상고비용은 피고가 부담한다.

구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것. 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제132조 제1항은 최저한세에 관하여 '내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세(대통령령이 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산함에 있어서 다음 각 호의 1에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호의 규정에 의한 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준에 100분의 15(중소기업의 경우에는 100분의 12)를 곱하여 계산한 세액에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대하여는 감면 등을 하지 아니한다'고 규정하면서, 그 제3호에서 구 조세특례제한법 제26조 소정의 임시투자세액공제 등을 열거하고 있으며, 그 위임에 의한 구 조세특례제한법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18176호로 개정되기 전의 것. 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제126조 제2항은 "법 제132조 제1항 본문에서 '대통령령이 정하는 세액공제 등'이라 함은 법인세 감면 중 동조 동항 제3호 및 제4호에 열거되지 아니한 세액공제・세액감면 및 감면을 말한다"고 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제59조 제1항은 '이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다'고 규정하면서, 제1호에서 '각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)', 제2호에서 '이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제', 제3호에서 '이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.'를 각 규정하고 있다.

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 구 조세특례제한법 제132조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제126조 제2항의 각 규정은 그 문언상 '최저한세가 적용되는 감면 등의 한도'를 정하는 방법을 규정하고 있을 뿐, 최저한세가 적용되지 않는 감면과의 적용순서를 직접적으로 표현하고 있지 않는 점, ② 구 조세특례제한법 제132조 제1항은 세액 산출의 적용순서를 정한 것이라기보다는 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하고 나서 법인세를 산출할 경우 그 법인세에서 다시 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 하는 것은 '최저한세 적용대상인 감면 등'을 이중으로 하는 셈이 되므로 '최저한세 적용대상인 감면 등'은 하지 아니하고 법인세를 산출하는 것은 당연하다는 점에서 그 취지를 별도로 규정하지 않고, '최저한세 적용대상이 아닌 감면 등'을 할 것인지 여부만을 규정한 것으로 보이는 점, ③ 이 사건과 같이 감면 등의 적용순서의 차이에 따라 이월공제액에서 차이가 발생하는 경우에도, 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 따라 산출되는 최저한세액은 변동이 없으므로 위 규정에 최저한세의 산출과 연관된 '감면의 적용순서'가 내포되어 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제132조에 정한 최저한세가 구 법인세법 제59조 제1항이 정한 공제감면 순서의 예외를 정한 '별도의 규정'으로 보기 어렵다는 이유로, 원고가 최저한세의 적용대상이 아닌 구 조세특례제한법 제121조의2 소정의 '외국인투자에 대한 법인세등의 감면'을 최저한세의 적용대상인 구 조세특례제한법 제26조 소정의 임시투자세액공제보다 먼저 적용한 것에는 잘못이 없다고 보아, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분이 위법하다고 판단하였다.

위에서 본 법령규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 조세특례제한법 제132조 제1항에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.