가. 청구법인은 주로 비철 수집업체로부터 폐동을 매입하여 이를 제련 및 합금 제조하여 제강업체에 납품하는 업체로서, 처분청이 2011년 제1기∼2012년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 조사시, 자료상 확정업체(OOO 등 6개 업체로 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 거짓세금계산서 수수혐의 금액 OOO원 중에서 위장세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)로 확인된 공급가액 OOO원 상당의 매입세액을 불공제하고, 법인세의 증빙불비가산세를 적용하여 2013.12.6. 청구법인에게 2011년 제1기～2012년 제1기 부가가치세 합계 OOO과 법인세 2011사업연도분 OOO원 및 2012사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여2014.1.23.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 OOO OOO 사장을 통해 매입처를 소개받은 이유는 제품을 제조하는데 필요한 주요 원재료인 폐동을 안정적으로 매입하는 것이 청구법인의 가장 중요한 업무 중 하나이지만, 청구법인의 규모가 가족중심의 소수의 직원만으로 운영될 정도로 소규모이다 보니 매입처를 직접 확보하여 매입할 능력이 있는 직원이 없었고, 많은 수의 고철업체와의 거래는 그렇게 필요하지 않았으며, 고철업체에 대한 정보가 많지 않아 오랜 기간 세금문제 없이 매입을 해왔고, 거의 15년간 함께 거래를 하여 왔던 거래처일 뿐만 아니라 집안간 혼사를 생각할 정도로 신뢰가 두터웠기 때문이며, 이는 고철업체들에 대한 정보가 부족한 청구법인 입장에서 안정적으로 폐동을 매입하고 정상업체와 거래하기 위한 최선의 수단이었다.

청구법인은 쟁점매입처와 거래 전에 사업자등록증, 대표자의 신분증, 사업자의 계좌, 대표자의 명함 등을 확인하였고, 거래의 목적이 되는 폐동을 실질적으로 매입할 당시 폐동을 운반하고 계근할 때마다 쟁점매입처 대표자 또는 납품직원 입회하에 항상 거래하였으며, 거래 당시 고정거래처로서 신뢰관계가 두터웠던 OOO의 OOO 사장의 보증 등 청구법인의 사업규모, 직원의 수, 거래형태 하에서라면 취할 수 있는 가능한 모든 주의의무를 다하여 사업자등록상의 사업자와 실제 사업자가 일치함을 확인하기 위하여 최선의 노력을 하였다.

청구법인은 정상 거래한 업체들도 쟁점매입처에 대하여 행한 실사업자 확인절차와 큰 차이 없이 사업자 확인을 거쳐 매입을 하였으며, 거래 시에 수취한 증빙 서류의 종류도 동일하였으며, 구입단가 또한 정상거래 업체와의 거래 단가보다 특별히 저렴하지 않아 유통경로가 비정상적인 것이라고 의심할 만한 사정이 없었으며, 구입한 폐동은 정상거래처로부터 구입한 폐동과 마찬가지로 청구법인의 제품 제조시 원재료로 사용하였고 정당한 수익을 남기고 판매하였다.

청구법인의 쟁점매입처에 대한 과세관청의 조사내용을 보면, 청구법인과 그 매입처들이 공모하였다고 입증된 것도 없으며, 공모하였을 것이라고 의심할 만한 상황(예 : 시세보다 현저히 저가로 매입, 매출규모에 맞지 않은 거래 및 적은 매입 등)이 없는 거래임에도 불구하고, 단지 매입처가 자료상 사업자라는 이유만으로 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점매입처 중 OOO과는 2008년 제2기 부가가치세 과세기간부터 계속거래를 해 온 업체로서 위장매입으로 과세한 2011년 제1기 부가가치세 과세기간과 동일한 거래방법(주문, 납품, 계량, 세금계산서 수수방법, 대금결제 방법 등)으로, (주)OOO과는 2010년 제2기 부가가치세 과세기간부터 계속거래를 해 온 업체로서 위장매입으로 과세한 2011년 제2기 부가가치세 과세기간과 동일한 거래방법으로 사업장등록증, 신분증, 사업장 등을 확인하고 거래하였고, 정상거래업체로부터 매입한 단가와 비교해도 당시 시세대로 구입하였으며, OOO과 (주)OOO이 청구법인과 거래에 있어서 정상적인 거래 기간의 사정과 변동된 것이 없어 합리적인 의심을 할 만한 사정이나 계기가 없었고, 다른 매입처와의 거래에서도 동일한 방법으로 확인하고 거래하였으므로 청구법인을 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

