2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 처분의 경위

(1) 원고는 1983.8.15.경 소외 신○역으로부터 국유지인 남양주시 ○○읍 ○○리 94-○, 94-○, 105-○○ 및 같은 ○○리 761-○○ 하천부지 3,078㎡에 대한 점용허가권과 그 지상의 양계장 건물 13동 1,907.28㎡ 및 같은 ○○리 761-○○ 하천부지 367㎡에 대한 점용허가권(원래 토지는 위와 같이 4필지 합계 3,445㎡(1,042평)이었다가 아래와 같이 원고가 이를 양도할 무렵 11필지로 분할되었으나, 편의상 분할 전 상태에 따라 부르되, 이 사건 각 토지 및 건물이라 한다)을 대금 1억 5,000만 원에 취득하여 점유ㆍ사용하여 왔다.

(2) 한편, 경기도가 2004.1.6. 이 사건 각 토지를 폐천부지로서 매각대상자산으로 승인한 후 남양주시장이 2004.8.17. 원고에게 공유재산(도유폐천부지) 매각 통지를 하자, 원고는 2004.8.27. 남양주시장과 사이에 이 사건 각 토지 중 ○○리 소재 3필지를 대금 1,688,843,000원에 불하받기로 하는 매매계약을 체결하는 한편, 2004.8.30. 소외 김○일을 공동 매도인으로 하여 이 사건 각 토지 및 건물을 소외 염○인에게 대금 31억 2,000만 원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 이어 2004.11.11. 남양주시장과 사이에 이 사건 각 토지 중 ○○리 소재 1필지를 대금 294,517,500원에 불하받기로 하는 매매계약을 체결하였다.

(3) 위 각 매매계약에 따라 원고는 2004.8.30. 남양주시장에게 이 사건 각 토지중 ○○리 3필지의 대금을 완납한 후 이에 관하여 2004.9.9. 자신의 명의로 소유권이전등기를 하였다가 2004.10.20. 매수인인 염○인에게 소유권이전등기를 하여 주었고, 2004.11.15. 남양주시장에게 이 사건 각 토지 중 ○○리 1필지의 대금을 완납하면서 이에 관하여 자신의 명의로 소유권이전등기를 하였다가 같은 날 위 염○인에게 소유권이전등기를 하여 주었다.

(4) 원고는 2004.12.20. 피고에게 이 사건 각 토지의 양도와 관련하여 실거래가액에 따른 양도소득과세표준 신고 및 자진납부를 하면서 이 사건 각 토지의 취득일자를 2004.9.9.과 11.15로, 양도일자를 2004.10.6~11. 15.까지로 하여 보유기간을 1년 미만으로, 양도소득금액 105,081,120원{=양도차익 105,081,120원(=양도가액 2,201,360,500원 - 취득가액 1,981,360,500원) - 기타 필요경비 114,918,880원}에 양도소득기본공제를 한 102,581,120원을 과세표준으로 신고하고, 여기에 1년 미만 보유 단기 양도세율 50%를 적용한 후 예정신고납부세액을 공제한 46,161,504원을 자진 납부할 양도소득세로 계산하여 납부하였다.

(5) 그런데, 서울지방국세청장이 2007.7.2.~30.까지 원고의 이 사건 각 토지 등의 양도에 따른 양도소득세조사를 실시하여 이 사건 각 토지의 실지 양도가액을 2,523,680,250원 (과소신고분 325,402,000원 포함)으로 조사한 후 여기에 과세전적부심사청구에서 추가로 신고된 이 사건 건물의 취득가액과 중개수수료를 필요경비로 산입하여 원고의 양도소득세를 151,131,827원(양도소득금액 325,400,570원 (= 양도가액 2,523,680,250원 - 취득가액 2,056,360,500원 - 필요경비 141,918,880원)에다 양도소득 기본공제를 한 후 1년 미만 보유에 따른 세율 50%를 곱하여 산출한 세액에다 예정신고납부 세액공제와 신고 및 납부불성실 가산세를 합한 총 결정세액에 이미 자진 납부한 세액을 공제한 금액이고, 산정시 이 사건 건물은 국유지를 불하받을 목적으로 이미 철거되어 양도 당시 존재하지 않아 별도 양도가액이 없는 것으로 계산하면서 그 취득가액은 토지의 자본적 지출액으로 보아 필요경비로 계산하였다}으로 산정하여 2007.11.26. 원고에게 이를 경정ㆍ고지하였다(한편, 피고는 서울지방국세청의 지시에 따라 위 경정고지 무렵 김○일에 대하여 김○일이 이 사건 각 토지를 원고로부터 25억 2,368만 원에 취득하여 31억 2,000만 원에 염○인에게 미등기 전매한 것으로 보아 그에 따른 양도소득에다 미등기전매에 따른 양도세율을 적용하여 산정한 5억 5,918만 원을 김○의2004년도 귀속양도소득세로 부과하였다).

