가. 서울 중구 B 외 12필지 합계 3,775㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)의 소유자들이었던 C, 망 D(2009. 5. 19. 사망, 이하 ‘망인’이라 한다) 등 23명(이후 17명으로 감소하였다, 이하 ‘조합원들’이라 한다)은 이 사건 토지 위에 상가를 신축하여 분양 또는 임대하는 사업을 영위할 목적으로 1996. 9. 20. E조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)을 설립하였다.

나. 이 사건 조합은 2000. 12. 30. 이 사건 토지 위에 1,878개 점포로 구성된 F빌딩(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)을 신축한 후 2001. 1. 11. 이 사건 조합 명의의 소유권보존등기를 마치고 그중 1,600여개의 점포를 일반분양하면서, 수분양자들과 사이에 분양받은 점포의 대지권에 해당하는 부분을 30년간 사용할 수 있는 권리를 부여하고 그 대가로 수분양자들로부터 토지사용료 합계 1,141억 원을 선납받는 내용의 토지사용계약을 추가로 체결한 다음, 수분양자들로부터 위 1,141억 원을 선납받았다.

다. 이 사건 조합은 위 토지사용료를 선수임대료(이하 ‘이 사건 선수임대료’라 한다)로 처리하여 임대기간(30년)과 각 분양면적으로 안분하여 계산한 금액을 공급가액으로 하여 2001년부터 2008년까지의 부가가치세를 신고납부하였고, 조합원들은 위 선수임대료 수입에 대하여 국세청에 등록된 조합원 지분에 따라 공동사업자별 분배명세서를 작성하여 종합소득세를 신고납부해왔다. 라.

그런데 이 사건 상가 분양 이후 이 사건 토지 중 상당수 조합원들 소유 토지의 소유권이 임의경매 등의 원인으로 제3자(이하 ‘비조합원들’이라 한다)에게 이전되었고, 이후 비조합원들 중 일부가 이 사건 조합 또는 수분양자들을 상대로 제기한 부당이득금 반환청구 소송에서 '이 사건 조합 및...