처분청이 제시한 쟁점매입처에 대한 거래질서 조사내용과 같이 청구법인이 쟁점매입처로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 청구법인이 수취한 사실과 다른 세금계산서가 정상적인 세금계산서라고 믿은 데 선의·무과실이라는 사정을 인정하기에 부족하며,

청구법인이 2012년 6월 부가가치세 자료상조사(2010년 제2기분)에서 받은 고지처분에 대한 조세심판청구(조심 2013중551, 2013.3.27.)에서도 실거래가 인정되지 않았고 선의·무과실이라는 사정을 인정하기 부족하여 기각된 바 있으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인이 수취한 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

② 청구법인이 사실과 다른 세금계산서를 수취함에 있어 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였는지 여부

나. 관련 법률

부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제17조 [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 OOO 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② OOO 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 조사복명서에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 주로 비철 수집업체로부터 폐동을 매입하여 이를 제련하고 청동·인청동 등 합금을 제조하여 제강업체에 납품하는 업체로, 1996.3.2. 개업하여 1998.12.29. 현 사업장 소재지인 OOO를 경락받아 사업장을 이전하였으며, 연간 OOO원 정도의 매출규모를 유지하고 있다.

(나) 청구법인의 매출처는 1990년 중반 이후 개업하여 현재까지 철강·비철금속 가공업을 영위하고 있는 중·대규모 제강업체로 청구법인과 주기적으로 장기간 거래하고 있고, 동 업종 영위기간이 10년 이상으로 체납이력이 없는 업체가 많으며, 거래내역에 있어서 세금계산서, 거래명세서, 계량증명서 증 물량흐름과 금융증빙 등 자금흐름에 비추어 정상거래인 것으로 보인다.

(다) 청구법인의 쟁점매입처에 대한 조사결과 아래 <표>와 같이 조사된 것으로 나타난다.

<표> 쟁점매입처 조사 결과

(2) 처분청은 쟁점매입처의 관할 세무서장 등이 쟁점매입처에 대하여 실시한 거래질서조사 내용을 아래와 같이 제시하고 있다.

(가) OOO장이 OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사내용을 보면,

① 청구법인은 OOO과 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였다고 신고하였으나, OOO은 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 고액의 매출세금계산서를 발행OOO하면서 매출에 대응하는 매입OOO이 거의 없는 자료상(폭탄조) 업체로 확인되었고, OOO의 대표자 OOO의 계좌로 입금되는 매출대금이 즉시 현금으로 출금되는 수법으로 대금의 흐름이 차단되어, 실공급자를 대신하여 세금계산서만을 발행하는 자료상(폭탄조) 행위를 하였으므로 정상적인 거래로 볼 수 없어 OOO과 청구법인의 거래분을 가공거래로 확정하였다.

② 청구법인이 OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙, 계량증명서를 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 인근 외부계량소[OOO(주)OOO] 및 청구법인에서 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 OOO으로부터 교부받은 세금계산서OOO는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 2008년 제2기 부가가치세 과세기간부터 OOO과 계속 거래를 해 온 업체로 처분청이 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 거래분에 대한 조사 결과, 정상거래로 확인된 것처럼 2011년 거래 시에도 그 이전의 정상거래와 같이 중량 확인 및 대금 결제 등 그 이전거래와 달라진 것이 없이 정상적으로 거래를 하였으며, 만약 OOO이 다른 사업자의 물건을 공급하였다 하더라도 그와 같은 행위를 하고 있다고 의심할 만한 사유나 계기도 없었고, OOO과의 거래에 대하여 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였으며, OOO으로부터 속임을 당한 것이므로 선의의 피해 거래당사자에 해당되어 부가가치세 매입세액공제는 정당한 것이라고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동 수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 단지 과거부터 거래를 계속하여 오던 업체였으므로 믿고 거래를 하였을 뿐, 거래처를 확인하는 행위를 하지 않았으므로 공급자와 실제 공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하여 공급자를 확인하였다고 볼 수 없다.

