가. 대구-부산간 고속도로 사업 및 원고의 후순위차입금 부담 1) 대구-부산간 고속도로 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다

)은 구 사회간접자본시설에 대한 민간투자법(2002. 12. 11. 법률 제6776호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘민간투자법’이라 한다

) 제4조 제1호의 ‘1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식(BTO : Build-Transfer-Operate)’으로 대구시 동구에서 김해시 대동면까지 총연장 82.11km 의 고속도로를 건설하여 관리, 운영하는 사업이다. 2) 원고는 1999. 12. 8. 이 사건 사업을 목적으로 민간투자법에 따라 설립된 회사이다.

3) 원고는 2007. 12. 17. 사업자금 조달을 위하여 주주인 발해인프라투융자회사 등 4개사와 선순위대출약정을 체결하고 970,100,000,000원을 차입하였으며(이하 970,100,000,000원 차입금을 ‘선순위차입금’이라 한다

), 2008. 11. 28. 주주인 국민연금공단, 발해인프라투융자회사와 후순위대출약정을 체결하고 597,231,000,000원을 그 중 300,300,000,000원(A)은 연 12~20%, 296,931,000,000원(B)은 연 20~40%의 이자율로 차입하였다(이하 597,231,000,000원 차입금을 '이 사건 후순위차입금'이라 한다

). 나. 피고의 후순위차입금 이자율 조사 및 2012. 2. 2.자 법인세 과세표준 경정결정 등 1) 감사원은 2010. 9. 무렵부터 2010. 11. 무렵까지 최소운영수입보장(MRG : Minimum Revenue Guarantee, 정부 또는 지방자치단체가 실시협약상 약정된 보장추정운영수입과 실제운영수입의 차액만큼 보전금을 지급하는 것) 방식의 민간투자사업에 대한 사후관리실태를 감사하고, 국세청에 민간투자사업자들의 후순위차입금 이자율의 적정 여부를 조사할...

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