가. 관련 법률

(1) 국세기본법

제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나[심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우를 포함한다] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 청구이유서, 경정청구서, 처분청의 심판청구에 대한 답변서, 법인세통합조사종결보고서 등의 심리자료에 의하여 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2015.2.5. 2013년 시공한 OOO 신축공사와 관련하여 신고누락한 수입금액 OOO원을 법인세 수정신고하면서 원재료, 일용임금 등 OOO원을 대응경비로 신고하였다.

(나) 처분청은 신고된 수입금액 대비 신고누락한 수입금액이 과다하고 차명계좌를 이용한 추가적인 수입금액 누락혐의가 있어 법인세 조사대상으로 선정하여 2015.2.25.부터 2015.3.27.까지 법인세 통합조사를 실시하였고, 2015.5.11. 청구법인에게 법인세 OOO원, 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였으며, 관련 적출금액 OOO만원을 대표자에게 상여처분하였다.

(다) 청구법인은 처분청의 상여처분에 대한 2015.6.10. 갑종근로소득세 원천징수이행상황신고서를 처분청에 접수하였으나, 갑종근로소득세 OOO원은 납부하지 않았다.

(라) 처분청은 이에 따라 2015.9.3. 청구법인에게 갑종근로소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

(마)청구법인은 2015.12.8. 처분청의 상여처분은 위법하며 공사원가를 추가로 인정해달라는 취지로 경정청구서를 접수하였으나, 처분청은 2016.2.12. 과세처분 불복취지의 경정청구는 실질적으로 불복청구에 해당하고, 불복청구기한이 경과하였다는 사유로 경청청구 거부통지를 하였다.

(바) 청구법인은 이에 불복하여 2016.4.27. 심판청구를 제기하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대,

(가) 경정청구제도는 과세관청의 경정결정권에 대응하여 납세자에게 그가 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 바로 잡아 감액수정 등을 청구할 수 있는 권리를 보장해 주려는데 그 취지가 있으나, 청구인은 처분청의 증액경정처분한 세액을 감액하여 줄 것을 청구하고 있어 청구인의 경정청구는 실질적으로 불복청구에 해당하는 것으로 봄이 타당(대법원 1986.10.28. 선고 86누540 판결, 대법원 1997.11.28. 선고 97누13627 판결, 같은 뜻임)하고,

(나) 「국세기본법」에 납세의무자의 권리에 대한 사후구제제도로서 경정청구제도보다 먼저 불복청구제도를 도입하고 불복청구기간(90일)을 경정청구기간(3년)보다 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 점, 과세관청의 증액경정처분에 대하여 아무런 제한 없이 경정청구를 인정하게 되면 결국 경정청구기간보다 단기간인 불복청구기간이 이보다 장기간인 경정청구기간으로 연장되는 결과를 초래하여 서로 다른 도입목적을 가진 양 제도의 기능이 중첩적으로 작용하여 상호 충돌될 수 있는 점, 경정처분의 효력에 대하여 2002.12.18. 「국세기본법」 제22조의2 제1항을 신설하여 “세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”고 규정하고 있는 점, 증액경정처분에 대하여는 불복청구제도를 통한 구제절차가 시행ㆍ정착된 후에 납세의무자 스스로 신고한 세액이 잘못 과다신고된 경우 등에 이를 시정할 수 있는 권리를 보장하기 위하여 경정청구제도가 도입된 점 등을 감안하여 볼 때, 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서의 규정은 이 건과 같이 증액경정처분이 있는 경우 「경정후의 과세표준 및 세액」전액에 대하여 경정청구를 할 수 있다는 것이 아니라 경정처분으로 인하여 변경되지 아니하고 남아 있는 당초 신고세액에 대하여만 경정청구를 할 수 있고, 추가 고지세액의 위법ㆍ부당성에 대하여는 불복청구를 통한 구제절차를 밟아야 한다고 해석하는 것이 경정청구제도와 함께 불복청구제도를 규정하고 있는 「국세기본법」 관련 규정에 대한 체계ㆍ종합적이고 합목적적인 해석이라 할 것이다.

(다) 또한, 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위하여는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 할 것인바(대법원 1995.7.11. 선고 94누4615 전원합의체 판결, 같은 뜻임), 처분청이 청구법인에 대하여 법인세통합조사 후 「법인세법」 제66조, 제67조 및 같은 법 시행령 제106조에 따라 청구법인에게 행한 법인세 경정·고지 및 대표자에 대한 상여처분을 당연 무효라고 보기 어렵다.

(라) 따라서, 청구법인은 이 건 증액경정 처분에 대하여 불복청구를 하여야 함에도 불복청구기간을 경과하여 이 건 심판청구를 제기하였고, 경정청구를 처분청에 대한 이의신청 등의 불복청구로 본다 하더라도 청구법인은 납세고지서 및 소득금액변동통지서의 수령일인 2015.5.11.부터 90일이 되는 날인 2015.8.9.까지 이의신청을 하여야 하나, 경정청구서를 2015.12.8. 접수하여 불복청구기간이 경과되어 제기된 점에는 변함이 없으므로 이 건 심판청구는 청구기간을 도과한 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다.

2. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.