처분청은 청구법인의 ’90사업년도(90.1.1～12.31) 법인세 조사시에 청구법인의 수탁품보조부상에 90.12.31 동 법인의 직영점(OO점)에서 본점으로 환입된 소맥분(규격 22㎏) 11,350BOX(재고자산금액 60,155,000원) 【이하 “쟁점소맥분”이라 한다】가 ’90사업년도 말(90.12.31)의 재고조사표에는 누락된 사실을 확인하고 쟁점소맥분이 매출누락된 것으로 보아 쟁점소맥분의 매입원가 60,155,000원에 청구법인의 소맥분 매출이익율을 적용하여 매출누락금액을 61,219,743원으로 하여 동 금액을 익금에 산입하고 또한 세금공과 등 3,437,940원을 손금불산입(쟁점외)하여 93.6.16 청구법인에게 ’90사업년도 법인세 19,529,380원 및 동 방위세 3,013,560원을 경정고지하고, 쟁점소맥분 매출누락금액 61,219,743원을 대표자에 대한 상여로 처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.6.30 이의신청 및 93.9.16 심사청구를 거쳐 93.12.23 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 슈퍼체인 본점으로서 제조공장으로부터 상품을 원가로 반입하여 다른 슈퍼마켓(소매점)에 동 상품을 원가대로 공급하고 수탁수수료를 받는 것을 주업으로 하는 한편, 청구법인도 지점을 설치하여 슈퍼마켓(소매점)을 직영으로 운영하고 있는 바, 청구법인이 취급하는 품목은 약 3,000종이 되어 품목별로 수불이 불가능하고, 또한 제조업체로부터 인수하는 상품의 가액과 각 슈퍼마켓에 공급하는 가액이 같으므로 수탁상품 전체를 금액으로 만 컴퓨터에 의거 수불정리하고 기말재고도 금액으로 만 파악되는 시스템으로 운영되고 있으며, 청구법인의 내부 통제제도를 보면 수탁상품인수시에는 경리부에서 거래명세표를 징취하여 전표를 작성, 컴퓨터실에 넘기고 수탁품 판매시에는 영업부에서 거래명세서 또는 세금계산서를 발행하여 위 컴퓨터실에 넘기면 컴퓨터실에서는 넘겨오는 순서대로 입력을 하는 제도로서 내부통제상 부정행위가 발생할 여지가 없음을 처분청의 조사시에도 확인하였으며, 처분청은 청구법인의 경리차장 청구외 OOO(92.12.31 퇴사)가 작성한 ’90년도말 재고조사 리스트상의 합계금액 343,419,346원 중에 90.12.31 직영점으로부터 환입된 소맥분 60,155,000원이 없는 데에도 장부(수탁품 보조부)에는 같은 날에 청구법인의 직영점(OO지점)에서 동 금액이 환입되고 또한 위 지점에 소맥분 3,738,753원이 출고되어 그 차감금액 56,416,247원(60,155,000 - 3,738,753)이 기장되어 있다고 하여 처분청은 직영점으로부터 본점에 환입된 위 소맥분 60,155,000원을 매출누락으로 보아 과세하였으나, 위의 재고리스트는 청구법인의 경리차장 OOO가 회계관계 지식이 부족하여 재고리스트가 없으면 처분청 등의 조사시에 책임을 추궁당할까 두려워 사후에 적당히 만들었던 것이고, 쟁점소맥분은 91.3.18 직영점으로 출고되어 그 이후에 매출된 것이 장부에 의하여 나타나므로 처분청이 ’90년도에 매출누락으로 과세한 것은 부당하며,

(2) 처분청의 주장대로 매출누락된 것으로 본다고 하더라도 그 원가상당액(60,155,000원)은 익금에서 공제하고 대표자에 대한 상여처분 금액에서도 동 원가상당액은 공제되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구법인의 차장 OOO와 계장 OOO이 조사하여 동 법인의 상무와 사장이 서명날인 한 91.1.5 전산출력된 ’90년도말 본점의 재고조사 리스트에 의하면 소맥분(규격 22㎏)의 재고가 186BOX (967,200원)로 되어 있고, 총 재고상품 가액이 343,419,346원으로 되어 있으나 청구법인의 90.12.31 현재의 대차대조표에 의하면 재고자산 중 수탁품 재고자산이 343,419,346원이고, 청구법인의 직영점인 OO점에서 본점으로 환입표기된 90.12.31 발행의 거래명세서상 소맥분 60,155,000원은 청구법인의 본점과 직영점의 기말재고조사표에 재고가 없는 것으로 되어 있으므로 이를 매출누락으로 보아 동 재고금액에 매출이익율을 적용하여 61,219,743원을 익금가산하고 대표자 상여처분한 것은 정당하다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점소맥분을 매출누락된 것으로 보아 동 소맥분의 매입원가에 매출이익율을 적용하여 산정한 금액 61,219,743원을 익금에 산입하고 동 금액을 대표자 상여처분한 것의 당부를 가리는 데 있다.

