원심결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 발명의 요지는 경쟁면역분석판별방법 및 또는 웨스턴블롯분석방법을 사용하여 영속세포배지로부터 얻어진 사람T세포친화성바이러스(Human T-1ymphotrophic VirusIII, 이하 HTLV-III 바이러스라 한다) 단백질 또는 위 단백질에 대한 항체를 사용하는 표본 중의 HTLV-III 바이러스, 그 바이러스의 유도체, 그 바이러스에 대한 항체 또는 항원을 검출하는 방법이고, 인용발명은 임파선증후군(LAS) 또는 후천성면역결핍증(AIDS)에 감염된 환자의 혈청에 의해 면역학적으로 인지되는 레트로바이러스의 추출물의 제조와 이를 위 환자의 혈청과 접촉시켜 면역반응을 탐지하는 것을 특징으로 하는 임파선증후군과 후천성면역결핍증의 진단방법인 바, 양 발명을 대비하면 양자는 후천성면역결핍증의 진단방법인 점에서 발명의 목적이 동일하고, 이 사건 발명에서의 HTLV-III 바이러스와 인용발명에서의 임파절증관련 바이러스(1ymphoadenopathy-associated virus,LAV)는 동일한 바이러스이며, 이 사건 발명의 경쟁면역분석방법에는 인용발명에서 사용하는 효소결합면역흡착분석법(ELISA법)이 포함되므로 동일성이 있는 분석방법에 의한 것이어서 양 발명은 그 목적과 구성, 작용효과가 동일하여 이 사건 발명은 선출원인 인용발명과 동일하므로 구 특허법(1990.1.13.법률 제4207호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조의 2에 의하여 특허받을 수 없다 하여 거절사정한 특허청의 조치를 정당하다고 판단하였다.

그러나 기록에 의하면, 양 발명의 목적이 후천성면역결핍증을 일으키는 바이러스의 분리및 감염여부의 검사라는 점에서는 서로 같으나, 그 기술구성에 있어 인용발명이 일반적으로 환자의 혈청에서 추출된 바이러스추출물을 토대로 바이러스의 감염여부를 진단하는 것과 달리 이 사건 발명은 영속세포배지로부터 얻어진 HTLV-III단백질 또는 그 항체를 사용하는 점에서 차이가 있고 이와 같은 영속세포의 배양으로 바이러스의 연속적인 대량생산이 가능하게 되므로 그 진단시약및 백신의 개발을 더욱 손쉽게 하는 작용효과가 있어서 이 사건 발명의 신규성 및 진보성은 인정될 여지가 있다 할 것이지만, 그 특허청구범위의 기재에 있어 배양된 영속세포가 특정되어 있지 아니하여 모든 영속세포배지로부터 얻어진 HTLV-III단백질 등을 사용하는 것을 특징으로 하는 방법으로 확대해석될 우려가 있어서 이 점에서 이 사건 발명은 등록사정되지 못할 이유가 있는 것으로 판단된다. 그러나 이 점에 대하여는 원사정 및 항고심판에서 지적된 바 없었으므로 이를 이유로 등록을 거절하자면 구 특허법 제119조에 따라 당사자인 출원인에게 의견진술의 기회를 주어야 할 것이어서 원심으로서는 위에서 지적된 바의 이유로 의견진술의 기회를 주어 그 결과에 따라 이 사건 출원의 등록 여부를 결정하여야 할 것이다.

그러함에도 불구하고 원심은 이 사건 발명이 인용발명과는 별도로 채택하고 있는 새로운 기술적 구성과 그 작용효과에 관하여 심리를 다하지 아니한 채 양 발명의 목적이 후천성면역결핍증의 진단이라는 점에서 동일하고, 그 진단 여부의 판별방법이 유사한 면역분석방법을 채택하고 있다는 이유만으로 양 발명이 동일한 발명이라고 판단한 것은 구 특허법 제6조의 2의 법리를 오해하고 이 사건 발명의 기술적 구성, 작용효과에 대한 심리를 다하지 아니하여 심결결과에 영향을 미쳤다할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다.

그러므로 원심결을 파기하고 사건을 특허청 항고심판소에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.