가. 청구법인은 OOO을 영위하는 코스닥 상장법인으로, 산업보일러 제조업을 영위하며 누적결손으로 자본잠식 상태였던 상장법인 OOO(주)(이하 “OOO”이라 한다)을 합병법인으로 하고 과즙캔음료수 제조업을 영위하던 흑자 비상장법인인 (주)OOO(이하 “OOO”이라 한다)을 피합병법인으로 하여 2008.9.2. 합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)등기 하면서 합병법인의 상호를 (주)OOO〔2010.3.19. 이후 ㈜OOO로 상호 변경함〕으로 변경등기하고, 2008사업연도 법인세 신고 시 합병법인인 OOO의 이월결손금 OOO원(이하 “쟁점이월결손금”이라 한다)을 공제하여 2008사업연도 법인세를 신고‧납부하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과 쟁점합병은 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병으로 보아 2008사업연도 법인세 신고 시 공제된 쟁점이월결손금을불공제하여 2013.6.7. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)조세를 부당하게 감소할 목적의 합병이라 함은 합병등기일 현재결손금이많은 법인을 합병법인으로 하는 합병을 의미하는 것으로서,합병법인인OOO은 합병등기일(2008.9.2.) 전인 2008.8.7. 유형자산처분이익 OOO원이 발생되어 합병등기일을 기준으로 이월결손금을 재계산하면 2007사업연도말 이월결손금 잔액 OOO원은 유형자산처분이익OOO과 전액 상계되어 합병등기일 현재로는 이월결손금이 없는 흑자법인에 해당된다.

(2) 역합병의 경우 합병법인의 이월결손금 공제를 제한하는 「 법인세법」제45조 제3항 규정의 입법취지는 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하여 합병법인의 이월결손금을 흑자회사인 피합병법인의 소득금액에서 공제하는 것을 규제하려는 취지이므로, 쟁점합병 전에 발생한 합병법인의 이월결손금을 합병법인의 소득금액에서공제한 것은 조세를 부당하게 감소할 목적의 합병에 해당되지 않아 합병법인의 이월결손금공제 제한규정의 적용대상이 아니다.

(3)2008년말 세법 개정 시에 종전의 역합병시 이월결손금공제제한규정이 폐지되었고, 2009.1.1. 이후 합병하는 분부터는 합병법인의 이월결손금은 합병법인이 본래 영위하던 사업에서 발생한 소득에서만공제하고 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한소득에서는공제를 허용하지 않도록 개정되어, 흑자법인이 결손법인을합병, 결손법인이 흑자법인을 합병 등 합병의 형태에 관계 없이 결손금공제 범위가같도록 제도를 보완한 점에 비추어 볼 때에도, 합병법인인OOO의 합병 전 이월결손금을 합병법인의 기존 사업부문에서발생된 소득금액에서 공제할 수 있는 기대권을 박탈하는 것은부당하다.

나. 처분청 의견

(1)쟁점합병에 대한 거래의 경위, 거래당사자간 관계, 거래가액의 결정과정, 존속법인과 소멸법인의 합병계약서 등을 통해 사실관계를 조사한바, OOO(최대주주 : OOO)은 비상장된 음료수 제조업체로 결손누적법인으로 코스닥 등록된 보일러 제조업체인 OOO의 대주주인 OOO와 사전계약을 통해 OOO의 주식지분OOO을 매수하여 OOO의 경영권을 인수한 후 OOO의 발행주식 전량OOO을 매수하는 방법으로 법률적으론 OOO을 합병법인으로 OOO은 피합병법인으로 흡수합병하면서 실질적 합병법인은 OOO으로 하고 브랜드가치 유지를 위해 상호를 OOO 주식회사로 변경하는 역합병 후 OOO의 이월결손금을 공제하고 2008년 9월 우회상장(주식가치 상승 목적)하였으며, OOO의 대주주인 OOO는 우회상장을 도운 대가로 OOO에 주식OOO을 고가에 양도하고, ‘주식 및 경영권 양수도 계약서’의 계약대로 청구법인으로부터2010년 5월 OOO의 보일러 제조부문을 ㈜OOO〔2010.6.24.OOO(주)로 상호변경]란 상호로 물적분할하여 (주)OOO 지분 OOO%를 인수하고 누적결손금을 합병으로 덜어냈으며, OOO의 부동산도 전부 인수하여 본래의 회사[구 OOO(주)] 자산과 경영권, 상호를 원상회복하였다.

