실시계획'이라 한다)을 승인・고시(건설교통부고시 제2006-578호)하였다.

○ 개발구역의 위치: 충남 태안군 태안읍・남면 천수만 B지구 일원

○ 지정 면적: 14,624,000㎡

○ 기업도시개발사업의 시행자: 현대건설주식회사

○ 계획인구: 15,000명(6,000가구)

○ 주요시설: 세계문화파크・골프장 등 관광레저시설, 상업・업무시설, 바이오농업단지 등 첨

단복합단지, 청소년문화・체육시설, 국제비지니스단지, 웰빙병원, 아카데미타

운, 주거용지, 공공편익시설, 유보지 등

2) 건설교통부장관은 2007. 9. 18. 태안기업도시 개발사업의 안정적 운영을 위해

경제적・법률적으로 절연된 법인으로 사업을 수행하라는 감사원의 지침에 따라 사업시

행자를 현대건설주식회사에서 원고로 변경(건설교통부고시 제2007-385호)하였다.

3) 원고는 2008. 10. 1. 태안기업도시 개발구역 토지(이 사건 제1, 2부동산을 포함

한다)의 소유권을 취득하였다.

4) 2014. 6. 1. 당시 태안기업도시의 면적은 14,643,669.2㎡이며 토지이용계획은 골

프장, 주거용지, 상업・업무시설, 첨단복합단지(340,964㎡, 2.3%), 청소년문화・체육시설,

테마파크, 국제비지니스단지, 웰빙병원, 아카데미타운, 공공편익시설 및 유보지로 구분

이 되고, 사업기간은 2020년(목표연도이며 부지조성은 2017년)까지이다.

5) 태안군수는 2015. 6. 1. 원고에게 원고 소유의 충남 태안군 태안읍 송암리 1521

외 2,463필지 10,302,124.64㎡ 중 647필지 3,608,421㎡(이 사건 제1 부동산에 대응하는

부분이다)를 종합합산과세대상으로, 152필지 675,725㎡(이 사건 제2 부동산에 대응하는

부분이다)는 별도합산과세대상으로, 433필지 866,917㎡는 분리과세대상으로 구분한 후,

2015. 9. 15. 원고에게 조세특례제한법 제121조의17 제1항 제2호 및 태안군 군세 감면

조례 제8조 제1항에 따라 100분의 50을 경감하여 2015년도분 재산세 등 822,843,660

원을 산정ㆍ부과하였다.

6) 원고는 2015. 12. 11. 태안군수의 위 재산세 부과처분 중 종합합산과세대상 부

분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 5. 31. 원고의

심판청구를 받아들여 '태안군수가 2015. 9. 15. 원고에게 한 재산세(토지분)

577,014,030원, 재산세(도시지역분) 130,426,830원, 지방교육세 115,402,800원 합계

822,843,660원의 부과처분은 충남 태안군 태안읍 송암리 1521 외 2,463필지

10,302,124.64㎡ 중 647필지 3,608,421㎡를 분리과세대상으로 하여 그 과세표준 및 세

액을 경정한다'는 결정을 하였다(조심 2016지107).

7) 태안군수는 2017. 6. 13. 원고에게 위 조세심판원 결정에 따라 종합합산과세대상토지에 대한 2015년분 및 2016년분 재산세 636,935,160원(환급가산금 13,627,620원 포함)을 경정・환급하였고, 피고도 종합합산과세대상 토지에 대한 2015년 및 2016년 귀속 종합부동산세 중 일부를 감액경정하였다.

8) 원고는 2018. 1. 19. 국민권익위원회에 태안군수의 2014년 귀속 재산세 부과처

분 중 이 사건 제1 부동산을 종합합산과세대상으로 본 부분을 분리과세대상으로 경정

하여 달라는 취지의 고충민원을 제기하였다. 국민권익위원회는 2019. 2. 12. 태안군수

에게, 원고에게 부과한 2014년 귀속 재산세에 대해 종래 종합합산과세대상으로 분류한

토지의 과세구분을 모두 분리과세대상으로 변경하여 그 과세표준 및 세액을 경정하라

는 취지의 시정권고를 의결하였다(태안군수의 2014년 귀속 재산세 과세처분과 관련하

여 국민권익위원회 시정권고안의 이행을 가정할 경우 재산세 종합합산과세대상은 없게

된다).

