가. 청구법인은 2003.3.20. 개업하여 OOO소재에서 전산프로그램을 개발하는 업체로서, 2011.3.23. 주식회사 OOO에 그룹웨어를 설치하기로 하면서 2011.6.30. 주식회사OOO(이하 OOO 이라 한다)을 공급받는 자로 하여 공급가액 OOO원의 전자세금계산서(이하 쟁점①세금계산서 라 한다)를 발행하고 동 세금계산서의 공급가액을 과세표준으로 하여 처분청에 2011년 1기분 부가가치세를 신고하였으며, 쟁점①세금계산서상의 공급가액 중 일부의 계약해지를 사유로 2011.11.21. 공급가액 OOO원의 수정전자세금계산서(이하 쟁점②세금계산서 라 한다)를 발행하고 처분청에 2011년 2기분 부가가치세를 신고하였다.

나.처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인 조사를 실시하고, 청구법인이 2011.6.30. OOO에 발행한 공급가액 OOO원의 쟁점①세금계산서는 대금수령이확인된 OOO원(공급가액)을 제외한 OOO원이재화나 용역의 공급없이 발행되었다 하여 쟁점①세금계산서 공급가액 OOO원 중 OOO원을 차감한 OOO원의 2%에 해당하는 세금계산서 가공발급 가산세 OOO원을 당초 청구법인이 신고한 2011년 1기분 부가가치세 환급세액에서 차감하고, 쟁점②세금계산서는 쟁점①세금계산서 금액의 계약이 일부 취소됨에 따라 발행한 부의 세금계산서이므로 그 시기를 쟁점①세금계산서 작성일인 2011.6.30.로 하여 발행하여야 함에도 임의일인 2011.11.21.을 작성일로 발행하였다 하여 쟁점②세금계산서 공급가액 OOO원의 2%에 해당하는 세금계산서 가공발급 가산세 OOO원과 초과환급신고가산세 OOO원을 적용하여 2012.4.13. 청구법인에게 2011년 2기분 부가가치세 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2011.6.30. OOO에 발급한 쟁점①세금계산서 OOO원(공급가액) 중 67,529,637원(공급가액)은 대금을 받은 사실이 없이 OOO의 부도로 계약이 취소되었고, 이와 같은 사실에 입각하여 청구법인은 계약이 취소된 금액에 해당하는 OOO원에 대한 부의 수정세금계산서인쟁점②세금계산서를 2011.11.21.을 작성일자로 하여 발행하였는데 처분청이 이와 같은 세금계산서 모두를 가공발급한 것으로 보아 공급가액의 100분의 2에 해당하는 가산세를 적용하여 과세함은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO에 교부한 쟁점①세금계산서 중대금수령이확인된 OOO원(공급가액)을 차감한OO,OOO,OOO원(공급가액)은 실거래없이 발행한 세금계산서로 확인되었고, 실거래없이 발행한 세금계산서에 대한 수정세금계산서를 당초 쟁점①세금계산서 작성일인 2011.6.30.로 기재하여 발행하여야 하나 2011.11.21.를 작성일자로 기재한 사실이 확인되므로, 쟁점①세금계산서 공급가액 중 OOO원 상당액과 쟁점②세금계산서에 대해 허위세금계산서를 교부한 것으로 보아 부가가치세법 제22조 제3항(가산세)규정에 의거 세금계산서 위장·가공발급 가산세(공급가액의 100분의 2)를 부과함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

처분청이 쟁점세금계산서에 대하여 적용한 가산세가 정당한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2011. 12. 31, 법률 제11129호로 개정되기 전의 것)

제22조 (가산세) ② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1(제2호의2에 해당하는 경우에는 1천분의5)에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.(단서생략)

1. 제16조에 따른 세금계산서의 발급시기를 경과하여 발급하거나 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 적힌 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 발급하지 아니한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서를 발급한 경우

3. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 제16조에 따른 세금계산서를 발급받은 경우

4. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급한 경우

5. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서를 발급받은 경우

(2) 부가가치세법시행령

제59조(수정세금계산서 발급사유 및 발급절차)① 법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.(2011.5.30. 대통령령 제22932호로 개정된 것)

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우 : 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 :계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

3. 계약의 해지 등에 따라공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우:증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 OOO에 그룹웨어를 설치하기로 하는 용역공급 계약을 하여 쟁점①세금계산서를 발행하고 2011년 1기분 부가가치세를 신고하였으나, OOO의 부도로 인하여 쟁점①세금계산서의 공급가액 중 OOO원 상당의 용역공급만 이루어진 사실과 나머지 용역계약이 해지된 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(2)이에 청구법인은 쟁점①세금계산서의 공급가액 중 계약이행분에 해당하는 금액을 제외한 나머지 금액 해당분에 대해 부의 수정전자세금계산서를 작성하고 처분청에 2011년 2기분 부가가치세를 신고하였다.

(3)처분청은 쟁점①세금계산서의 공급가액 중 계약이행분을 제외한 나머지 공급가액 상당액(OO,OOO,OOO원)에 대해 세금계산서 가공발급 가산세(공급가액의 100분의 2)를 적용하여 2011년 1기 부가가치세를 경정하고, 쟁점②세금계산서의 공급가액 OOO원의 100분의 2에 해당하는 세금계산서 가공발급 가산세 OOO원과 공급가액의 100분의 1에 해당하는 초과환급신고가산세 OOO원을 적용하여 2011년 2기분 부가가치세를 경정하였다.

(4)사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 2011년 1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인이 발행한 쟁점①세금계산서의 공급가액 OOO원 중 대금지급 및 실물거래가 없는 OOO원에 대하여는 사실관계에 기초하여 가공세금계산서 발급으로 보아 세금계산서 가공발급 가산세를 적용한다고 하더라도, 청구법인이 2011.11.21.자로 발행한 부의 세금계산서는 계약해지 등으로 인하여 공급가액의 감소를 수정하기 위한 것이므로 수정세금계산서 발급사유에 해당되고 따라서 쟁점②세금계산서를 가공세금계산서로 보기는 어렵다고 하겠다. 그러나, 이 건 관련법령인 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제3호에서 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에 수정세금계산서는 증감사유가 발생한 날(2011.7.23. OOO이 영업정지되었으므로 적어도 그 이전에 계약이 해지된 날을 말한다)을 작성일자로 적는 것으로 규정하고 있음에도 청구법인이 작성한 쟁점②세금계산서의 작성일자는 계약해지일이 아닌 2011.11.21.자를 임의로 기재한 것으로 보이므로 세금계산서의 필요적 기재사항을 잘못 적은 것으로서 관련법령의 규정에 따라 세금계산서 기재불성실 가산세(공급가액의 100분의 1)를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다. 또한, 이에 기초할 때 쟁점②세금계산서 공급가액의 100분의 1에 상당하는 초과환급신고 가산세를 적용한 처분도 잘못된 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.