(2) 합병은 경영합리화를 통한 시너지효과를 낼 목적으로 재무구조가 건실한 흑자법인이 결손법인을 흡수합병하는 것이 일반적이나청구법인은 코스닥에서 비상장회사(증시용어로 조개의 ‘펄’ : 알맹이)가 주가상승 목적의 우회상장을 위해 결손법인인 상장사(증시용어로 조개의 ‘쉘’ : 껍데기)를 법률상 합병법인으로 이용하면서 브랜드가치 유지를 위해 비상장회사의 상호를 사용하는 전형적인 방법(역합병)에다 합병 전 상장사의 사업부문을 합병한 이후 물적 분할하여 원래 사주에게 돌려주는 변칙적인 거래방법을 취해 합병법인의 ‘사업의 연속성’도 이루어지지 않는바,이는 「 법인세법」제45조 제3항의 “조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병”이라고 인정할 수 있는 요건의 하나로 「법인세법 시행령」제81조 제5항 제1호’를 신설한 취지인 합병시에 건실한 법인의 브랜드가치를 계속유지하면서도 부실법인의 이월결손금을 공제받을 수 있도록 합병주체 및 상호를 변칙적으로변경하는 경우에 대한 이월결손금을 배제하기 위한 규정에 해당된다.

(3)국세청 예규(서면인터넷방문상담2팀-359, 2006.2.16.)를 보면 기업회계기준상 매수회사인 법인이 피매수회사인 법인의 자산과 부채를 공정가액으로 평가하여 승계하면서 피매수회사를 합병법인으로, 매수회사를 피합병법인으로 하는 경우로서 합병 당사법인 간 「법인세법 시행령」제81조 제4항(대통령령이 정하는 합병으로 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 할 것)의 규정에 해당하는 경우에는 같은 법 제45조 제3항(대통령령이 정하는 합병시 이월결손금 배제)을 적용하는 것으로 해석하고 있는바,청구법인은「기업인수·합병등에 관한 회계처리준칙」에 따른 매수법(공정가액 기준)으로 법률상 피합병법인임에도 경제적 실질에 따라 매수회사를 OOO으로 역합병 회계처리하였는데, 이는 세법의 실질과세원칙에 의해 이월결손금을 발생시킨 법인(OOO)과 실질적인 합병법인(OOO)의 주체가 달라지므로 합병법인의 소득에서 이월결손금을 공제할 수 없다.

(4) 「 법인세법」제45조 제3항 및 제13조 제1항과 같은 법 시행령 제81조 제5항(구법 제4항)에 따라 합병에 따른 이월결손금이 배제되는 조항을 보면 “합병등기일 후 5년 이내에 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기하고 합병등기일 현재 이월결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병은 대통령령이 정하는 합병으로 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이므로 합병법인의 이월결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준에 있어서 이를 공제하지 아니한다”고 규정되어 있는바,청구법인은 합병등기일(2008.9.2.) 당일에 합병법인의 상호[구 OOO(주)]를 피합병법인의 상호인 ‘OOO 주식회사’로 변경등기하고 합병등기일 현재 이월결손금이 OOO원인 구 OOO(주)를 합병법인으로 하는 합병이므로 대통령령이 정하는 합병으로 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병에 해당되어 청구법인이 과세표준에서 공제한 구 OOO(주)의 이월결손금 OOO원을 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점합병이 “조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병으로서 대통령령이 정하는 합병”인에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1)법인세법

제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액

제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】③ 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 합병으로서대통령령이 정하는합병의 경우 합병법인의제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제하지 아니한다.

(2) 법인세법 시행령

제81조【합병에 따른 이월결손금의 승계】⑤법 제45조 제3항에서 "대통령령이 정하는 합병"이라 함은 합병등기일 현재법 제13조 제1호의 규정에 따른 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을 말한다.

1. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간 중에 피합병법인의 상호(합병법인의 상호와 피합병법인의 상호 중 피합병법인의 상호만 포함된 다른 상호를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)로 미리 변경 등기하였거나합병등기일 후 5년 이내에 합병법인의 상호를피합병법인의 상호로 변경등기할 것

(3) 상법

제234조【합병의 효력발생】회사의 합병은합병 후 존속하는 회사또는 합병으로 인하여 설립되는 회사가 그 본점소재지에서 전조의등기를 함으로써그 효력이 생긴다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 항변서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실들이 나타난다.

(가) 합병법인 및 피합병법인의 영업개황, 쟁점합병의 흐름도는 아래 <표1>·<표2>과 같다.

<표1> 합병법인 및 피합병법인의 영업개황 등

<표2>쟁점합병의 흐름도

(나) 청구법인에 대한 조사종결보고서에는 “2008.9.2.(합병등기일) 비상장기업인 (주)OOO은 경영합리화 목적이아닌 코스닥상장법인인 OOO(주)를 통한 우회상장 목적으로결손법인인 OOO(주)를 합병법인으로 합병하고 합병법인의상호는 2008.9.2. (주)OOO으로 변경등기를 한 후 합병 이후 합병법인의 과세표준 계산시 합병 전 합병법인[OOO(주)]의 이월결손금 OOO원을 공제하였는바, 이는 「 법인세법」제45조의 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병으로 이월결손금 OOO원의 공제를 배제한다”고 조사되어 있다.

(다)OOO과 OOO은 2008.5.21. OOO이 OOO을 흡수합병하여 OOO은 존속하고 OOO은 해산하는 “합병계약서”를 체결하였다.

(라) 2008.8.7. OOO이 소유하고 있던 부동산을 “주식 및 경영권 양수도 계약서”에 따라 OOO 등에게 아래 <표3>과 같이 양도함에 따라유형자산처분이익 OOO원이 발생하였다.

<표3>

(마) 2008.8.31. OOO은 OOO을 합병하였으며, 법률적으로는 OOO(합병법인)이 OOO(피합병법인)를 흡수합병하는 형식이었으나, 합병 후에 피합병법인의 대주주가 합병법인의 의결권 있는 보통주식을 상당수 소유함에 따라 실질적으로는 피합병법인의 주주가 합병법인을 지배하는 결과가 되어, 청구법인은 경제적 실질에 따라 실질적 매수회사인 OOO이 OOO의 자산 및 부채를 매수하는 형태로 역합병 회계가 아래와 같이 이루어졌다.

㉮ 합병회계처리의 원칙

-「기업인수·합병등에 관한 회계처리준칙」에 따른 매수법(공정가액 기준)으로 경제적 실질에 따라 OOO을 매수법인(실질적 합병법인), OOO을 피매수법인으로 하여 회계처리하였다.

㉯매수원가

- OOO의 OOO 매수원가 OOO원

㉰ 영업권

-청구법인(합병법인)은 경제적 실질에 따라 매수회사인 OOO이매수원가와 OOO의 순자산 총계와의 차액을 영업권 OOO원으로 계상하였다.

* 청구법인은 영업권에 대한 회수가능성을 평가하여 장부가액 미달액을 2008사업연도 손익계산서에 영업권손상차손(영업외비용)으로OOO원을 비용처리하였다.

(바) 2008.9.2. 합병등기하고 합병법인(청구법인)인 OOO의 법인등기부상 회사 상호를 ‘주식회사 OOO’으로 변경등기하였고, 2010.5.24. 청구법인의 보일러사업부문을 물적분할하여 분할신설회사인(주)OOO(2010.6.24. OOO으로 상호변경)를 설립하고 발행주식의 전체OOO를 합병 전 보일러 사업부 최대주주였던 OOO에게 OOO원에 양도하였다.

(사) 흡수합병으로 소멸 해산된 (주)OOO은 2008년 1월 1일부터 2008년 8월 31일까지 의제 사업연도로 하여 2008.11.30. 각 사업연도소득금액에 대한 법인세OOO를 신고·납부하였으며, 2008.11.28. 청산소득에 대한 법인세(청산소득금액은 OOO원으로 납부세액은 없음)를 신고하였다.