(나) OOO장이 ㈜OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사내용을 보면,

① 청구법인은 (주)OOO에서 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였으나, (주)OOO은 자료상(폭탄조)으로부터 세금계산서를 수취하여 정상거래로 위장한 뒤 세금계산서를 발행하였으며, 이는 물량의 흐름과 다른 세금계산서를 교부하여 실제 폐동 공급자를 은폐시켜 준 자료상 행위를 한 것으로 확인되었다.

② 청구법인이 (주)OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙, 계량증명서를 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 인근 외부계량소[OOO(주)OOO] 및 OOO소재 (주)OOO에서 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 (주)OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 (주)OOO으로부터 교부받은 세금계산서OOO는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 (주)OOO이 폐동을 공급하는 실제 사업자가 아니라는 것을 전혀 알지 못하였으며, 사업자등록증 및 법인등기부등본 사본을 확인하고 사업장을 바로 방문하는 것이 현실적으로 힘들어 인터넷 OOO 로드뷰를 통하여 사업장 존재 여부를 확인하는 등 선량한 관리자로서의 주의 의무를 다하였다고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 사업자등록증, 법인등기부등본 및 신분증 외의 주의의무를 다한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 공급자와 실제 공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 주의의무를 다하여 공급자를 확인하였다고 볼 수 없다.

(다) OOO장이 ㈜OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사내용을 보면,

① 청구법인은 (주)OOO에서 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였으나, (주)OOO은 자료상(폭탄조)으로부터 세금계산서를 수취하여 정상거래로 위장한 뒤 세금계산서를 발행하였으며 이는 물량의 흐름과 다른 세금계산서를 교부하여 실제 폐동 공급자를 은폐시켜 준 자료상 행위를 한 것으로 확인된다.

② 청구법인이 (주)OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙을 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 청구법인의 직원이 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부 받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 (주)OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 (주)OOO으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO원)는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 (주)OOO이 폐동을 공급하는 실제사업자가 아니라는 것을 전혀 알지 못하였으며, 사업자등록증 및 법인등기부등본을 확인하고 (주)OOO의 사업장을 직접 방문하여 사업장 존재여부를 확인하는 등 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 사업자등록증 외 주의의무를 다한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 공급자와 실제 공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하여 공급자를 확인하였다고 볼 수 없다.

(라) OOO장이 (주)OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사내용을 보면,

① 청구법인은 (주)OOO에서 2012년 제1기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였으나, (주)OOO은 자료상(폭탄조)업체로 이는 물량의 흐름과 다른 세금계산서를 교부하여 실제 폐동 공급자를 은폐시켜 준 자료상 행위를 한 것으로 확인되었다.

② 청구법인이 (주)OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙을 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 청구법인의 계근대에서 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부 받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 (주)OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 (주)OOO으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO원)는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 (주)OOO이 폐동을 공급하는 실제 사업자가 아니라는 것을 전혀 알지 못하였으며, 사업자등록증 및 신분증 등을 확인하고 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 사업자등록증 및 신분증 외 주의의무를 다한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 공급자와 실제 공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다.

(마) OOO장이 OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사 내용을 보면,

① 청구법인은 OOO에서 2012년 제1기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였으나, OOO은 자료상(폭탄조)업체로 이는 물량의 흐름과 다른 세금계산서를 교부하여 실제 폐동 공급자를 은폐시켜 준 자료상 행위를 한 것으로 확인되었다.

② 청구법인이 OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙을 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 청구법인의 계근대에서 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 OOO으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO원)는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 OOO이 폐동을 공급하는 실제사업자가 아니라는 것을 전혀 알지 못하였으며, 사업자등록증 및 신분증 등을 확인하고 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 사업자등록증 및 신분증 외 주의의무를 다한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 공급자와 실제공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다.

(바) OOO장이 OOO에 대하여 실시한 거래질서 조사내용을 보면,

① 청구법인은 OOO에서 2012년 제1기 부가가치세 과세기간에 폐동 OOO을 매입하였으나, OOO은 자료상(폭탄조)업체로 이는 물량의 흐름과 다른 세금계산서를 교부하여 실제 폐동 공급자를 은폐시켜 준 자료상 행위를 한 것으로 확인되었다.

