가. 청구법인은 2001.3.20. 개업하여 OOO에서 건설업을 영위하는 법인으로서, 2004 사업연도 법인세 신고와 관련하여 2006.11.21. 당초 신고한 노무비 계상액 2,148,680천원에 대한 산재보험료 부과를 회피하기 위해 노무비 중 1,239,650천원을 손금불산입하고 동일한 금액인 1,239,650천원을 복리후생비, 여비교통비, 수선비 등 9개 계정의 비용항목으로 나누어 손금산입하는 수정신고를 하였다.

나. 처분청은 2007.9.28.～2007.10.15. 청구법인에 대한 법인세조사를 실시하여 2004년～2006년 가공노무비 958,160천원(2004년 853,960천원, 2005년 64,740천원, 2006년 39,460천원)을 손금불산입하고, 2005년 OOO 신축공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 수입금액 누락액 320,000천원 및 2006.4.20. 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 공사 미수금 신고누락액 400,000천원을 확인하여, 2007.12.7. 및 2008.2.20. 청구법인에게 각 과세기간별 부가가치세 및 법인세를 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점공사와 관련하여 도급계약서에 의거 각각 신고한 530,000천원 및 230,000천원은 정당하며, 청구외법인과의 공사중단으로 인한 가압류 신청금액 400,000천원에 대해 매출누락으로 처분청이 경정한 금액 중 100,000천원은 청구외법인에게 빌려준 것으로 이를 차감하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하여 한다.

나. 처분청 의견

쟁점공사 도급금액이 각각 800,000천원 및 280,000천원으로 확인되었고, 청구외법인과의 수입누락액 400,000원 중 100,000천원이 대여한 금액이라 주장하나 본인 진술서 외 증빙서류가 없음으로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공사수입 누락금액의 사실 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제22조의 2 (경정 등의 효력) ①세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

②세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

제68조 (청구기간) ① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

(2) 법인세법 제66조 (결정 및 경정) ①납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다. (1998.12.28. 개정)

②납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (1998.12.28. 개정)

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (1998.12.28. 개정)

제67조 (소득처분) 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 경정 또는 결정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제106조 (소득처분) ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타사외유출. (단서생략)

(4) 부가가치세법 제21조 (결정 및 경정) ①사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다. (2003. 12. 30. 개정)

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 본안 심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지를 본다.

(가) 처분청은 2007.12.7. 청구법인에게 2005년 1기 부가가치세 42,405,810원, 2006년 2기 부가가치세 47,018,180원, 2004사업연도 법인세 334,421,720원, 2005사업연도 법인세 109,613,010원, 2006사업연도 법인세 80,856,760원을 각각 경정·고지하였고, 2008.2.20. 2005년 1기 부가가치세 4,294,690원 및 2005사업연도 법인세 10,182,230원을 증액 경정·고지하였다.

(나) 국세기본법 제68조 제1항에 따르면 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 제기하도록 하고 있다.

(다) 처분청은 2007.12.5. 청구법인에 당초 처분에 대한 납세고지서를 청구법인에 등기우편으로 발송하였고, 2007.12.7. 청구법인의 대표이사 OOO이 이를 수령한 사실이 우편물배달증명서OOO에 의해 확인되고, 처분청이 2008.2.18. 증액 경정처분에 대한 납세고지서는 2008.2.20. 회사동료 OOO이 이를 수령한 사실이 우편물배달증명서OOO에 의하여 확인된다.

(라) 청구법인은 당초 처분에 대한 2004～2006 사업연도 법인세와 2005년 1기 및 2006년 2기 부가가치세의 심판청구를 납세고지서를 수령한 날(2007.12.7)로부터 법정 청구기한 90일 이내인 2008.3.6.까지 제기하였어야 함에도 2008.3.10. 심판청구를 접수한 것은 청구기간이 경과된 부적법한 청구로 판단된다.