(아) 쟁점합병 전·후인 2008.1.1.～2008.8.31. 및 2008.9.1.～2008.12.31.기간과 2008사업연도의 합병법인 및 피합병법인의 손익현황과합병법인의2008사업연도 법인세 신고내역 및합병법인 OOO의 2007사업연도말 기준 이월결손금 현황은 아래 <표4>·<표5>·<표6>·<표7>·<표8>과 같다.

<표4> 2008.1.1.～2008.8.31.(합병 전) 기간 중의 손익현황

(단위 : 천원)

<표5> 2008.9.1.～2008.12.31.(합병 후) 기간 중의 손익현황

(단위 : 천원)

<표6> 2008사업연도 손익현황

(단위 : 천원)

<표7> 합병법인의2008사업연도 법인세 신고내역

(단위 : 천원)

<표8> 2007년말 기준 OOO의 이월결손금 현황

(단위 : 천원)

(자) 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「 법인세법」제45조, 같은 법 시행령 제81조 제5항 제6항에 대한 개정세법 해설에 의하면 “2009년 이후 합병하는 분부터는, 합병법인의영위 사업소득금액에서만 공제하고 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에서는 공제 못하도록 개정하여,흑자법인의 결손법인 합병,결손법인의 흑자법인 합병 등 합병형태에 관계없이 결손금 공제범위가동일하도록 하여종전 역합병 시 이월결손금 공제 제한 제도의 문제점을보완하는 것으로 개정한다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「 법인세법」제45조 및 같은 법 시행령 제81조 제5항에 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 인정되는 합병은합병등기일 현재「법인세법」제13조 제1호의 규정에 따른 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병법인이라고 규정하고 있는바, 조세의 부당한 감소 목적의 합병이라 함은 합병등기일 현재 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하는 합병을 의미하는 것으로, 합병법인인 OOO은 합병등기일(2008.9.2.) 전인 2008.8.7.에 유형자산처분이익 OOO원이 발생되어 합병등기일을 기준으로 이월결손금을 재계산하면 2007사업연도말 이월결손금 잔액 OOO원이 유형자산처분이익과 전액 상계되어 합병등기일 현재로는 이월결손금이 없는 흑자법인에 해당되므로 역합병 시 이월결손금공제 제한규정이 적용되지 않는 것으로 볼 수 있는 점, 역합병의 경우 합병법인의 이월결손금 공제를 제한하는 「 법인세법」제45조 제3항 규정의 입법취지는, 결손금이 많은 법인을 합병법인으로 하여 합병법인의 이월결손금을 흑자회사인 피합병법인의 소득금액에서 공제함으로서 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병을 규제하려는 것인바, 피합병법인 OOO은 합병 이후 4개월간 OOO원의 순손실이 발생하여 쟁점이월결손금을 피합병법인의 소득에서 공제할 수 없기 때문에 쟁점이월결손금을 쟁점합병 전에 발생된 합병법인의 소득금액에서 공제한 것으로 볼 수 있는 점, 2008년말 세법 개정 시에 종전의 역합병시 이월결손금공제 제한 규정이 폐지되고, 2009.1.1. 이후 합병하는 분부터는 합병법인의 이월결손금은 합병법인이 본래 영위하던 사업에서 발생한 소득에서만 공제하고 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에서는 공제를 허용하지 않도록 개정하여, 흑자법인의 결손법인 합병, 결손법인의 흑자법인 합병 등 합병 형태에 관계 없이 결손금 공제 범위가 같도록 제도를 보완한 점 등에 비추어 합병등기일 현재 OOO이 자산을 매각하여 결손상태가 아니고, 그 이후에도 OOO의 영업부분은 결손인 반면에 OOO은 이익이 발생하였으며, 쟁점이월결손금의 상계는 OOO 영업부분의 이익금액에서 상계된 것이 아니라 OOO 영업부분의 이익에서 상계한 것으로 볼 수 있어 이건의 경우 조세를 부당히 감소시키기 위한 목적의 합병으로 보기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 OOO이 OOO을 합병한 것은 조세를 부당하게 감소시키기 위한 목적의 합병이라고 보아 쟁점이월결손금을 불공제하여 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.