② 청구법인이 OOO으로부터 매입한 폐동 OOO에 대해 실거래를 주장하면서 근거자료로 제출한 세금계산서, 거래명세서, 금융증빙을 살펴보면, 청구법인에서 폐동 OOO을 매입할 때 청구법인의 계근대에서 계량을 실시한 후 폐동 상태와 중량에 따라 거래대금을 정하고 거래명세서 및 세금계산서를 교부받은 것이 확인되므로, 청구법인이 위 폐동 OOO에 대하여 OOO이 아닌 ‘OOO’의 제3자로부터 실제 매입한 것으로 판단되어 청구법인이 OOO으로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 OOO원)는 세금계산서의 필요적 기재사항 중 공급자가 허위로 기재된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 청구법인은 OOO이 폐동을 공급하는 실제 사업자가 아니라는 것을 전혀 알지 못하였으며, 사업자등록증 및 신분증 등을 확인하고 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 주장하나, 1991년부터 폐동제련업을 영위한 청구법인의 대표자 OOO은 오랜 경험으로 유통질서가 문란한 폐동거래를 새로 시작하는 경우 거래처의 사업장을 방문하여 그 거래처가 폐동수집을 위한 계근대, 야적장 차량 등 기본설비를 갖추고 있는지 여부 등에 대하여 주의를 기울일 필요가 있음을 알 수 있었는데도 사업자등록증 및 신분증, 인감증명서 외 주의의무를 다한 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하므로 공급자와 실제 공급자가 일치하는지 여부에 대한 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 쟁점매입처와 거래하면서 실사업자인지에 대하여사업자등록증 등 확인 가능한 모든 방법으로 확인하고 거래하였다고 아래와 같이 주장하였다.

(가) 청구법인이 OOO과 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 모두 정상거래를 하였고, 2011년 이후 OOO이 세금계산서만 발행하였다고 의심할만한 충분한 사정이 없었으며, OOO은 2010년 제1기 부가가치세 과세기간 거래분에 대하여 OOO장으로부터, 2010년 제2기 부가가치세 과세기간 거래분에 대하여는 OOO장으로부터 조사를 받은 이력이 있고, 조사결과 청구법인과의 거래는 정상거래임이 확인되어 조사종결된 사실이 있는바, 청구법인은 정상거래가 확인된 2010년과 동일한 거래방법(주문, 납품, 계량, 세금계산서 수수방법, 대금결제 방법 등)으로 일관되게 거래하고 있었고 그 방법을 변경할 특별한 사정도 없었고, OOO과 2008년부터 거래를 시작한 이래 실지 대표자 OOO을 직접 만나 사업자등록증, 신분증, 사업장을 확인하였으며, OOO은 청구법인에게 납품시 계량증명서를 가지고 왔고, 청구법인의 계근대에서 한 번 더 확인 후 납품하였고, 대금결제는 OOO의 OOO 계좌로 이체하였으며, 납품당일 결제하지만 자금 부족시에는 며칠 동안 나누어 입금해 주었으며, 처분청이 과세한 2011년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간의 거래형태와 정상거래로 확인된 2008년 2010년 기간 거래분의 거래형태는 동일하였고 OOO의 직원도 대부분 동일한 직원이 방문하여 세금계산서, 계량증명서, 거래명세서를 수령하였다.

청구법인이 OOO으로부터 매입한 폐동의 매입단가는 정상적인 업체들로부터 매입한 단가와 비교해도 당시 시세대로 구입하였음을 알 수 있고 특별히 OOO으로부터 저가로 동일 매입한 것이 아니며, OOO의 판결문(2013.1.11. 선고 2012고합382 판결)에 OOO이 비철, 고철 등을 실질적으로 판매하였다는 것이 확인되고 있고, OOO 대표 OOO은 2010년 7월부터 6개월 동안 총 OOO원의 고동을 거래처에 납품하면서 세금계산서는 OOO 명의로 발행하고 무자료 매입하였음이 나타난다.

법원의 판결내용으로 확인할 수 있는 점은 OOO 대표 OOO은 무자료 매입을 통해 OOO원의 실지 매출을 할 수 있는 능력을 가진 사업자였고, OOO 조사내용으로 OOO OOO은 실제로 직원들을 고용하여 비철을 판매하는 사업자였으며, 청구법인은 OOO OOO으로부터 2008년～2011년 기간 동안 폐동을 실제로 납품받는 과정에서 수시로 OOO과 전화통화 및 직접대면을 하였고, 납품시 OOO의 직원이 폐동을 싣고 와서 납품을 하고 계량 및 상태확인을 통해 최종 매입중량과 매입가액을 결정하여 세금계산서, 거래명세서를 수취하였으며, 계속 사용해오던 OOO 계좌로 대금을 결제하였고, 2011년 이후 거래형태가 이전 거래형태와 비교하여 특이한 사정변화가 없어 OOO이 매입세금계산서를 정상적으로 수취하지 못했을 것이라는 내용을 알지 못했으며, 알 수 있는 수단과 방법이 없어, 설령 OOO이 세금계산서만 발행하였다 하더라도 청구법인은 이러한 점을 의심할만한 충분한 사정이 없었다.

