가. 청구법인은 (주)OOOOO과 일괄도급계약(아파트 건축, 광고홍보, 견본주택건립 및 운영 등)을 체결하고 OOOOO OOO OOOO OO OOOOO를 분양한 사업자로 공사와 관련된 모든 용역은 (주)OOOOO로부터 제공받았으며, 2003년 제2기 과세기간 중 (주)OOOOO로부터 제공받은 용역에 대해 과세(62%) 및 면세(38%)의 예정사용면적 비율로 안분하여 세금계산서 및 계산서를 수취하고 세금계산서 수취분에 대하여 전액 매입세액공제하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였다.

한편, 청구법인이 (주)OOOOO로부터 제공받은 용역 중에는 분양경비 3,077,315,400원(분양대행수수료 공급가액 1,100,000,000원, 광고홍보비 공급가액 1,977,315,400원, 이하 “쟁점경비”라 한다)이 포함되어 있는 바, (주)OOOOO은 쟁점경비에 대해서도 위 과세분 및 면세분 비율로 안분하여 세금계산서 공급가액 1,907,935,548원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 및 계산서 1,169,379,852원을 교부하였고 청구법인은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 전부를 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점경비 전체 거래를 부가가치세 과세대상으로 보고 청구법인이 쟁점경비 전체에 대해 세금계산서를 수취하여야 하나 예정사용면적 비율로 안분한 쟁점세금계산서 및 계산서를 수취하였다 하여 계산서 수취분에 대하여는 청구법인의 신고내용대로 인정하고 세금계산서 수취분의 매입세액 190,793,554원을 공통매입세액으로 보아 총공급가액 중 면세분 비율(59.1%)에 상당하는 매입세액을 불공제하여 2006.10.12. 청구법인에게 2003년 제2기 부가가치세 157,152,980원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 2006.12.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인과 (주)OOOOO은 아파트공사관련 일괄도급계약을 체결하였고, 동 계약의 주요내용은 토지매입비와 개발로 인한 사업수익을 보장하며 사업승인과 관련된 사항을 제외한 모든 공사(분양, 공사, 준공)를 수급인인 (주)OOOOO이 실시하는 것으로 약정하였는 바,

(주)OOOOO은 토지매입과 분양승인과 관련된 모든 공사 용역에 대해 실지귀속에 따라 과세분과 면세분으로 구분하여 세금계산서 및 계산서를 발행·교부하였고, 청구법인은 그에 따라 부가가치세를 신고한 것으로 청구법인의 입장에서 볼 때 (주)OOOOO이 집행한 쟁점경비의 실제 집행내역을 알 수 없으며, (주)OOOOO도 총공사예정비용 116,688,274천원 중 쟁점경비는 3,077,315천원인 2.6%에 불과하고 청구법인의 전체 면세분 공급가액 및 과세분 공급가액을 확인하기 어려운 실정이다. 따라서 (주)OOOOO이 공사진행에 따라 과세분 및 면세분으로 구분하여 발행·교부한 세금계산서 또는 계산서의 내용대로 과세함이 타당하다.

설령, 공통매입세액으로 안분하여 과세한다면 쟁점세금계산서 수취분이 아닌 계산서를 포함한 쟁점경비 전체 금액에 대해 과세 및 면세 비율을 적용하여 안분하여 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 세법에 의거 실지 귀속에 따라 신고하였으므로 쟁점경비에 대해 공통매입세액 안분대상에서 제외할 것을 주장하나, 쟁점경비는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 규정하는 국민주택건설 용역에 해당하지 아니하는 과세대상이므로 청구법인이 부가가치세를 부담하고 전액 세금계산서를 수취하여야 하나, 예정사용면적 비율에 따라 세금계산서 및 계산서로 나누어 수취하고 쟁점세금계산서에 대해서만 부가가치세를 부담한 후 동 세금계산서 부분에 대해 전액 매입세액 신고한 것은 제공받은 용역의 실지 귀속에 따라 신고한 것이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

또한, 쟁점경비관련 거래는 전액 과세대상에 해당되므로 청구법인이 부가가치세를 부담하지 아니하고 수취한 계산서는 공통매입세액으로 안분할 대상이 아니다. 따라서, 쟁점세금계산서의 매입세액을 공통매입세액으로 하여 총공급가액 중 면세공급비율 59.1%에 해당하는 112,711,027원(매입세액)을 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점경비관련 전체 거래를 부가가치세 과세대상 거래로 보아 과세한 처분이 정당한지 여부 및 공통매입세액의 안분 계산이 적정한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조【경 정】① 사업장 관할세무서장 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3) 부가가치세법시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ 〔총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 / 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액) - 기공제세액〕

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우

가산 또는 공제되는 세액 ＝ 〔총 공통매입세액 × (1 - 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 / 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적) - 기공제세액〕

(4) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 제4호의 2 제4호의 4 및 제9호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.

4. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역

(5) 조세특례제한법시행령 제106조【부가가치세 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역" 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제51조의 2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 다음의 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인과 (주)OOOOO간에 체결한 2003.9.2.자 공사도급계약서(변경)에 의하면, OOOOO OOO OOO 소재 아파트 신축공사와 관련하여 도급범위가 공사(토목, 건축, 전기, 설비공사), 설계, 견본주택건립 및 운영으로 약정되어 있고, 계약금액 116,688백만원(부가가치세 별도)과 계약면적 총148,427.45㎡ 및 공사기간 34개월로 약정되어 있다.