나. 이 사건 각 토지 및 건물의 취득 및 양도 경위

(1) 원고는 위와 같이 1983.8.10. 신○연으로부터 이 사건 각 토지의 점용허가권과 건물을 양수받은 후 1983.8.24. 남양주군수로부터 이 사건 토지에 대한 점용허가를 받아 순차 점용허가기간을 연장하면서 양계농장 부지 및 계사로 사용하여 오다가 악취로 인한 민원발생으로 인하여 남양주시로부터 계사 폐쇄조치 권고를 받고 1999.6.30.경 폐업하면서 남양주시에 이 사건 각 토지의 양여신청서를 제출하였다.

(2) 원고는 1999.10.23. 김○일과 이 사건 토지 및 건물과 그 외 ○○리 95-○ 토지(이하 이 사건 외 토지라 한다)에 관하여 매매대금을 5억 6,000만 원으로 하는 매매계약(이하 최초 매매계약이라 한다)을 체결한 후 김○일로부터 계약 당일 계약금 5,000만 원, 1999.11.20. 중도금 1억 원을 지급받고, 2000.1.6. 중도금으로 김○일 소유 ○○아파트 702호(이하 이 사건 아파트라 한다)를 3억 원으로 평가하여 대물변제조로 이전받았는데, 최초 매매계약서의 특약사항란에는 이 사건 토지 중 ○○리 제조로 이전받았는데, 최초 매매계약서의 특약사항란에는 '이 사건 토지 중 ○○리 94-○ 과 105-○ 토지는 국유지지상권 매매로서 하천부지를 매도인이 책임지고 모든 절차를 거쳐서 불하하여 매수인에게 소유권 이전하여 준다. 잔금은 소유권 이전서류 완비시 지불키로 한다'고 되어 있다.

(3) 원고는 그 후 2000.7.21. 김○일과 사이에 최초 매매계약과 관련하여 이 사건 아파트를 담보로 대출받아 2억 원을 김○일에게 반환하고, 불하절차 완료시 2억 원과 잔금을 회수하기로 하는 합의(이하 1차 합의라 한다)를 한 후 그에 따라 2000.8.1. 금융기관으로부터 2억 원을 대출받아 김○일에게 2억 원을 반환하였고, 한편 김○일은 2001.8.10. 위 대출금 2억 원 중 2,000만원을 변제하여 주었는데, 원고와 김○일은 2002.3.15. 최초 매매계약과 관련하여 다시 김○일은 이 사건 아파트 대출금 잔액 1억 8,000만 원 중 5,000만 원을 원고에게 상환하고, 나머지 1억 3,000만 원은 ○○리 농장 분양시 상환하며, 최초 매매계약 토지 면적의 감소와 이자부담 등에 따라 매매대금을 4억 5,000만 원으로 조정하되, 이 사건 외 토지 및 이 사건 건물의 1/2 지분을 김○일에게 이전하기로 합의(이하 2차 합의라 한다)한 후 그에 따라 2002.4.8. 이 사건 토지와 이 사건 건물 중 1/2지분을 김○일에 이전하여 주는 한편, 2002.3.18. 피고에게 이 사건 외 토지의 양도와 관련하여 기준시가로 양도소득세 신고를 하였다.

(4) 한편, 경기도는 2004.1.16. 이 사건 각 토지 중 ○○리 3필지 3,0789㎡에 대하여 우선매수자를 원고로 하는 매각대상재산 승인결정(이 사건 각 토지 중 ○○리 761-○○ 367㎡에 대하여 추후 매각승인예정이라고 통지)을 하면서 오남소방파출소예정부지인 원고 소유의 ○○○시 ○○읍 ○○리 761-○○ 지상 건축물을 철거하고, 이 사건 각 토지의 지상 건축물 철거, 하천점용료 및 폐천부지 대부료를 완납하는 것을 승인조건으로 부가하였다.

(5) 이에 원고는 앞서 본 바와 같이 2004.8.27. 남양주시장과 이 사건 각 토지 중 ○○리 소재 3필지를 불하받기로 하는 매매계약을 체결한 후 같은 달 30. 그 대금을 완납하고 이에 관하여 2004.10.11. 소유권이전등기를 마쳤고, 2004.11.11. 이 사건 각 토지 중 ○○리 1필지를 불하받기로 하는 매매계약을 체결한 후 같은 달 15. 그 대금을 완납하고 이에 관하여 같은 날 소유권이전등기를 마쳤는데, 원고는 2004.8.30. 김○일을 공동 양도인으로 하여 염○인에게 이 사건 각 토지 및 건물을 대금 31억 2,000만 원에 양도하기로 하는 매매계약을 체결하면서 특약사항으로 잔금은 매수인에게 토지거래허가필증 교부시 지급하고, 건축물 폐기물은 매도인이 처분하기로 하였다.

