소득세법은 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 제89조 제2항 을 신설하며 “대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 ‘조합원입주권’이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우”에는 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않는 것으로 규정하면서, 부칙 제12조 제1항에서 “ 제89조 제2항 및 제104조 제1항 의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다”고 규정하고 있으므로, 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법에 의한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후라면 그 사업시행인가일이 2006. 1. 1. 이전이었다 하더라도 소득세법 제89조 제2항 , 위 부칙 제12조 제1항에 따라 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 없다.

원심은 그 채용증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 후, 이 사건 분양권은 2006. 1. 1. 이후에 관리처분계획이 인가된 것이므로 소득세법 제89조 제2항 , 위 부칙 제12조 제1항에 따라 1세대 1주택의 비과세 특례를 적용함에 있어 주택으로 간주되고, 원고 등 1세대는 이 사건 아파트와 주택으로 간주되는 이 사건 분양권을 보유하다가 이 사건 아파트를 양도한 것이어서 1세대 1주택 비과세 특례가 적용될 수 없다고 판단하였다.

앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 주장과 같이 소득세법 제89조 제2항 의 적용범위 등에 관하여 법리를 오해한 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하게 하기로 관여 대법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.