9) 태안군수는 2019. 3. 12. 국민권익위원회위원장에게 '위 시정권고 건은 지방세

기본법(법률 제12152호로 2014. 1. 1. 일부 개정되어 시행된 것) 제118조, 제119조에

따라 불복절차를 거쳐야 함에도 불구하고 그 청구 기간이 경과되어 과세처분이 확정되

었기에 권고안대로 과세구분을 변경하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것은 수용될

수 없음을 알려 드립니다'라는 내용의 시정권고 조치결과를 제출하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑4~7, 9, 10, 을2~4, 변론 전체의 취지

나. 판단

위 인정 사실과 앞서 든 증거를 통해 알 수 있는 다음의 사정을 종합하면 이 사건

제1 부동산은 구 지방세법 시행령(2014. 12. 30. 대통령령 제25910호로 개정되기 전의

것, 이하 같다)에 따라 분리과세대상으로 분류되어야 한다. 그럼에도 피고가 태안군수의 2014년도 재산세 부과처분에서 이 사건 제1 부동산이 합합산과세대상으로 분류되었다는 이유만으로 그에 따라 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

1) 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2015. 9. 1. 법률 제13509호로 개정되기 전의

것, 이하 '구 산업입지법'이라 한다) 제2조 제8호에 따르면 산업단지는 공장, 지식산업

관련 시설, 문화산업 관련 시설, 정보통신산업 관련 시설, 재활용산업 관련 시설, 자원

비축시설, 물류시설, 교육・연구시설과 이와 관련된 교육・연구・업무・지원・정보처리・유통

시설 및 이들 시설의 기능 향상을 위하여 주거・문화・환경・공원녹지・의료・관광・체육・복지 시설 등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정・개발되는 일단의 토지 지식산업 관련시설의 용지 등 산업시설용지와 산업시설용지의 기능향상을 위한 주거・문화・환경시설 등을 설치하기 위한 계획에 따라 개발되는 일단의 토지이다. 구 기업

도시개발 특별법(2015.6.22. 법률 제13372호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제14호는

호는 국토교통부장관이 기업도시개발 실시계획을 승인할 때 구 산업입지법에 따른사업

단지개발사업 시행자의 지정, 그 실시계획에 대한 승인 등에 관하여 관계행정기관의장

과 협의한 사항에 대하여는 해당 인・허가를 받은 것으로 본다고 규정하고 있다. 구 지

방세법 시행령 제102조 제5항 제18호에서 구 산업입지법 제16조에 따른 산업단지개발

사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 산업단지개발 실시계획의 승인을 받아 산업

단지 조성공사를 시행하고 있는 토지를 분리과세대상으로 규정하고 있다.

2) 태안기업도시의 토지이용계획은 골프장, 주거용지, 상업・업무시설, 첨단복합단

지, 청소년문화・체육시설, 테마파크, 국제비지니스단지, 웰빙병원, 아카데미타운, 공공편

익시설 및 유보지 등으로 수립되어 있고, 이에 속한 이 사건 제1부동산 역시 지식산업

용지뿐만 아니라 주거용지ㆍ상업용지ㆍ업무시설ㆍ첨단복합단지ㆍ청소년문화ㆍ체육시

설ㆍ국제비지니스단지 등으로 구분되므로 구 산업입지법 제2조 제8호에서 정의한 산업

단지에 해당한다고 볼 수 있다.

3) 이 사건 실시계획은 원고를 기업도시개발사업의 시행자로 하는 태안 관광레저

형 기업도시개발사업 실시계획으로서 건설교통부장관(현재 국토교통부장관)이 문화관

광부장관(현재 문화체육관광부장관)과 함께 관계행정기관의 장과 협의를 거쳐 승인하

였으므로, 원고를 산업단지개발사업의 시행자로 하는 산업단지개발 실시계획의 승인이

있었다고 볼 수 있다. 그렇다면 이 사건 제1 부동산은 산업단지개발사업의 시행자인

원고가 소유하고 있는 토지로서 기업도시개발 특별법에 따라 산업단지개발 실시계획의

승인을 받아 산업단지 조성공사를 시행하고 있는 토지이므로 구 지방세법 시행령 제

102조 제5항 제18호에 따라 분리과세대상에 해당한다.

