가. 원고 A은 주식회사 D(이후 상호가 E 주식회사, F 주식회사로 차례로 변경되었다. 이하 ‘D’라 한다)의 대표이사로서 D의 총 발행주식 10,000주 중 5,000주, 원고 B, C는 그 중 각 2,500주씩을 보유하고 있었다.

나. 원고들은 2010. 4. 21. G 주식회사(이하 ‘G’라 한다)에게 원고 A의 D 주식 4,000주, 원고 B, C의 각 D 주식 2,500주 합계 9,000주를 21억 6,000만 원에 매도하였고, 원고 A은 2011. 3. 30. G에게 나머지 주식 1,000주를 2억 4,000만 원에 매도하였는데(이하 위 주식들을 합하여 ‘이 사건 주식’이라 한다), 원고들은 이를 중소기업의 주식양도로 보아 원고 A은 114,330,000원(=2010년 귀속 91,700,000원 2011년 귀속 22,630,000원), 원고 B는 57,200,000원, 원고 C는 57,200,000원의 양도소득세를 신고납부하였다.

다. 피고는 D의 2010. 4. 20. 현재 장부상 단기차입금 5억 원(이하 ‘이 사건 단기차입금’이라 한다)을 원고 A에 대한 가수금으로 보고, 가지급금 1억 3,450만 원(이하 ‘이 사건 가지급금’이라 한다) 역시 원고 A에 대한 것으로 보아 이들을 상계하면 D가 당해 법인의 자산총액 중 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인(이하 ‘부동산 과다보유법인’이라 한다)에 해당하므로 이 사건 주식을 부동산 과다보유법인의 주주가 그 법인의 주식 합계액의 100분의 50 이상을 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식(이하 ‘기타자산’이라 한다)으로 보아 2012. 12. 3. 원고 A에게 2010년 귀속 양도소득세 271,388,530원, 2011년 귀속 양도소득세 48,576,380원, 원고 B에게 2010년 귀속 양도소득세 162,187,410원, 원고 C에게 2010년 귀속 양도소득세 162,187,410원으로 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분'이라 한다). ...

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