(나) 청구법인이 (주)OOO과 거래를 시작하면서 실제공급자인지 확인하기 위하여 (주)OOO의 사업자등록증 및 법인등기부등본, OOO 사장과 관리이사 OOO의 신분증 및 명함을 확인하고, 국세청 홈페이지에서 휴·폐업 여부와 사업장 간판 및 위치 등을 확인하였으며, (주)OOO OOO 대표자가 물건을 직접 납품하러 와서 물건 상태와 실제 중량을 함께 확인하였기에 다른 사업자의 물건을 공급하고 있다고 의심할 수 없었고 납품완료 후 정상적으로 거래명세표와 세금계산서를 교부받고 (주)OOO 법인 계좌에 대금을 송금하였으며, 청구법인은 2011.8.23. (주)OOO으로부터 폐동을 매입하고 매입단가에 대한 이견으로 가격을 조정하면서 전자세금계산서 2회 수정하고 총 5건의 전자세금계산서를 수취한 것을 보면 일반적인 상거래에서 이견을 조정하는 정상적인 상거래가 이루어졌음을 추정할 수 있으며, 설령, (주)OOO이 세금계산서만 발행한 사업자라 하더라도 (주)OOO이 정상거래를 가장하여 청구법인과 거래를 한 것으로 청구법인이 이러한 점을 의심할 만한 충분한 사정이 없었고, 청구법인으로서는 이를 알아낼 방법도 없어 선의의 거래당사자에 해당된다.

(다) 청구법인은 (주)OOO과는 2010년 제2기 부가가치세 과세기간부터 계속 거래를 하여 온 업체로 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 거래시에도 그 이전 거래와 차이점이 전혀 없었으며 (주)OOO이 다른 사업자의 물건을 공급하고 있다고 의심할 만한 사정이나 계기도 없었고, 조사관서에서도 2010년 제2기부터 2011년 제1기까지 부가가치세 과세기간의 거래분은 정상거래로 인정하고 있었고, 청구법인은 2010.12.20. 첫 거래를 한 후 (주)OOO 직원의 명함과 신분증을 확인하였으나 사업자등록증상 대표자를 만나지 못해 청구법인 대표자 OOO과 딸 OOO이 (주)OOO 사업장을 직접 방문하여 실제로 야적장과 사무실, 계근대 등을 갖추고 사업자등록증상 사업장 소재지에서 정상적으로 사업을 하고 있음을 확인하여 계속 거래를 하였다.

청구법인은 (주)OOO과 2010년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO원, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO원, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO원의 폐동을 정상적으로 매입하였고, 납품시 방문하는 (주)OOO의 직원, 납품시 계량방법, 세금계산서 및 거래명세서의 교부방법, 대금결제 계좌 등이 (주)OOO과 거래한 모든 기간 동안 그 거래형태가 동일하였으며, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에만 특이한 사정변화가 없었고, 청구법인이 (주)OOO에 주문을 하여 납품을 받아 대가를 지급하고 세금계산서를 수취한 것이지, 제3자로부터 폐동을 매입하고 세금계산서만 (주)OOO으로부터 수취한 것이 아니며, 설령 (주)OOO이 세금계산서만을 발행한 사업자라 하더라도 청구법인은 이러한 점을 의심할 만한 충분한 사정이 없었다.

(라) 청구법인은 OOO과 거래하면서 실제공급자인지 확인하기 위하여 사업자등록증 사본 및 대표자 명함, 운전면허증 사본, 인감증명서, 주민등록등본을 대표자로부터 직접 받아 확인하고 국세청 홈페이지에서 휴·폐업 여부를 확인하였고, OOO 대표자 OOO이 직접 물건을 납품하여 와서 물건 상태와 실제 중량을 확인하였기에 OOO이 다른 사업자의 물건을 공급하고 있다고 의심할 수 없었으며, 거래명세표와 세금계산서를 교부받고 대금지급도 대표자 기업은행 계좌에 정상적으로 송금한 것이지, 대금증빙을 조작하려는 목적으로 송금한 것이 아니며 부가가치세를 돌려받은 사실도 없다.

