2. 소송비용은원고가부담한다.

가. 원고는1993.6.19.설립된의료법인으로병원이나보건소로부터의뢰받은각종임상병리검사를수행하고있다.

나. ○○세무서는 2007.5.21.부터 같은 해 6.25.까지 원고에 대한 조세범칙조사를 실시한 결과, 원고의 업무관리부장 겸 총무팀장 장○현이 2001.1.1.부터 2006.12.31.까지 12개 거래처로부터 거래 없이 세금계산서를 발급받거나 실제보다 공급가액을 부풀린 세금계산서를 수취하고 각 거래처에 해당 세금계산서상의 공급가액을 송금하여 차명계화를 통해 다시 돌려받는 방법으로 합계 869,753,613원(2001년 16,340,000원, 2002년 62,831,800원,2003년 101,689,200원, 2004년 99,395,114원, 2005년 210,400,219원, 2006년 378,097,280원, 이하 이 사건 쟁점금액이라 한다)을 허위경비로 계상한 사실을 밝혀냈다.

다. 피고는 이에 따라 원고에게, 2007.9.1.위 869,753,613원을 가공매입액으로 보 아 각 사업연도 해당액을 손금불산입하여 2001년 귀속 법인세 9,922,640원, 2002년 귀속법인세 28,871,050원, 2003년 귀속 법인세 44,595,000원, 2004년 귀속 법인세 41,066,350원,2005년 귀속 법인세 53,746,310원, 2006년 귀속 법인세 114,093,060원을 경정ㆍ고지하였고, 위 869,753,613원이 사외유출된 것으로 보아 장○현에 대한 2001년도부터 2006년도까지의 상여로 소득처분하고 같은 달 4.소득금액변동통지를 하였다(이하 위 각 법인세 경정ㆍ고지 및 소득금액변동통지를 합하여 이 사건 처분이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007.11.29.심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008.4.25.이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼없는사실,갑제1호증의1 내지6,제2호증의1 내지6,제3호증,을제1호증의1 내지6,제2호증의1 내지6의각기재,변론전체의취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부 가.원고의 주장

원고는 전국 19개 사무소의 영업직원이 총 2,746곳의 병원과 보건소를 순회하여 각종 임상병리검사 용역을 도급받는 방식으로 영업하고 있고, 각 영업직원틀은 원활한 영업활동을 위해 거래처의 담당자에게 수시로 경조사비, 음료수 접대비, 기타 잡비를 지출하게 된다.

장○현이 이 사건 쟁점금액을 부적정한 방법으로 조성한 것은 사실이지만, 장○현은 원고의 업무관리부장 겸 총무팀장으로서 2001년부터 2006년까지 위 869,753,613 원 중 868,300,000원을 각 사무소장에게 위와 같은 비용의 명목으로 매월 70-100만 원 씩 지급하였으며 각 사무소는 위 돈을 전국의 거래처에 사용하였으므로 위 868,300,000 원은 판매관리비나 인건비 또는 접대비로 인정되어야 한다. 다만, 거래처당 지급된 연평균금액이 52,700원( =868,300,000원÷6년÷2746곳)에 불과하여 증빙을 갖추지는 못하였다.

따라서 위 868,300,000원은 판매관리비나 인건비 또는 접대비로서 손금산입되어야 하므로, 위 돈이 위와 같이 원고의 비용으로 지출되지 않고 사외로 유출되었음을 전제로 한 이 사건 각 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다.

나. 인정사실

(1) 원고는 서울 ○○구 ○○동 9-60에 본사를, 전국에 총 26개의 영업사무소(3개 사무소는 본사에 소재)를 두고 있고, 각 영업사무소에는 사무소장 1명과 직원 7-8 명이 근무하였다.

(2) 원고의 이사장 황○국의 처남인 장○현은 업무관리부장 겸 총무팀장으로 원고의 전체 업무를 총괄하였는데, 거래처인 ○○기획, ○디자인, ○○○에스, ○○랩, ○○요, ○○무역, ○컴퓨터, ○○아이, ○○기획, ○○제약, ○○○시스템, ○○문화로부터 거래 없이 세금계산서를 발급받거나 실제 거래대금보다 부풀려 기재한 세금계산서를 발급받고 각 해당 세금계산서에 기재된 공급가액 상당액을 거래처에 송금한 후 각 거래처로부터 차명계좌를 통해 그 대금을 다시 돌려받았다. 위 차명계좌는 장○현이 처인 권유미의 지인 등의 명의로 개설한 것이었다.