나. 사실관계

(1) 청구법인의 90.12.31 거래명세서를 보면 동 법인의 직영점(OO점)에서 본점으로 쟁점소맥분이 환입된 사실을 알 수 있고, 또한 본점에서 위 직영점으로 VIP(360㎖)외 3개품목 3,738,753원이 출고된 것을 알 수 있으며, 본점의 수탁품보조부에는 위의 거래내용을 일괄하여 위 OO점에서 본점으로 56,216,247원이 환입(쟁점소맥분 환입금액 60,155,000원에서 VIP 등 출고금액 3,738,753원을 차감한 금액)된 것으로 기재되어 있고, 위 수탁품 보조부의 90.12.31 잔액은 343,419,346원임을 알 수 있다.

그러나 처분청의 조사시에 확인한 90.12.31 수탁품 재고조사표에는 쟁점소맥분과 같은 규격(22㎏)의 소맥분 재고가 186BOX(976,200원)로서 쟁점소맥분은 누락된 것을 알 수 있고, 위 재고조사표의 합계액은 수탁품보조부의 잔액(343,419,346원)과 일치함을 알 수 있다.

(2) 청구법인의 91.3.18 거래명세표 및 수탁품보조부에는 쟁점소맥분과 같은 규격, 수량, 금액인 소맥분(22㎏) 11,350BOX 60,155,000원이 본점에서 직영점(OO점)으로 출고된 사실이 확인되며, 또한 91.1.1～91.3.18 의 수탁품 보조부 및 거래명세서의 내용을 보면 쟁점소맥분과 같은 규격의 소맥분의 본점입고액(제분회사에서 청구법인으로 입고된 금액)이 151,519,800원이고, 본점에서 직영점으로 출고된 금액이 200,255,000원으로서 출고된 금액이 입고된 금액보다 48,735,200원이 더 많은 것이 확인된다.

다. 판단

(1) 청구법인은 슈퍼체인 본점으로서 제조회사로부터 상품을 반입하여 다른 슈퍼마켓(소매점)에 동 상품을 매입원가대로 공급하고 일정율의 수탁수수료를 받는 것을 주업으로 하고 있으며, 청구법인도 직영점을 설치하여 슈퍼마켓(소매점)업을 영위하고 있는 법인으로서 취급품목이 다양(3,000여종)하여 재고자산을 품목별 수량으로 수불하는 것이 현실적으로 불가능하여 금액으로 수불하고 있는 사실이 청구법인의 장부와 결산서등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점소맥분은 위에서 본 바와 같이 수탁품보조부상에 90.12.31 직영점(OO점)에서 본점으로 환입표기된 사실을 알 수 있고, 또한 91.3.18 쟁점소맥분에 상당하는 소맥분이 직영점에 출고된 사실이 있으며, 또한 보관하고 있는 90.12.31 현재의 재고조사표상의 쟁점소맥분과 같은 규격의 소맥분이 967,200원 밖에 없었는데에도 91.1.1～3.18간에 본점에서 직영점에 출고된 금액이 입고된 금액보다 48,735,200원이 더 많은 것으로 나타나는 것은 결과적으로 쟁점소맥분은 90.12.31 현재 수탁품보조부상에 기록되어 있다가 91년도에 직영점으로 출고된 사실이 입증된다고 하겠고, 따라서 쟁점소맥분은 ’91년도에 매출되어 장부에 계상된 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이며, 위 재고조사표는 그 작성과정이나 품목의 다양성 등을 고려하여 볼 때 그 재고조사표상의 품목이나 수량 등이 정확하다고 보기는 어렵기 때문에 재고조사표상에 쟁점소맥분이 누락되어 있다는 사실만으로 ’90사업년도에 쟁점소맥분이 매출누락된 것으로 보는 것은 잘못된 것으로 판단되므로 처분청이 이 건 쟁점소맥분이 매출누락된 것으로 보아 그 금액을 익금산입하여 법인세 및 방위세를 과세하고 동 금액을 대표자에 대한 상여로 처분한 것은 부당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.