청구법인은 매출세금계산서를 OOO% 발행해야 하는 사업구조이기 때문에 OOO에서 정상적인 업체들로부터 같은 기간 중에 매입한 단가와 차이가 없는 시세대로 구입한 가격으로 엄청난 이익을 남길 수도 없는 상황에서 굳이 과세의 위험을 감수하면서 위장매입세금계산서를 수취할 이유가 없으며, OOO 관련인을 수소문하여 구치소에 있는 OOO(납품시 대표와 함께 방문한 직원)에게 확인한 결과 실물공급자는 대표자와 함께 온 OOO과 OOO이라고 하였으나 대표자가 직원이라고 한 OOO과 OOO을 실거래자로 의심하여 확인할 수 있는 방법은 없었다.

청구법인은 OOO의 대표자 OOO이 직접 납품을 왔고 자신의 물건이라고 하여 사업자등록증, 신분증, 계좌 등을 확인하고 실질적으로 폐동을 납품받았기 때문에 OOO OOO 계좌로 대금을 지급한 것이며, 설령 OOO이 세금계산서만 발행한 것이라 하더라도 OOO이 정상거래를 가장하여 청구법인과 거래를 한 것으로서 청구법인이 이러한 점을 의심할 만한 충분한 사정이 없었으므로 선의의 거래당사자에 해당된다.

(마) 청구법인이 OOO과 거래하면서 실지 공급자인지를 확인하기 위하여 사업자등록증 사본, 대표자 인감증명서, 주민등록등본, 운전면허증 사본, 명함을 OOO 대표자로부터 직접 받아 확인하였고, 국세청 홈페이지에서 휴·폐업 여부를 확인하였으며, 사업장의 임대차계약서 및 현장사진을 요구하여 확인하였고, OOO은 대표자 OOO이 직접 물건을 납품하여 와서 물건 상태와 중량을 확인하였기에 OOO이 다른 사업자의 물건을 공급하고 있다고 의심할 수 없었으며, OOO의 OOO 대표자가 자신의 물건이라며 납품을 하였고 청구법인으로서는 사업자등록증, 신분증, OOO의 계좌를 확인한 상태에서 실질적으로 동을 납품받았기 때문에 대금을 지급하여 정상적인 거래를 한 것이며, OOO이 세금계산서만 발행한 사업자라 하더라도 OOO이 정상거래를 가장하여 청구법인과 거래를 한 것으로서 청구법인이 이러한 점을 의심할 만한 충분한 사정이 없어 선의의 거래당사자로 보아야 한다.

(바) 청구법인이 OOO과 거래하면서 실지 공급자인지를 확인하기 위하여 사업자등록증, 대표자의 인감증명서, 운전면허증, 주민등록등본을 직접 받아 확인하였고, 국세청 홈페이지에서 휴·폐업 여부를 확인하였으며, OOO 대표자가 직접 물건을 납품하러 와서 물건 상태 및 중량을 함께 확인하였기에 OOO이 다른 사업자의 물건을 공급하였다고 의심할 수 없었고, 거래명세표, 세금계산서를 교부받고 대금지급도 대표자 계좌에 정상적으로 송금하였으며, 청구법인은 OOO 대표자가 자신의 물건이라며 납품을 하였고, 거래 전에 사업자등록증, 신분증, OOO의 계좌를 확인하고 실질적으로 폐동을 납품받았기 때문에 대금을 지급한 것이며, OOO이 세금계산서만 발행한 사업자라 하더라도 OOO이 정상거래를 가장하여 청구법인과 거래를 한 것으로서 청구법인이 이러한 점을 의심할 만한 충분한 사정이 없어 선의의 거래당사자로 보아야 한다.