(3) 한편, 원고의 직원들은 직급에 따라 식비ㆍ교통비ㆍ영업활동비 명목으로 1일당 10.000원~14,000원(사원ㆍ주임급 : 10,000원, 대리ㆍ과장 : 12,000원, 차장 : 14,000원)을 지급받았고, 각 사무소장은 원고의 법인차드로 월 100만 원 정도를 사용하였으며, 2001년도부터 2006년도까지 원고의 손익계산서에는 복리후생비, 여비교통비, 접대비 등 판매비와 관리비 항목이 모두 계상되어 있다.

[인정근거] 다툼없는사실,갑제8호증의l 내지4,을제3 내지5호증의각기재,

변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 납세의무자가 선고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용이냐 아니냐가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아 님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고비 용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 보 아야 한다.(대법원 1995.7.14.선고 94누3407 판결, 대법원 2005.6.10.선고 2004두 14168 판결 등 참조).

(2) 이 사건 쟁점금액에 관한 세금계산서가 허위인 사실은 앞서 본 바와 같으므로 그에 상당하는 비용을 실제로 지출하였다는 점에 관하여는 원고가 입증하여야 한 다. 그런데 원고의 주장사실에 부합하는 듯한 갑 제4호증, 제5호증의 1 내지 19호증의 각 기재는, ① 원고는 2001년도부터 2006년도까지의 손익 등에 관한 회계처리를 하면 서 허위 세금계산서를 수취하는 방법으로 이 사건 쟁점금액을 허위경비로 가공계상하였는데, 원고의 주장과 같이 그 가공계상분이 일반판매비나 접대비 또는 인건비였다면 이를 정상적으로 회계처리하지 않을 이유가 없는 점, ② 원고는 각 사무소장에게 이 사건 쟁점금액을 지급하였다고 주장하면서 갑 제4호증(소명서), 갑 제5호증의 1 내지 19호증(확인서)을 제출하고 있으나, 이는 원고가 작성한 영업사무소별 경비사용실적이 나 각 사무소장의 진술에 불과하고 이를 인정할 금융자료 등 객관적인 증거가 전혀 없으며, 원고는 위 868,300,000원을 전국의 거래처 수 및 기간으로 나누어 거래처당 연 평균 52,700원을 지출하였다고 주장하고 있을 뿐 구체적인 일시, 상대방, 그 지출 규모 나 형태에 대하여는 전혀 주장ㆍ입증을 하지 못하고 있는 점, ③ 갑 제9호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하면, 장○현은 업무상 횡령 등 형사사건으로 수사를 받으면서, 경비 로 회계처리하기 곤란한 비용을 마련하기 위해 비자금을 조성하게 되었는데, 이 사건 쟁점금액 외에도 42개 업체로부터 리베이트 합계 186,348,350원, 원고 소속 직원들의 친목단체인 ○○회로부터 횡령한 합계 64,511,050원 등으로 비자금을 조성하였고, 위 돈으로 이사장 황○국에게 2002.경부터 2005.경까지 월 350만 원씩을, 2006.경부터 월 1,000만 원씩을 송금하는 등 합계 153,274,000원을 정기적으로 지급하였고, 황○국의 요청으로 용도를 묻지 않은 채 합계 63,156,000원을 송금하였으며, 황○국 명의로 정기 적금을 들어 2002.경부터 월 75만 원씩을 불입하여 합계 36,000,000원을 사용하였고, 위 돈 중 일부는 술값 등 개인적인 용도에 사용하였다고 진술한 사실이 인정되는 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 갑 제6, 7호증, 제8호증의 1 내지 4, 제10호증, 제11호 증의 1, 2의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 위와 같이 장○현에게 귀속된 이 사건 쟁점금액이 다시 판매관리비 등으로 지출되었음을 전제로 하여 이 사건 처분이 모두 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.

결론

그렇다면,원고의이사건청구는이유없으므로이를모두기각하기로하여주문과같이판결한다.