가. 원고는 2010년에는 부산교도소에서, 2011년부터 2013년까지는 부산구치소에서 근무하면서 부산 북구 B에 있는 대한불교C 소속 종교단체인 D(대표자 E, 이하 ‘이 사건 사찰’이라 한다)으로부터 발급받은 기부금영수증(이하 ‘이 사건 기부금영수증’이라 한다)을 피고에게 제출하여 피고로부터 2011년부터 2013년까지 귀속 근로소득세에 관하여 기부금 소득공제를 받았다.

나. 북부산세무서장은 2014. 3. 24.부터 2014. 7. 31.까지 이 사건 사찰에 대한 조세범칙조사를 한 결과, 이 사건 사찰이 2009년 34억 원, 2010년 34억 원, 2011년 18억 원, 2012년 17억 원 및 2013년 4억 원 상당의 기부금영수증을 허위 발급한 것으로 보아 조세범으로 고발하고 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2015. 7. 1. 원고에 대하여 2010년도 귀속 종합소득세 900,930원, 2013년도 귀속 종합소득세 414,650원(가산세 포함)을 경정고지하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 과세전적부심사절차를 거쳐 2015. 9. 23. 국세청에 심사청구를 하였으나 2015. 12. 23. 기각결정을 받았다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제5, 9, 10호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장 원고는 피고에 대하여 2011년도 및 2012년도 귀속 종합소득세에 대하여도 피고의 부과처분이 있었음을 전제로 그 취소를 구하고 있으나, 피고는 원고에 대한 2011년도 및 2012년도 귀속 종합소득세에 대하여 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 세금을 징수한 것 외에 원고에게 별도의 부과처분을 한 사실이 없으므로, 이 사건 소 중 2011년도 및 2012년도 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 판단 갑 제1...