가. A 주식회사(이하 ‘A’이라 한다)는 2006. 7. 4.부터 충남 당진군 C에서 비철금속 제조업을 영위하던 중 2012. 1. 17. 대전지방법원 2011회합41호로 회생절차개시결정 및 대표이사 B에 대한 관리인 선임결정이 이루어져 2012. 1. 26. B이 관리인으로 등기되었다.

나. A은 2010년 제1, 2기 과세기간에 아래 표 기재 각 매입거래처(이하 일괄하여서는 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 폐동 등을 매입하면서 각 기재 매입내역에 해당하는 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아, 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

[단위 : 원] 순번 이 사건 각 거래처 2010년 제1기 매입내역 2010년 제2기 매입내역 1 D (E) 2,714,863,300 2 F 주식회사 3,503,310,500 3 G (H) 231,142,500 7,375,342,350 4 주식회사 I 6,304,905,650 5 J (K) 5,299,700,300 6 주식회사 L 1,026,722,600 1,476,479,000 7 M (N) 3,884,628,400 8 O (P) 3,783,984,950 9 주식회사 Q 1,417,089,800 10 주식회사 R 853,892,350 11 S (T) 630,017,950 12 주식회사 U 626,628,550 13 V (W) 600,241,350 14 주식회사 X 452,766,950 15 Y (Z) 211,057,000 합계 13,780,944,550 26,611,828,950

다. 예산세무서장은 2011. 12. 1. A에 대하여, 이 사건 각 거래처가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자[이른바 ‘자료상(資料商)’]에 해당하므로 A이 위 각 거래처로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서도 사실과 다른 내용의 세금계산서라는 이유를 들어 해당 매입세액 공제를 부인하고, 아래 표 기재와 같이 2010년 제1기분 부가가치세 2,660,284,400원, 2010년 제2기분 부가가치세 4,504,395,800원을 각 증액 경정하였고, 한편 피고는 2012. 12. 1. 원고에게 사실과 다른 세금계산서를 발급받은...