나. 구 조세감면규제법 (1981.12.31 법률 제3481호로 전면 개정되기 전의 것) 제4조의8 제1항 제2호 의 규정취지

나. 구 조세감면규제법 (1981.12.31 법률 제3481호로 전면개정되기 전의 것) 제4조의 8 제1항 제2호 의 규정은 내국법인으로서 중요산업을 영위하는 자에 대하여 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 8 또는 100분의 10에 해당하는 금액을 법인세에서 공제하여 주도록 하고 있어 이 제도는 조세의 혜택조항이라 할 것이므로 이 규정의 요건에 해당되었을 때는 반드시 적용되어야 한다.

원심이 확정한 사실은 다음과 같다.

즉, 원고는 광산업을 영위하고 있는 내국법인으로서 1980.1.1~12.31, 1981.1.1~12.31 사업년도의 법인세자진신고를 함에 있어 국고보조금으로 취득한 자산가액 1980년도분 296,478,000원, 1981년도분 576,405,400원 전액을 당시 시행되던 구 조세감면규제법 제4조의8 제1항 제2호 의 중요산업에 대한 조세특례규정중 세액공제대상이 되는 투자금액으로 보아 1980년도분 59,001,070원, 1981년도분 96,165,790원을 투자공제세액으로 계상하였던 바, 피고는 위 국고보조금으로 취득한 자산가액중 당시 시행되던 법인세법 제14조의 4, 동법시행령 제23조의 2 소정의 국고보조금으로 취득한 고정자산의 손금산입규정에 의하여 일시상각하여 손금산입된 100분의 90에 해당하는 자산가액은 동일한 자산에 대하여 조세특례가 중복되는 결과가 되어 부당하다는 이유를 들어 투자공제세액을 배제하고 위 세액중 1980년도 18,127,025원, 1981년도 50,952,672원을 각 감액하여 추가로 청구취지기재와 같은 법인세부과처분을 했다는 것이다.

위와 같이 확정한 사실을 기초로 하여 원심은 판시하기를 위 사업년도 당시에 관계세법에 중복지원을 배제하는 명문규정이 없으나 감가상각은 당해 사업년도의 비용으로 그만큼 이익금이 줄어들게 되는데 이와 같이 일시상각제도의 지원을 받는 자산에 다시 구 조세감면규제법의 위 조항에 의하여 세액공제를 인정한다면 이미 손금으로 산입된 동일한 투자자산에 대하여 2중으로 조세특혜를 주는 결과가 되고 과세형평에도 어긋나 허용될 수 없다고 해석함이 상당하므로 피고가 손금산입된 부분에 대하여 투자세액공제를 배제하고 한 이 사건 부과처분은 아무런 잘못이 없다 할 것이라고 하였다.

그러나 1980년과 1981년 과세년도에 효력이 있었던 법인세법 제14조의4 , 같은법시행령 제23조의 2 에 규정된 국고보조금의 일시상각제도는 원래 국고보조금은 세법상 자본의 납입에 의하여 생기는 순자산의 증가가 아니기 때문에 각과세년도의 소득금액계산상 이를 익금에 산입해야겠지만 이렇게 고정자산의 자본적 지출에 사용하기 위한 국고보조금에 과세하게 되면 국고보조금의 본래목적에 비추어 볼때 당해 자산의 취득이나 보조금의 효과를 감쇄시키게 되는 것이므로 국고보조금으로 감가상각의 대상이 되는 고정자산을 취득하거나 개량한 경우에는 당해 과세년도에 그 전액의 90/100을 일시상각 충당금으로 설정계상하여 이를 손금에 산입시켜서 그 범위안에서 국고보조금으로 취득한 고정자산의 감가상각비를 상계시킴으로써 결국 당해 자산취득 또는 개량의 회계처리에 있어서는 다음 사업년도 이후 내용 년수에 걸쳐 점차로 익금산입으로 계상하게 되어 그 결과 법인세는 내용년수에 걸쳐 초년도에 면제된 법인세액을 연납하게 되는 것이다.

이와 같이 법인세법 제14조의4 , 동법시행령 제23조의2 의 규정은 내국법인의 국고보조금에 의한 고정자산취득이나 개량에 대한 법인세의 이연납부를 결과하는 조문들인 것이지 당해 법인세의 감면특혜에 관한 조항이 아닌 반면 원심이 들고 있는 구 조세감면규제법 제4조의8 제1항 제2호의 규정은 내국법인으로서 중요산업을 영위하는 자에 대하여 대통령령이 정하는 투자를 한 금액의 100분의 8 또는 100분의 10에 상당하는 금액을 법인세에서 공제하여 주도록하고 있으므로 분명히 이 제도는 조세의 혜택조항이라 할 것이고 따라서 이 규정의 요건에 해당되었을 때에는 반드시 적용되어 마땅한 것이라 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심이 법인세법 제14조의4 , 같은법시행령 제23조의2 의 규정을 조세특혜에 관한 조항으로 오해하고 법령의 근거도 없이 같은 조항들과 위에서 본 구 조세감면규제법의 중복적용을 배제한 것은 위법이라 할 것이고 이는 판결에 영향을 미쳤다 할 것이므로 이 점에 관한 논지는 이유있다.

이리하여 원판결을 파기하고, 사건을 원심법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.