(6) 한편, 원고는 2004.8.30. 김○일과 사이에 최초 매매계약을 해지하고, 김○일은 원고에게 이 사건 각 토지의 매매잔금을 받을 시 3억 8,000만 원을 지급하되 이 사건 각 토지의 대부료는 김○일이 부담하며, 최초 매매계약 후 쌍방간에 작성된 각서는 모두 무효로 하고, 이 사건 각 토지를 제3자에게 매매 후 발생하는 양도소득세는 김○일이 부담하며, 이 사건 각 토지에 관하여 원고 명의로 등기시 발생하는 등기비용은 그 매매대금으로 부담하기로 합의(이하 3차 합의라 한다) 하였다.

(7) 그 후 이 사건 각 토지의 불하관련 매매계약 및 원고와 김○일 사이의 3차 합의에 따라 이 사건 건물은 2004.8.30.까지 모두 철거되었고, 원고 및 김○일은 2004.9.14.까지 남양주시에 이 사건 각 토지와 관련한 1996.부터 2000.까지의 하천점용료 체납분 및 폐천부지 대부료 등 합계 86,477,000원을 납부하였으며, 그 후 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 토지 중 ○○리 토지에 관하여 2004.9.9. 원고 명의로 소유권이전등기가 되었다가 2004.10.20. 염○인 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌고, ○○리 토지에 관하여 2004.11.15. 원고 명의로 소유권이전등기를 하였다가 같은 날 염○인 앞으로 소유권이전등가 마쳐졌다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 점에서 이 사건 처분은 부적법하다고 주장한다.

① 이 사건 각 토지 관련 거래의 경위상 원고는 1983년 이 사건 각 토지를 우선적으로 불하받을 권리와 건물을 취득한 후 1999년 김○일에게 이를 매도하기로 하는 계약을 체결하였다가 2004년 이 사건 각 토지를 남양주시로부터 불하받아 김○일과 공동으로 염○인에게 양도하였으므로, 이 사건 각 토지와 관련한 양도는 토지 소유권이 전의 형식만 갖추었을 뿐 실제 부동산을 취득할 수 있는 권리를 21년간(1999.1.11. 경기도공유재산관리조례 제39조의 2의 신설로 원고가 폐천부지를 수의계약에 의해 불하받을 수 있는 권리가 발생한 때로부터 기산하더라도 4년 7개월) 이상 보유하다가 양도한 것에 해당함에도, 원고가 2004.9.월과 11월에 남양주시로부터 이 사건 각 토지를 취득하였다가 그 직후 이를 양도함으로써 1년 미만 단기간 보유 토지의 양도라고 보아 그에 따른 단기양도 세율 50%를 적용하여 산정한 양도소득세를 경정 고지한 이 사건 처분은 부적법하다.

② 원고는 김○일 및 염○인에게 이 사건 각 토지 이외에 원고가 21년간 보유하여 온 이 사건 건물을 함께 양도하였으므로, 양도소득세의 산정시 건물분에 대하여 장기보유특별공제를 하여야 함에도 이를 하지 아니한 채 양도소득세를 산정하여 부과한 이 사건 처분은 부적법하다.

③원고는 1999년 남양주시의 권고로 계사 폐쇄조치 후 이 사건 각 토지에서 양계농장을 운영하지 못하였음에도 폐쇄조치 이후 하천점용료(체납분)와 폐천부지 대부료를 완납하는 조건으로 이 사건 각 토지를 불하받음에 따라 2004년까지의 하천점용료와 폐천부지 대부료 합계 86,477,060원을 납부하였는바, 이는 이 사건 각 토지의 취득을 위한 필요경비에 해당함에도 이를 공제하지 아니한 채 양도소득세를 산정하여 부과한 이 사건 처분은 부적법하다.

3. 관련 법령

소득세법 제94조 (양도소득의 범위)

소득세법 제96조 (양도가액)

4. 판단

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도인지 여부

(1) 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에서 말하는 '부동산을 취득할 수 있는 권리'라 함은 부동산 자체의 취득을 주목적으로 하는 권리로서 부동산의 취득을 권리의 직접 대상으로 하거나 적어도 그 권리를 취득하는 사실상의 주된 목적이 부동산 자체의 취득에 있어 향후 추가적인 요건을 구비하거나 일정한 절차를 거친다면 그 부동산을 취득할 수 있게 되는 권리를 의미하는 것이고, 양도소득세 부과대상으로서 '부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도'는 그러한 권리 자체의 양도이어야 할 뿐만 아니라 그 러한 권리 자체가 양도 가능한 것이어야 할 것이다.

