2. 원고의 나머지 청구를 각...

가. 원고는 2008. 1. 28. B과 함께 에스에이치공사로부터 CD 도시개발지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라고 한다)내에 근린공원 등을 설치하는 내용의 조경공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사대금 7,660,558,000원으로 정하여 도급받았고(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다), 이후 설계변경 등을 이유로 위 공사대금이 9,355,890,000원으로 변경되었다.

나. 서울특별시는 에스에이치공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안을 검토한 결과 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 에스에이치공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

다. 에스에이치공사는 위와 같은 서울특별시의 지침에 따라 원고에게 일부는 부가가치세를 포함한 금액으로, 나머지는 부가가치세를 포함하지 아니한 금액으로 각 공사대금을 지급하면서 부가가치세가 포함되지 아니한 공사금액에 대해서는 계산서 발행을 요구하였고, 이에 원고는 위 과세부분에 대해서는 세금계산서를, 위 면세부분에 대해서는 계산서를 각 발행하고, 그에 따라 부가가치세를 신고납부하였다. 라.

서울지방국세청장은 에스에이치공사에 대하여 법인정기조사를 실시한 결과 원고가 에스에이치공사에 공급한 용역은 아파트 건설용역이 아닌 조경공사만을 위하여...