처분청은 청구인이 1999.10.7. ○○○로부터 분양 취득한 ○○도 ○○시 ○동 ○○번지 대지 772.9㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 구 지방세법(1999.12.28. 법률 제6060호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제2항제4호의 규정에 의하여 취득세 등을 면제하였으나, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 그 취득가액(631,708,000원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 15,160,990원, 농어촌특별세 1,389,750원, 등록세 22,741,480원, 지방교육세 4,169,260원, 합계 43,461,480원(가산세 포함)을 2003.1.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 당초 1999년도 국고보조사업으로 임산물 유통시설(직매장)을 설치하기 위하여 1999.4.12. 처분청에 ○○○사업보조지원 신청을 하였고, 1999.6.15. 처분청으로부터 임산물 직매장 설치 추가지원 계획이 있음을 통보받은 다음 1999.6.23. ○○○사업보조지원 신청을 하였으나, 1999.7.8. 처분청으로부터 재정형편상 지방비 지원이 불가하므로 2000년도 사업으로 추진하라는 사업계획 재검토 요청을 받았고, 그 과정에서 이 사건 토지를 취득하기 위하여 1999.5.7. ○○○와 용지매매계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 납부하였으므로, 1999.10.7. 부득이 잔금을 지급하고 이 사건 토지를 취득할 수 밖에 없었는 바, 임산물 유통시설(직매장) 설치 사업은 정부의 보조금을 수반하는 사업으로 사업계획 검토와 변경으로 많은 시일이 소요됨에 따라 사업승인이 지연되어 건축설계 등 사업을 진행할 수 없었으나, 2000.7.11. 사업승인 및 국고보조금 교부결정 통보를 받고 건축공사를 완료한 다음 2001.9.7. 건축물 사용승인을 받아 현재 고유업무에 직접 사용하고 있는데도 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 산림조합이 토지를 취득한 후 1년 이내에고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면 구 지방세법 제290조제2항제4호에서 ○○협동조합법에 의하여 설립된 ○○협동조합(중앙회를 제외한다)이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 다만 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은○○물 유통시설(직매장) 설치사업을 1999년도 국고보조사업으로 추진하기 위하여 1999.4.12.에 ○○○사업비 보조지원 신청을 하였고, 1999.6.15. 처분청으로부터 ○○물 직매장 설치 추가지원 계획이 있음을 통보받은 다음 1999.6.23. 재차 ○○○사업비 보조지원 신청을 하였으나 1999.7.8. 처분청으로부터 재정형편상 지방비 지원이 불가하므로 2000년도 사업으로 추진하라는 사업계획 재검토 요청을 받았으며, 1999.5.7. 청구외 ○○○와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하고 1999.10.7. 잔금을 지급하여 이 사건 토지를 취득하였으며, 2000.2.23. 처분청에 ○○물 유통시설(직매장) 사업계획서를 제출하고 2000.7.11. 처분청으로부터 사업승인 및 보조금 교부결정 세부내역을 통보받았고,2000.8.31. 설계·감리용역 사업자(○○건축사사무소)를 선정하였으며, 2000.10.31.설계용역을 납품받았고, 2000.12.14. 건축허가를 받았으며, 2001.2.8. 착공신고를 하고 건축공사를 완료한 다음 2001.9.27. 건축물 사용승인을 받은 사실을 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 보조금 확보의 어려움으로 공사착공이 지연되었으나, 건축공사를 완료하고 현재 고유업무에 직접 사용하고 있는데도 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제290조제2항 단서에서 청구인이 취득한 부동산을 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결, 95누18314. 1996.3.12)인 바, 청구인의 경우 이 사건 토지는 보조금을 지원받아 ○○물 유통시설(직매장)을 설치하기 위한 토지로서, 1999.5.7. ○○○와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하기 이전(1999.4.12)부터 보조금 신청을 하였고, 1999.6.15. 처분청으로부터 보조금 지원계획 통보를 받았으나 지방비지원 지연 등의 사유로 2000.7.11. 사업승인 및 보조금 교부결정이 됨으로 인하여 취득 후 1년 내에 건축공사를 착공하지 못하였으나, 1999.10.7. 이 사건 토지를 취득한 후 사업계획 제출, 설계·건축허가 등의 절차를 거쳐 건축공사를 완료하고, 2001.9.27. 건축물 사용승인을 받아 고유업무에 사용하고 있는 점으로 볼 때, 이 사건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 8. 25.

행 정 자 치 부 장 관