가. 원고는 2000. 2. 22. 아파트 및 주택판매업 등을 사업목적으로 하여 설립되었고, 한라건설 주식회사가 시공한 파주시 교하읍 소재 한라비발디센트럴파크 아파트(총 12동 937세대, 상가 1식 포함, 이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)의 사업시행자이다.

나. 원고는 2006 사업연도에 이 사건 아파트 937세대를 모두 분양하고, 2006 내지 2008 사업연도까지 작업진행률에 따라 계산한 분양수입금을 해당 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

그런데 원고는 2009 사업연도에 이 사건 아파트 중 182세대(이하 ‘이 사건 182세대’라 한다)의 분양계약이 중도금과 잔금 미납 등의 사정에 비추어 사실상 합의해제되었다고 판단하고, 이 사건 182세대와 관련된 분양수입금 104,430,272,570원과 분양원가 74,618,826,785원을 2009 사업연도의 익금과 손금에 산입하지 않고 법인세 3,245,784,973원을 신고납부하였다.

다. 서울지방국세청장은 2012. 10. 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 이 사건 182세대에 관한 분양계약은 2009 사업연도에 해제되지 않았고, 또 분양계약이 해제된 경우 관련 익금과 손금은 해제일이 속하는 사업연도의 손익에 반영되어야 한다는 이유로 위 분양수입금과 분양원가를 2009 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 과세하도록 피고에게 통지하였고(그 밖의 세무조사 결과까지 반영하면 과세표준은 27,191,216,394원 증가하였다), 피고는 2013. 2. 1. 원고에게 2009 사업연도 법인세 8,414,748,120원(가산세 포함)을 증액 경정고지하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 2013. 5. 7. 조세심판원에 조세심판을 청구하였다.

조세심판원은 2015. 6. 9. 원고의 청구를 일부 인용하였는데, 구체적으로 보면 이 사건 182세대를 아래 표와 같이 분류하여, ① 원고가...