[법인세특별부가세부과처분취소][집38(1)특,603;공1990.6.15.(874),1187]
학교법인이 수익용 기본재산의 양도대금 중 일부만을 교육사업에 사용한 경우의 특별부가세면제세액의 산정방법을 규정한 구 법인세법시행령 제124조의7(1989.12.30. 삭제되기 전의 것) 의 모법위반 여부(소극)
구 법인세법 제59조의3 제2항 (1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에 의하여 삭제되기 전의 것)에서 학교법인이 수익용기본재산의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우에 특별부가세를 면제하도록 한 것은 면제혜택을 줌으로써 학교법인으로 하여금 교육목적에 직접 사용하지 아니하는 토지 등을 양도한 경우 그 양도금액을 그가 설치, 경영하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하고 학교 경영에 필요한 운영비 등으로 사용하도록 유도함으로써 사립학교의 건전한 발전을 도모하자는데 그 입법취지가 있는 것이어서, 같은 조항은 양도가액을 교육사업에 사용하면 그 양도로 인한 소득에 대하여 특별부가세를 면제한다는 것이지, 양도차익을 교육사업에 사용하면 특별부가세를 면제한다는 것으로 해석할 수는 없을 것이므로 학교법인이 수익용 기본재산의 양도금액 중 일부만을 교육사업에 사용한 경우에 교육사업에 사용한 금액이 양도가액에서 차지하는 비율에 의하여 면제되는 특별부가세액을 산정하도록 규정한 같은법시행령 제124조의8의 규정(1989.12.30. 대통령령 제12878호로 삭제되기 전의 것) 이 모법에 저촉된다고 볼 수 없다.
학교법인 원곡학원 소송대리인 변호사 안병수
남부산세무서장
상고를 기각한다.
상고비용은 원고의 부담으로 한다.
상고이유 제(1)점을 본다.
원고법인이 그 수익사업의 기본재산으로 소유하고 있던 이 사건 대지와 지상구축물을 금 1,900,000,000원에 매각하고 그 매각대금 중 금 597,415,000원만을 교육사업에 사용했다고 인정하고 금 597,415,000원 보다 많은 금 685,500,000원을 교육사업에 사용했다는 원고의 주장에 부합하는 증거들을 당초 원고법인이 이 사건 특별부가세 면제신청 당시 교육사업에 사용한 금액을 금 597,415,000원이라고 신고한 점에 비추어 믿지 아니하고, 설사 이 사건 면제신청 당시에 방위세로 납부한 금 96,811,624원을 교육사업에 사용한 금액에서 공제하여 신고하였기 때문에 액수에 차이가 난 것이고 이를 합하여 원고법인이 사용한 금원은 금 685,500,000원이 된다고 하더라도 이 사건 방위세로 납부한 금원은 원고법인의 교육사업에 사용한 금액이라고 볼 수 없다고 하여 이를 배척한 원심의 조치는 수긍이 가고 거기에 채증법칙위반이나 심리미진등의 위법은 없다. 또 이 사건 부동산의 양도일자가 1987.1.14.이라는 원고의 자백이 착오에 인한 것이고 진실에 반한다고 볼 증거도 없으며, 원고법인의 이 사건특별부가세 면제신청이 특별부가세액 전부에 대한 것이었음은 소론과 같으나 그렇다고 하더라도 후술하는 바와 같이 교육사업에 사용한 금 597,415,000원에 대한 특별부가세만 면제되는 것인 만큼 원심판결의 결론에 영향을 미치지않는다. 논지 이유없다.
상고이유 제(2)점을 본다.
구 법인세법 제59조의3 제2항(1989.12.30. 조세감면규제법 부칙 제19조에의하여 삭제되기 전의 것) 제3호 는 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하였고, 그 위임을 받아 구 법인세법시행령 제124의8 제1항 은 양도금액을 3년이내에 교육사업에 사용하는 경우에 한하여 특별부가세를 면제하고, 제2항 은 특별부가세를 면제받은 법인이 ① 양도금액을 교육사업이외의 목적에 사용하는 때 ② 양도금액을 제1항에 규정하는 기한내에 사용하지 아니한 때에는 그 면제받은 세액을 추징하며, 제3항 은 그 주장하는 세액은 비교육사업용 토지등에 대한 특별부가세 면제세액×( 제2항 각호 에 해당하는 금액/ 비교육사업용 토지등의 양도가액)으로 한다고 각 규정하여 교육사업에 사용하는 금액이 양도가액에서 차지하는 비율만큼 특별부가세가 면제되는 것으로 각 규정하고 있다.
그런데 위 법 제59조의3 제2항 에서 학교법인이 수익용 기본재산의 양도대금을 교육사업에 사용하는 경우에 특별부가세를 면제하도록 한 것은 면제혜택을 줌으로써 학교법인으로 하여금 교육목적에 직접사용하지 아니하는 토지등을 양도한 경우 그 양도금액을 그가 설치 경영하는 사립학교에 필요한 시설과 설비를 확보하고 학교경영에 필요한 운영비등으로 사용하도록 유도함으로써 사립학교의 건전한 발전을 도모하자는데 그 입법취지가 있는 것이므로( 대법원1986.6.10. 선고 84누400 판결 ), 위 규정의 문언과 위와 같은 입법취지를 아울러 고찰하여 볼때 위 법 제59조의3 제2항 의 규정은 양도가액을 교육사업에 사용하면 그 양도로 인한 소득에 대하여 특별부가세를 면제한다는 것이므로 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 양도차익금을 교육사업에 사용하면 그 양도소득에 대한 특별부가세를 면제한다고 해석할 수는 없을 것이다.
그렇지 않고 반대로 해석한다면 학교법인이 수익용 재산을 양도하고 그 양도차익만을 교육사업에 사용하면 나머지 양도가액을 비교육사업으로 사용하여도 그 양도로 인한 특별부가세를 면제하는 결과가 되어 부당하게 될 뿐만 아니라, 위 법 제 59조의3 제2항 제1 , 2호 의 규정에 비추어 보더라도 양도가액을 교육사업에 사용하여야지 그 양도차익만을 교육사업에 사용하면 그 양도소득에 대하여 특별부가세를 면제한다고 볼 수는 없을 것이다. 그렇기 때문에 학교법인이 수익용 기본재산을 양도하고 그 양도금액중의 일부만을 교육사업에 사용한 경우에, 그 면제되는 특별부가세액을 산정함에 있어서는 그 양도가 액을 기준으로 교육사업에 사용한 금액이 양도가액에서 차지하는 비율에 의하여 산정하여야 할 것이지그 양도차액을 기준으로 삼을 수는 없을 것인 즉, 위와같은 취지의 위 시행령이 모법에 저촉된다고 볼 수 없다. 논지는 이유없다.
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.