가. 원고는 자동차 부품 제조업을 영위하는 소외 주식회사 B(변경 전 상호 주식회사 C, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 직원이었는데, 이 사건 회사의 대표이사였던 소외 D는 2004년도 중 일본법인인 소외 E 주식회사가 보유한 이 사건 회사의 주식 91,301주를 전부 양수하면서 그 중 41,465주(지분율 30%)를 원고에게, 27,643주(지분율 20%)를 소외 F에게 각 명의신탁하였다.

나. 이후 이 사건 회사가 2005. 12. 28. 총 60,000주를 주주배정 방식으로 유상증자(이하 ‘이 사건 유상증자’라 한다)함에 따라 원고는 그 지분비율인 30%에 상당하는 18,000주(주당 24,940원, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 그 명의로 배정받음으로써 2005년도 말 현재 원고 명의로 보유한 이 사건 회사의 주식은 총 59,465주(지분율 30%)에 이르게 되었다.

다. 광주지방국세청장은 2012년 2월 D 등에 대한 주식변동조사를 실시하여 원고가 그 명의로 배정받은 유상증자주식의 가치를 1주당 136,025원으로 평가하고, 피고에게 원고의 유상증자주식 취득사실에 대해 구 상속세 및 증여세법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제45조의2를 적용하여 증여세를 경정할 것을 통보하였다. 라.

이에 피고는 2012. 8. 8. 원고에게 2005. 12. 28. 증여분에 대한 증여세 1,113.980,910원을 경정고지하였고, 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.

마. 조세심판원은 2014. 11. 26. ‘이 사건 회사가 유상증자로 발행한 주식의 평가를 위한 1주당 순손익액 계산시 유상증자 주식 수를 반영한 순손익가치로 산정하여 과세표준 및 세액을 경졍한다’는 내용의 결정을 하였다.

바. 이에 광주지방국세청장은 원고에게 명의신탁된 이 사건 회사...

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