(사) 청구법인은 관련 증빙으로 OOO과의 거래처원장, 계량증명서, 거래명세표, 세금계산서, 계좌이체 통장사본, 정상거래처와 단가비교표, OOO 조사종결보고서, OOO 판결문(2013.1.11.선고 2012.고합382 판결), (주)OOO 사업자등록증, 법인등기부등본, OOO, OOO 명함, 사업장 사진, 계량증명서, 거래명세표, 전자세금계산서, 대금결제 통장사본, 거래처원장, 정상거래처와 단가비교표, (주)OOO 사업자등록증, OOO 명함, 사업장 현장, 거래명세표, 전자세금계산서 대금결제 통장, 계량증명서, 거래처원장, 정상거래처와 단가비교표, (주)OOO 실제대표 OOO 확인서, OOO 사업자등록증, OOO 주민등록등본, 인감증명서, 운전면허증사본, 명함, 거래명세표, 세금계산서, 대금결제 내역, 거래처원장, 정상거래처와 단가비교표, OOO 직원 OOO 확인서, OOO 사업자등록증, 임대차계약서, 사업장 현장 사진, OOO 인감증명서, 주민등록등본, 운전면허증 사본, 명함, 거래명세표, 세금계산서, 거래대금결제통장, 거래처원장, 정상거래처와 단가비교표, OOO 사업자등록증사본, 인감증명서, 주민증록등본, 운전면허증사본, 납품확인서, 계량증명서, 거래명세표, 세금계산서, 거래대금결제 내역, 거래처원장, 정상거래처와 단가비교표 등을 제시하였다.

(4) 청구법인은 처분청 답변에 대하여 아래와 같이 추가의견을 제시하였다.

(가) OOO으로부터 매입한 것에 대하여, 처분청은 거래처의 사업장을 방문하여 계근대, 야적장, 차량 등 기본설비를 확인하고, 과거부터 계속 거래를 해오던 업체이므로 믿고 거래한 것은 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다는 의견이나, OOO장의 OOO 조사종결보고서에 의하면, 사업장을 방문하여 확인한바, 사무실로 쓰던 컨테이너 박스와 계근대는 설치되어 있고 야적장은 타 사업자가 사용하고 있어 고철 업종에 사용된 흔적이 있다고 조사되었고, 청구법인은 OOO과 2008년 7월 첫 거래 당시 OOO 대표자 OOO을 직접 만나 본인여부를 확인하였고, 거래 도중 사업장을 방문하여 야적장, 사무실, 차량 등을 이미 확인했으며, 충분한 폐동 공급능력이 있는 사업자임을 확인하고 아래 <표>와 같이 2008년 7월부터 2011년 7월까지 총 55회에 걸쳐 폐동을 매입하였다.

<표> 청구법인과 OOO의 폐동 거래 현황

청구법인은 OOO으로부터 폐동 매입시 대표자 OOO과 통화 및 만남을 통해 주문하고 첫 거래부터 마지막 거래까지 주문부터 납품과정, 납품시 방문하는 직원, 결제계좌 등이 변동 없었으며, 폐동도 이상 없이 수령하여 OOO이 문제가 있다고 전혀 알 수 없는 상황에서 굳이 2011년 이후에만 매입시마다 사업장을 방문할 이유가 없었고, 청구법인은 2010년 OOO으로부터 총 28회 걸쳐 폐동 OOO원을 매입하였고 동 기간 거래분에 대하여 과세관청의 조사를 받은 결과 정상거래로 확인된 사실이 있는바, 매입세액이 부인된 2011년 거래분과 매입과정, 수취한 서류, 계근한 장소 등은 차이가 거의 없으며, OOO에 대한 첫 조사가 2012년에 이루어져 청구법인은 OOO이 세무상 문제가 있을 수 있다는 것을 거래 당시에는 알 수 없었고, 2011년 이후 매입한 폐동의 가격이 통상적인 시세보다 저가로 구입했다던지, OOO의 거래직원의 변경 등 어떠한 사정 변화도 없었으므로 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다.

(나) (주)OOO으로부터의 매입거래에 대하여, 처분청은 거래처의 사업장을 방문하여 계근대, 야적장, 차량 등 기본설비를 확인하고, 과거부터 계속 거래를 해오던 업체이므로 믿고 거래한 것은 선량한 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 2010년 12월 첫 거래를 할 당시 (주)OOO의 직원 OOO, OOO을 직접 만나 직원 여부를 명함과 신분증을 통해 확인하였고, 거래 도중 사업장을 방문하여 야적장, 사무실, 차량 등을 이미 확인하여 폐동 공급능력이 있는 사업자임을 확인하고 아래 <표>와 같이 2011년 7월까지 총 19회에 걸쳐 매입하였다.