(2) 그런데, 원고가 이 사건 각 토지의 양도 후 2004.12.20. 양도소득과세표준 신고를 하면서 스스로 1년 미만 보유한 이 사건 각 토지 자체의 양도로 보아 양도소득과세표준신고와 그에 따른 세율을 적용하여 양도소득세를 산출하였을 뿐만 아니라, 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고가 1983.3.15. 신○연으로부터 매수한 것은 이 사건 각 토지에 대한 점용허가권일 뿐이고, 그에 따라 원고가 이 사건 각 토지를 장기간 점용, 사용함에 따라 추후 이를 우선 불하받을 수 있는 기대권 내지 연고권을 가지고 되었다고 하더라도 이러한 기대권 내지 연고권 자체를 점용권과 분리하여 양도가 가능한 권리라고 보기도 어려우므로 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리라고 보기 어려운 점, 원고와 김○일 사이의 1999.10.23.자 매매계약서의 내용에 의하더라도 하천부지를 매도인이 책임지고 모든 절차를 거쳐서 불하하여 매수인에게 소유권 이전하여 주되 잔금은 소유권 이전서류 완비시 지불하기로 한다고 되어 있어 잔금지급과 대가관계에 있는 것은 이 사건 각 토지로서 위 매매계약의 목적물은 이 사건 각 토지 자체로 보이는 점, 위 1999.10.23.자 매매계약이 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도라면, 원고와 김○일이 1, 2, 3차 합의를 통하여 잔금지급 시기 등을 연기할 필요 없이 권리의 양도에 따른 절차를 이행하면서 이 사건 각 토지를 불하받아 이전등기를 하기 전에 잔금 등을 모두 청산할 수 있었음에도 실제 원고가 이에 대한 소유권이전등기를 마친 후에 잔금이 청산되었던 점, 원고와 김○일이 공동명의로 2004.8.30. 염○인에게 양도한 것은 이 사건 각 토지 자체의 양도임이 명백하고, 그에 따라 이 사건 각 토지에 관하여 이전등기를 경료하여 주었던 점 등에 비추어 보면, 원고가 김○일 또는 염○인에게 양도한 것은 이 사건 각 토지 자체일 뿐 이를 부동산을 취득할 수 있는 권리 자체의 양도하고 할 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 ①항 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유가 없다.

나. 이 사건 건물이 양도대상으로 장기보유특별공제가 적용되어야 하는지 여부

살피건대 원고가 2004.12.20. 양도소득과세표준 신고를 하면서 스스로 이 사건 건물은 양도대상에 포함시키지 않았을 뿐만 아니라, 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 토지를 남양주시로부터 불하받기로 하는 매매계약의 조건상 이 사건 건물의 철거가 포함되어 있어 원고가 이 사건 각 토지와 함께 이 사건 건물을 양도의 대상으로 포함시키는 것이 사실상 불가능할 뿐만 아니라 이 사건 각 토지에 관한 양도계약시나 실제 잔금청산일 무렵에는 이 사건 건물이 이미 철거, 멸실되어 존재하지 않았던 점, 한편 이 사건 건물 중 1/2지분은 이미 2002.4.8. 김○일 앞으로 이전등기가 되었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 토지의 양도 당시 이 사건 건물이 함께 양도의 대상에 포함되었다고 보기 어렵고, 따라서 이 사건 각 토지의 양도 당시 이 사건 건물이 양도 대상에 포함되었음을 전제로 하는 원고의 위 ②항 주장도 이유가 없다.

다. 하천점용료 등이 필요경비에 해당하는지 여부

원고가 남양주시로부터 이 사건 각 토지를 취득할 당시 그 지상의 계사를 폐쇄한 이후의 하천부지 점용료 및 대부료 86,477,000원을 납부하였음은 앞서 본 바와 같으나, 이와 같은 점용료 및 대부료는 그 기간 동안 이 사건 각 토지의 점용 또는 사용에 따른 대가로서 점용 또는 대부자인 원고가 실제 이를 점용, 사용하였는지 여부와 상관없이 그에 대한 점용권자 또는 사용권자로 있었던 이상 부담하여야 할 비용으로 보일 뿐이고, 위와 같은 비용이 이 사건 각 토지 자체의 취득가액이나 자본적 지출액 또는 양도비에 해당한다고 할 수는 없으므로, 위와 같은 비용이 이 사건 각 토지의 취득에 필요한 경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다는 원고의 위 ③항 주장도 결국 이유가 없다.

결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.