가. 청구법인은 2012사업연도부터 2013사업연도까지 지출한 연구·인력개발비(이하 “이 건 연구비 등”이라 한다)를 2014사업연도(이하 “이 건 사업연도”라 한다)에 구「조세특례제한법」제144조 제1항에 따라 이월세액으로 공제하여 법인세를 신고·납부하였으나, 법인지방소득세는 이 건 연구비 등으로 인한 법인세 이월공제액을 그 과세표준에서 차감하지 않은 상태에서 산출한 세액을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2020.5.1. 이 건 사업연도의 법인지방소득세 과세표준에서 법인세 이월공제액을 차감하여야 한다는 취지로 처분청에게 법인지방소득세 OOO(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.29. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.25. 이의신청을 거쳐 2021.2.18. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「지방세법」부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “이 건 부칙”이라 한다) 제15조에서 규정하고 있는 일반적 경과조치는 납세자들에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고, 청구법인은 이 건 연구비 등을 지출함에 있어 법인세법령에 따른 세액공제 외에 법인지방소득세에 대해서도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다 할 것인바, 비록 종전 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환하여 법인세 세액공제 규정이 배제되었다고 하더라도 이는 종전의 세액공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없으므로 이 건 사업연도의 법인지방소득세는 그 과세표준에서 이 건 연구비 등에 대한 법인세 이월공제액을 차감하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 이를 인정하지 아니하고 이 건 지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

2014.1.1. 이전에는「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 이월공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 그 이월공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었고, 법인세 이월공제액을 개정된「지방세법」부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 이 건 사업연도에 이 건 연구비 등을 이월세액으로 공제하여 법인세를 신고·납부하였으므로 법인지방소득세 과세표준에서 이월공제세액을 제외하여야 한다고 주장한다.

(나) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된「지방세법」의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

(다) 개정「지방세법」이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이「지방세특례제한법」등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 2014.1.1. 개정 전「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 지방소득세의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세 기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)

제91조[신고납부] ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,「법인세법」 또는「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는「지방세기본법」제77조를 적용하지 아니한다.

제94조[소득분의 계산방법] ① 소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제103조의19[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은「법인세법」제13조에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다.

제103조의22[세액공제 및 세액감면] ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

(3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것)

제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)

제132조[최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제] ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과「법인세법」제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인세법」제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 “과세표준”이라 한다)에 100분의 17[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 “법인세 최저한세액”이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

제144조[세액공제액의 이월공제] ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는「소득세법」제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.