<표> 청구법인과 (주)OOO과의 거래 현황

청구법인은 폐동 매입시 거래처 직원과 통화 및 만남을 통하여 주문을 하였고, 첫 거래부터 마지막 거래까지 주문부터 납품과정, 납품시 방문직원, 결제계좌 등이 변동없어 굳이 2011년 7월 거래에 대해서만 거래처 사업장을 방문할 이유가 없었으며, 청구법인은 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에도 (주)OOO으로부터 총 15회 걸쳐 폐동 OOO원에 매입하였고, 동 기간 거래분에 대하여 과세관청의 조사를 받아 정상거래로 확인받은 사실이 있는바, 매입세액이 부인된 2011년 제2기 부가가치세 과세기간 거래분과 매입과정, 수취한 서류, 계근한 장소 등은 차이가 없으며, (주)OOO에 대한 첫 조사가 2012년 7월에 이루어져 청구법인은 (주)OOO이 세무상 문제가 있을 수 있다는 것을 거래 당시에는 알 수 없었고, 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 매입한 폐동의 가격이 통상적인 시세보다 저가로 구입했다던지, (주)OOO의 거래 직원의 변경 등 어떠한 사정 변화도 없었고, 마지막 거래 당시에도 사업장이 존재하고 있었으므로 선의의 거래당사자로 인정하여야 한다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입처와 거래하면서 사업자등록증, 대표자 명함, 사업장, 대금결제 내역 등 관련 증빙서류를 제시하면서 실제 거래하였다고 주장하나, 과세관청의 쟁점매입처에 대한 조사결과 쟁점매입처는 자료상으로부터 매입세금계산서를 수취하여 정상거래로 위장하고 쟁점매입처 명의로 세금계산서를 발행하여 실제 폐동 공급자를 은폐한 자료상 행위를 한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점매입처로부터 매입하였다고 주장하는 폐동 등의 실제 공급자는 쟁점매입처로 보이지 아니하므로 처분청이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 나타난다.

(6) OOO으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이나, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것인바, 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 교부받으면서 해당 공급자의 사업자등록, 거래명세표, 계좌이체 내역서 및 자동차등록증 등을 증빙으로 제출하고 있으나, 쟁점매입처가 자료상이 아닌 실물을 공급할 능력이 있는지에 대하여 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점, 과세관청이 쟁점매입처가 자료상으로부터 세금계산서를 교부받고 정상거래로 위장하여 쟁점매입세금계산서를 교부한 것으로 조사한 점 등에 비추어 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다 하겠다.

다만, 쟁점매입세금계산서 중 OOO 및 (주)OOO으로부터 수취한 매입세금계산서의 경우, 청구법인이 거래시 매입처로부터 사업자등록증, 대표자 명함, 사업장, 야적장 등 실제 사업여부를 확인하여 거래를 한 것으로 나타나고, OOO과는 2008년 제2기부터 2010년 제2기 부가가치세 과세기간까지의 거래분에 대하여 과세관청에서 정상 거래로 조사된 사실이 있는 점, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 OOO장의 OOO 사업장 조사시 사무실과 계근대, 야적장이 존재한 것으로 조사된 점, 법원 판결서(OOO 2013.1.11. 선고 2012고합382 판결)의 범죄사실에서 2009년 제2기～2010년 제2기 부가가치세 과세기간까지 OOO의 매출은 실제로는 OOO이 매출한 것으로 판단하고 있는 점, (주)OOO과는 이 건 이전 2010년 제2기 부가가치세 과세기간부터 거래를 시작하여 2011년 제1기 부가가치세 과세기간까지 18회에 걸쳐 거래한 사실이 나타나는 점, 청구법인이 제시한 자료에 의하면 OOO과 (주)OOO의 폐동 납품과 관련하여 이 건 거래의 전·후 상황에 변동이 없는 것으로 보이는 점, 청구법인에 대한 수사기관의 수사 결과 불기소(혐의없음) 처분을 받은 점 등에 비추어 청구법인은 OOO 및 (주)OOO과의 이 건 거래 당시 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로서 매입세금계산서를 수취한 것으로 보이므로 매입세액을 공제하고 법인세의 증빙불비가산세의 적용을 배제하여 이 건 부가가치세 및 법인세의 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.