(마) 당초 신고 또는 경정처분이 있고 난 이후 동일귀속연도의 소득에 대하여 다시 증액경정이 이루어진 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 하자도 바로잡도록 함이 법적 안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠으므로 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 하자를 포함한 모든 과세요건사실의 하자를 그 대상으로 하여야 하고, 다만 청구세액은 국세기본법 제22조의 2 제1항이 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다”라고 규정하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하고 있어 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다OOO.

(바) 따라서, 2005년 1기 부가가치세 4,294,690원 및 2005년 사업연도 법인세 10,182,230원원의 심판청구는 각 귀속연도별 최종 증액경정처분일로부터 90일 이내에 심판청구가 제기되었으므로, 이에 대해서는 최종 증액경정 처분뿐만 아니라 그 이전의 당초 처분을 심리대상에 포함하되 청구세액은 최종 증액경정처분의 직전에 확정된 세액을 초과하는 부분만을 그 대상으로 하여야 할 것으로 판단된다.

(2) 본안심리 대상인 공사수입 누락금액의 사실 여부에 대하여 본다.

(가) 2007.10. 처분청 조사공무원이 작성한 청구법인에 대한 조사보고서를 보면, 청구법인은 2004.4.경 OOO과 쟁점공사를 각각 800,000천원 및 280,000천원에 공사계약을 체결하고 2005.3.경 완공하였으나, 2004년 2기 400,000천원, 2005년 1기 360,000천원의 매출세금계산서를 발행하여 2005년도 수입금액 320,000천원을 누락한 것으로 되어 있는 사실이 확인된다.

(나) 이에 대해, 청구법인은 쟁점공사와 관련하여 2004.4. OOO 530,000천원, OOO 230,000천원에 OOO과 신축계약을 하여 공사를 시공하던 중 2004년 2기 400,000천원, 2005년 1기 360,000천원 합계 760,000천원을 OOO의 창원사업장으로 세금계산서를 발부한 것이 사실이라는 주장이므로 이에 대하여 본다.

1) 2007.10.29. 처분청 조사공무원이 청구법인의 대표이사 OOO에 대한 전말서 내용을 보면, OOO은 답변에서 2004.4.경 OOO과 쟁점공사를 각각 800,000천원 및 280,000천원 합계 1,080,000천원(공급가액)에 공사계약을 체결하고 2005.3.경 공사를 완료한 사실이 있으며, 2004년 2기 400,000천원 2005년 1기 360,000천원의 세금계산서를 발행하고 부가가치세 및 법인세를 신고하여 2005년도 수입금액 360,000천원을 매출 누락한 사실이 있는 것으로 진술하고 있다.

2) 2007.11.15. 작성한 OOO의 확인서를 보면, OOO 공사건 청구법인 도급금액 860,000천원 외 기타공사는 OOO에서 직영처리하였다는 내용으로 되어 있고, 2007.11.20. 작성한 OOO의 확인서를 보면, 청구법인과 계약내용은 OOO 800,000천원(부가가치세 별도) 및 OOO 280,000천원(부가가치세 별도)으로 계약하였으며, 2005.3.경 공사가 완료되어 공사계약금액 1,188,000천원(공급대가)을 청구법인에 지급한 사실이 있고, 2007.11.15. 청구법인에 인감증명서를 첨부하여 발행한 확인서는 제대로 확인하지 못하고 도장을 찍어준 것으로 차후 확인하여 본 결과 내용이 잘못된 사실이 있다는 내용으로 되어 있다.

3) 청구인은 심리자료로 2008.3.8. OOO이 작성한 사실확인서를 제시하고 있으며, 그 내용을 보면 OOO은 쟁점공사를 청구법인에서 760,000천원을 시공하고, 잔액 320,000천원은 본인 및 OOO 원장과 개인적으로 직영하였음을 확인한다는 내용으로 되어 있다.

(다) 살피건대, 청구법인은 처분청 조사시 쟁점공사 수입금액 320,000천원을 누락한 사실을 인정하였고, 건축주 또한 그 사실을 확인하고 있으며, 청구법인이 세금계산서를 발행하여 신고한 금액이 정당하다는 주장 외 다른 반증이 없는 점과 제3의 인물인 OOO의 확인서만으로는 청구인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

3. 결론

이 건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.