청구인은 90.6.14 서울특별시 강동구 OO동 OOOOOO에 임대용건물 1,990.84㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 일반과세자로 사업자등록을 하고 ’90.1기분 부가가치세 과세표준을 683,935원으로 하여 확정신고 하였다.

처분청은 위 과세표준액을 12월로 환산한 금액이 36,000,000원에 미달된다 하여 과세특례자로 전환시키고 임대용건물 신축과 관련하여 청구인이 공제받았던 매입세액(9,901,816원)에 대하여 재고납부세액을 계산하여 93.5.16 청구인에게 ’91.1기분 부가가치세 5,631,890원을 경정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.7.9 심사청구를 거쳐 93.10.18 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 90.6.15 임대차계약을 체결하였으나 건축물관리대장상의 용도와 임차인들이 사용하고자 하는 용도가 상이하여 임차인들이 영업허가를 받을 수 없다 하여 당초계약을 해약하고 건물의 용도를 변경한 이후인 90.7.1 재계약을 체결하여 임대사업을 개시하였으므로 최초의 사업개시일을 90.6.15 로 보아 과세특례자로 전환시킨 당초 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

90.6.15부터 쟁점건물을 임대에 공하였음이 임차인들의 사업자등록신청서에 첨부된 부동산임대차계약서에 의하여 확인되므로 사업개시일을 90.6.15로 보아 과세특례자로 전환시킨 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 청구인이 쟁점건물의 임대사업을 90.6.15 개시한 것으로 보아 ’91.1기 부터 과세특례자로 유형전환하고 재고납부세액을 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령을 살펴본다.

부가가치세법 제25조【과세특례】제1항에서 “직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 “공급대가”라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고, 이장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. 다만, 대통령령이 정하는 사업을 제외한다.”라고 규정하고 있으며, 제2항에서 “직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.”라고 규정하며,

부가가치세법 제3조 제2항의 규정에 의하면 신규로 사업을 개시하는 자에 대한 최초의 과세기간은 사업개시일로부터 그날이 속하는 과세기간의 종료일까지로 한다고 되어 있고 그 시행규칙 제3조의 규정에 의하면 사업개시일은 다음 각호의 규정에 의한다라고 하고 제3호에 제조업, 광업 이외의 기타의 사업에 있어서는 재화 또는 용역의 공급을 개시한 날로 한다라고 규정하고 있으며, 동법 제9조 제2항에서 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다고 규정하고 있다.

다. 이 건 관련 제증빙을 살펴보면,

청구인은 임대차계약일이 90.7.1 이며 같은날 잔금을 청산하고 임대점포를 명도하기로 한 임대차계약서를 제시하면서 쟁점건물의 임대개시일이 90.7.1 이라고 주장하고 있으나, 위 임차인들이 쟁점건물에서 영업을 하기 위하여 사업자등록신청서에 첨부하여 제출한 당초의 임대차계약서에 의하면 90.6.15 잔금을 청산하고 점포를 명도하기로 되어 있음이 확인된다.

라. 위 관련법령에 의하면 부동산임대업의 사업개시일은 부동산임대용 건물이 사용되는 때. 즉, 당해부동산을 임차인이 사용하는 날(동지:국심 86구1586, 86.12.11)이라 할 것인 바, 위 임차인들이 이 건 쟁점건물을 사용하게 된 날이 언제인지를 살펴보면,

청구인이 제시한 임대차계약서(3건)는 계약일 및 임대점포명도일이 91.7.1로 된 갱신계약서로서 90.6 당초계약서가 아니므로 계약내용과 달라 신빙성이 없어 보인 반면, 임차인들이 처분청에 제출한 임대차계약서는 이 건 과세 이전에 제출된 것이어서 신빙성이 있어 보일 뿐만 아니라, 쟁점건물의 용도를 변경한 이후에 재계약하였다는 임차인들이 당초에 임대차계약을 체결한 자들과 동일인인 것으로 보아 당초 계약내용에 따라 당해 임대용점포가 90.6.15 임차인들에게 명도되어 임차인들이 그날부터 쟁점건물을 사실상 사용하면서 단순히 건축물관리대장상의 용도만을 변경한 것으로 보여진다.

마. 따라서 90.6.15 을 사업개시일로 보아 90.6.15～6.30 기간 중 임대료 수입금액을 연간으로 환산하고 그 임대료 수입금액이 3,600만원에 미달하는 것이 확인되므로 ’91년 제1기분 과세기간부터 과세특례자로 유형전환 시키고 해당 재고납부세액을 경정고지한 것에 잘못이 없다고 판단되어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.