가. 원고는 휴대폰 등 휴대기기와 태블릿에서 구동되는 디지털 컨텐츠의 저작권을 보호하기 위한 암호화 기술, 정보보호 기술 등으로 구성된 B 기술에 대한 특허(이하 ‘이 사건 특허’라 한다)를 보유하고 있는 미국법인이다.

나. 원고는 2012. 10. 1. 내국법인인 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)과 사이에, 원고가 C에 이 사건 특허의 사용권을 부여하고 C으로부터 사용료로 미화 7,400,000불(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급받기로 하는 계약(이하 ‘이 사건 사용계약’이라 한다)을 체결하였다.

원고와 C은 이 사건 특허를 ‘원고 및 그의 자회사가 소유 또는 지배하고 있는 모든 특허 및 특허출원으로 "별첨B“에 기재된 특허를 포함하되 이에 국한되지 아니한다’고 정하였고, ”별첨B"에 기재된 특허는 세계 각지에 등록된 총 44개 특허군(Patent families), 489개 개별 특허로 구성되어 있으며, 이 가운데 국내에 등록된 특허는 27개이다.

다. C은 이 사건 사용계약에 따라 원고에게 이 사건 사용료로 2012. 10. 25. 및 2013. 1. 10. 각 미화 3,700,000불을 지급하면서, 이 사건 사용료가 국내원천소득에 해당한다고 보아 ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한ㆍ미조세협약’이라 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 각 미화 555,000불에 해당하는 법인세(2012년 지급분 612,553,500원, 2013년 지급분 589,465,500원)를 원천징수하여 피고에게 납부하였다. 라.

원고는 2015. 10. 12.경 피고에게, 이 사건 사용료가 대부분 한국에 등록되지 않은 특허에 대한 소득이어서 국내원천소득이 아니므로 이 사건 사용료에 관하여 원천징수된 세액이 원고에...