4) 종합부동산세는 재산세의 부가세가 아니라 엄연한 독립세로서 그 부과 주체, 부

과요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세인 점 등을 고려하면, 비록 원고가 이 사

건 제1 부동산이 종합합산과세대상임을 전제로 이루어진 태안군수의 2014년분 재산세

부과처분에 대하여 아무런 불복을 하지 아니하였고, 피고가 이러한 과세자료를 근거로

이 사건 처분을 하였다 하더라도, 그러한 사정만으로 원고가 이 사건 처분의 효력을 다툴 수 없다거나 태안군수의 2014년분 재산세 부과처분이 이 사건 처분의 효력에 영향을 미친다고 볼 수는 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2007. 8. 6.부터 충남 태안군 태안읍 군청2길 17에서 부동산개발업 등을 영위하는 법인으로, 문화체육관광부장관, 국토교통부장관으로부터 기업도시개발 특별법에 따른 실시계획 승인을 받아 고시된 태안 관광레저형 기업도시(이하 '태안기업도시'라 한다)의 사업시행자이다.

나. 태안군수는 2014. 6. 1. 원고에게 원고 소유의 충남 태안군 남면 달산리 1401 등 574필지 중 3,626,176.4㎡(이하 '이 사건 제1 부동산'이라 한다)를 종합합산과세대상으로, 충남 태안군 태안읍 반곡리 1142-4 등 112필지 중 676,025.3㎡(이하 '이 사건 제2 부동산'이라 하고, 이 사건 제1 부동산과 합하여 '이 사건 각 부동산'이라 한다)를 별도 합산과세대상으로 하여 2014년도분 재산세를 부과하였다.다. 피고는 태안군수가 2014년도분 재산세를 부과한 자료를 근거로 2014. 11. 19. 원고에게 이 사건 각 부동산에 대한 2014년 귀속 종합부동산세 1,568,810,150원, 농어촌특별세 313,762,030원 합계 1,882,572,180원을 부과하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2015. 2. 13. 이의신청을 거쳐 2015. 6. 12. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2017. 6. 5. 심판청구를 기각하였고(조심 2015 전3311), 그 결정문은 2017. 6. 8. 원고에게 송달되었다. 마. 한편 피고는 2016. 3. 25. 대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결에 따라 종합부동산세에서 공제하여야 할 재산세액을 재계산하여 이 사건 각 부동산에 대한 종합부동산세 및 농어촌특별세 일부를 감액경정하였다. 위와 같이 경정되어 남은 세액 중 이 사건 제1부동산에 대한 종합부동산세는 1,472,626,446원이고, 농어촌특별세는 294,525,289원이다(이하 당초의 과세처분이 경정된 것 중 이 사건 제1부동산에 관한 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1~3, 13, 을1(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

피고는 태안군수가 이 사건 제1 부동산을 종합합산과세대상으로 분류한 것에 따라

원고에게 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과하였다. 따라서 이 사건의 핵심은 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정함에 있어 이 사건 제1 부동산이 종합합산과세대상인지 아니면 분리과세대상으로 보아야 하는지 여부이다(원고는 소장에서 이 사건 제2부동산을 별도합산과세대상으로 보아 과세처분을 한 것도 위법하다고 주장하였으나, 2019. 7. 4.자 청구취지 변경신청서에서 이 부분 주장을 철회하였다).

원고는 이 사건 제1 부동산에 대한 태안군수의 2015년 귀속 재산세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2017. 5. 31. 이 사건 제1 부동산이 분리과세대상임을 전제로 원고의 심판청구를 인용하였다. 위 조세심판원 결정의 취지에 따라 태안군수는 2015년 및 2016년 귀속 재산세 일부를 원고에게 환급하였고, 피고도 2015년과 2016년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 일부를 원고에게 환급하였다. 피고의 원고에 대한 2014년~2016년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과처분은 그 근거가 되는 법령 및 과세물건, 과세대상, 세율 등 과세요건, 그리고 관련 쟁점이 모두 동일하다. 2014년과 2015년을 달리 볼 합리적 이유도 없다. 이 사건 제1 부동산은 갑자기 2015년부터 분리과세대상으로 전환된 것이 아니고, 2014년부터 이미 분리과 세대상이었다. 피고가 이 사건 처분을 유지하는 이유는 2014년 귀속 재산세 부과처분이 취소되지 않았다는 형식적인 이유 때문이다.

결국 이 사건 처분은 동일한 토지에 대해 적용법령이 동일함에도 세법상 다른 취급을 한 것으로서 위법하다.

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 인정 사실

1) 건설교통부장관은 2006. 12. 27. 다음과 같이 태안기업도시 개발계획(이하 '이