(나) 청구법인은 위 약정에 따라 2003년 제2기 과세기간 중 시공사인 (주)OOOOO로부터 건물신축, 광고홍보, 분양대행 등의 용역을 제공받고, 분양대행수수료 공급가액 1,100,000천원 및 광고홍보비 공급가액 1,977,315천원, 계 3,077,315천원에 상당하는 쟁점경비에 대해 아파트 공사면적 기준으로 안분한 과세분 62% 1,907,935천원 상당의 쟁점세금계산서와 면세분 38% 1,169379천원 상당의 계산서를 수취한 후, 쟁점세금계산서에 대해 전액 매입세액공제하여 당해 과세기간 부가가치세를 신고하였다.

(다) 이에 대하여 처분청은 쟁점경비관련 거래 전체를 부가가치세 과세대상으로 보고 쟁점경비 중 계산서를 수취한 것에 대하여는 잘못된 증빙자료를 받았다 하여 매입세액공제대상에서 제외하였으며, 정상적으로 받은 쟁점세금계산서의 매입세액(190,793천원)에 대해서만 공통매입세액 안분대상으로 보아 총공급가액(36,410백만원) 중 면세공급가액(21,509백만원)의 비율인 59.1%을 곱하여 계산한 매입세액(112,711천원)을 불공제하였는 바, 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 59.1%라는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 먼저, 쟁점경비관련 거래 전체를 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 처분이 정당한지를 본다.

(가) 청구법인은 위 2003.9.2.자 공사도급계약서 등을 증빙으로 제시하면서, (주)OOOOO과 청구법인은 위와 같이 공사도급계약을 체결하였고, 동 공사도급계약에 의거 공사비 집행 내용대로 (주)OOOOO이 과세분과 면세분으로 안분하여 쟁점세금계산서 및 계산서를 발행·교부하였으며 청구법인도 이에 따라 부가가치세를 신고하였기 때문에 쟁점경비관련 매입세액은 과세·면세에 공통으로 사용하여 구분할 수 없는 매입세액이 아니므로 청구법인이 신고한 내용을 그대로 인정할 것을 주장한다.

(나) 그러나, 이 건과 같이 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산하는 것이고, 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항의 규정에 의한 국민주택건설용역을 공급하는 사업자가 주택공급업자와의 계약에 의하여 국민주택건설용역과 함께 동 주택의 분양대행용역을 제공하는 경우, 당해 분양대행용역에 대하여는 부가가치세가 면제되지 아니하는 것인 바,

쟁점경비는 분양대행수수료 및 광고홍보비로 지출된 비용이므로 위의 규정 등에 따라 부가가치세 과세대상 거래에 해당됨을 알 수 있고, 그럴 경우 쟁점경비 전체에 대해 세금계산서를 수취한 후 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 규정에 의해 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 계산한 매입세액은 당해 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 없는 매입세액임을 알 수 있다. 따라서, 쟁점경비에 대해 국민주택규모 이하 및 초과분의 예정사용면적 비율로 쟁점세금계산서 및 계산서를 받은 후 그 내용대로 과세하여야 한다는 청구법인의 주장은 타당하다고 볼 수 없으므로 쟁점경비관련 거래 전체를 부가가치세 과세대상으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음, 쟁점세금계산서의 매입세액에 대해서만 공통매입세액으로 안분하여 과세한 처분이 정당한지를 본다.

(가) 처분청은 쟁점경비 전체에 대해 부가가치세를 부담하고 매입세금계산서를 수취하여야 하나 쟁점세금계산서만 수취하였으므로 쟁점세금계산서에 대해서만 공통매입세액을 안분하여 면세분에 해당하는 부분을 매입세액불공제하여야 한다는 의견이고, 청구법인은 전체거래로 볼 경우 쟁점경비 중 1,258백만원에 상당하는 매입세액 125,862천원 상당을 공제(과세분)받아야 하나, 청구법인이 1,907백만원에 해당하는 매입세액 190,793천원을 공제받았으므로 그 차액인 649백만원에 상당하는 매입세액 64,931천원만을 추가로 납부하여야 한다고 주장하는 바, 처분청과 청구인이 주장하는 공통매입세액 안분계산 내역을 요약하면 아래 <표>와 같다.

OOOOO O OOOOO OO OOO O OOO OO OOOOOO

(나) 그러나, 쟁점경비관련 거래 전체가 부가가치세 과세대상이므로 정상적으로 받은 쟁점세금계산서의 경우 공통매입세액 안분대상으로 보여지나 세금계산서를 받지 아니한 부분(계산서 수취분)은 매입세액을 부담하지 아니하여 공통매입세액 안분대상으로 보기 어려우므로, 쟁점세금계산서의 매입세액에 대해 과세공급비율에 해당하는 매입세액을 공제하고 면세공급비율(59.1%)에 해당하는 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

또한, 청구법인이 쟁점경비 전체에 대해 매입세액 307,731천원을 부담하고 그 중 과세공급비율에 해당하는 125,862천원(40.9%)을 매입세액공제 받아야 하나, 청구법인의 주장대로 하면 125,862천원을 부담하고(이 건의 경우 잘못 계산하여 190,793천원) 125,862천원을 공제받게 되어 정상적으로 매입세금계산서를 받을 때보다 오히려 유리해지는 문제가 있으므로 청구법인의 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.