반기보고서에서 '이 사건 합병을 통하여 비철금속 재생사업으로의 진출을 모색하여 새로운 사업영역으로의 확대를 통한 매출 증대와 안정적인 수익구조를 기반으로 경쟁력 강화 및 경영의 효율성 제고를 실현하여 지속적인 성장을 함으로써 주주가치의 극대화를 달성하고자 한다'고 이 사건 합병의 동기와 목적을 밝히고 있다.

④ 원고는 합병대가와 BBB으로부터 승계한 순자산가액의 차액인 약 320억 원을 회계장부에 영업권으로 계상하였을 뿐만 아니라, 합병이 이루어진 2008 사업연도 및 2009 사업연도에 법인세를 신고하면서 이를 익금에 산입하지는 아니하였으나, 세법상자산인 영업권으로 계상하고 각각 80,219,140원, 320,876,556원을 감가상각비로 손금산입 처리를 하였으며, 2010년 경 대전지방국세청으로부터 지적을 받기 전까지는 스스로위 법인세에 관하여 수정신고를 하지 아니하였다.

㈏ 위와 같은 이 사건 합병의 경위와 동기, 이 사건 합병 무렵 합병법인과 피합병법인의 사업 현황, 이 사건 합병 이후 세무 신고 내용 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 당시 BBB이 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였다고 봄이 상당하다. 특히 합병비율에 관하여는증권거래법 등 관련 규정을 따라야 하고, 무형적 자산에 대한 가치평가액을 전체 합병대가에서 순자산가액을 공제한 금액으로 적절히 정하는 것이 가능하므로, 세법상 영업권으로 인정하기 위해서 반드시 합병대가 산정 시 별도의 적극적인 초과수익력 계산과정이 수반되어야 하는 것은 아니다.

㈐ 따라서 이 사건 영업권은 법인세법상 익금에 산입되어야 하는 합병평가차익에 해당하므로, 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부

(1) 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무

를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법

원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결 등 참조).

(2) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건의 경우 원고가 계상한 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항에서 정한 요건을 충족하는지 여부, 즉 합병법인이 피합병법인의 상호 등 사업상 가치를 평가하여 승계한 경우로서 대가를 지급한 것에 해당하는지 여부에 대한 다툼이 있었을 뿐,위와 같은 요건을 충족한 영업권이 같은 법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 규정하는 합병평가차익에 포함된다는 점에 관하여 법률 해석상 견해의 대립이 있었다고 보이지 아니하는 점, ② 앞서 본 바와 같이 원고는 BBB이 가지고 있던 거래관계 등 무형의 재산에 전체로서 사업상 가치를 인정하여 대가를 지급하고 합병하였으므로 이 사건 영업권은 법인세법상 합병평가차익에 해당하는 점, ③ 피고가 원고에게 이 사건 영업권 이 위와 같은 요건에 해당하지 아니한다는 취지의 세무지도 등 견해를 표명한 바도 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고에게 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 인정하기 어려우므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주장은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.