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과세사업과 면세사업에 공통으로 발생한 공통매입세액의 안분계산방법(경정)

조세심판원 조세심판 | 조심2008전0033 | 부가 | 2008-10-16

[청구번호]

[청구번호]조심 2008전0033 (2008. 10. 16.)

[세목]

[세목]부가[결정유형]취소

[결정요지]

[결정요지]도축장의 과세 및 면세사업 공통으로 발생한 공통매입세액은 도축공정 및 가공공정에 대하여 각 공정별 도축 두수에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산하는 것이 타당함

[관련법령]

[관련법령] 부가가치세법 제17조【납부세액】 / 부가가치세법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

[참조결정]

[참조결정]국심2006전1996/국심1999구0440

[따른결정]

[따른결정]조심2009서1719 / 조심2013광4392 / 조심2017광1186 / 조심2017광0643 / 조심2017광3851

[주 문]

OOO세무서장이 2007.9.14. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 생우·생돈의 도축·가공 및 육류판매업 등의 부가가치세 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축·가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업을 겸영하는 사업자이고, OOO 소재 청구법인의 중부공장(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 2004년 제1기 ~ 2005년 제1기 부가가치세 과세기간 동안에 발생한 공통매입세액을 과세 및 면세공급가액을 기준으로 안분계산하여 부가가치세 합계 92,490,191원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 당초 신고한 공통매입세액 안분계산 방식은 타당하지 아니하므로 도축공정은 도축 두수에 의하여, 가공공정(도축된 생우, 생돈을 판매가 가능하도록 발골, 정선, 분류, 포장 등을 거쳐 부분육으로 가공하는 공정임)은 그에 투입되는 중량에 의하여 공통매입세액을 안분하는 것이 합리적이라 하여 2006.6.20. 처분청에 기납부한 세액 92,490,191원 중 86,871,895원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 2007.9.14. 경정청구를 거부처분하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2007.12.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점사업장의 공통매입세액을 과세 및 면세공급가액을 기준으로 안분하는 경우 타인 소유의 소와 돼지를 도축·가공하여 주는 대가인 수수료만 과세분 공급가액에 반영되는 반면, 면세분 공급가액에는 청구법인이 매입한 생우, 생돈의 구입가격, 도축·가공원가, 관련 이윤까지 포함되므로 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분하는 것은 타당하지 아니하다. 따라서, 도축공정은 과세분과 면세분의 실제 도축 두수에 의하여, 가공공정은 그에 투입되는 중량(㎏)에 근거하여 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 면세매출(자가도축)과 과세매출(도축수수료 등)의 도축·가공공정이 동일하다고 주장하나, 과세매출의 경우 제조비용에도 미치지 못하는 도축수수료를 받고 있고, 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 명시된 대로 공통매입세액은 과세 또는 면세공급가액에 따라 안분계산하여야 하므로 청구법인의 주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점사업장 공통매입세액을 안분계산시 과세 및 면세공급가액의 비율(처분청)과 도축 두수 및 투입 중량의 비율(청구주장)중 어느 것을 적용하는 것이 타당한지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (각호 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. ~ 3의2. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (이하 생략)

(2) 부가가치세법 시행령

제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. (단서 생략)

면세사업에 면세공급가액

관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ───────

총공급가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 도축공정은 과세분과 면세분의 실제 도축 두수에 의하여, 가공공정은 그에 투입되는 중량(㎏)에 근거하여 공통매입세액을 안분계산하는 것이 타당하다는 주장인 반면, 처분청은 부가가치세법 시행령 제61조 제1항의 규정에 따라 과세분과 면세분 공급가액의 비율에 의하여 안분계산하여야 한다는 의견이다.

(2) 각 부가가치세 과세기간별 청구법인의 신고 및 경정청구 내역을 요약하면 다음 <표1>과 같다.

OOO

(3) 청구법인인의 사업내용 및 쟁점사업장내의 생산공정 등의 개괄적인 내용은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 생우·생돈의 도축·가공 및 육류판매업 등의 부가가치세 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축·가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업을 겸영하는 사업자이고, 쟁점사업장에서 도축 및 가공공정을 운영하고 있으며, 생우·생돈을 도축·가공하여 육류로 판매하는 면세공급의 경우에는 생우·생돈의 매입가액(생우 약 4,570천원, 생돈 255천원), 제조원가, 이윤이 포함되어 공급가액이 산출되므로 1두당 공급가액은 생우는 약 4,800천원, 생돈은 약 295천원인 것으로 나타나고, 이에 반하여 과세사업인 타인의 위탁에 의하여 도축·가공서비스를 제공하고 도축수수료를 받는 경우에는 그 공급가액이 1두당 생우 약 170천원, 생돈 약 24천원인 것으로 나타나, 과세분과 면세분의 공급가액은 생우·생돈의 매입가액의 포함여부에 따라 큰 차이를 보이고 있음을 알 수 있다.

(나) 쟁점사업장의 생산공정은 크게 도축과 가공으로 구분되고, 각 공정에서의 작업내용은 다음 <표2>와 같으며, 부가가치세가 면제되는 자가도축분과 과세분인 수탁도축분에 관계없이 동일한 공정을 거치게 되며, 그 소요시간도 차이가 없다는 사실이 처리 공정도, 공정별 제조원가 명세서 등에 의하여 확인된다.

OOO

(다) 쟁점사업장의 공통매입세액은 각 공정별로 공통사용분 전기요금, 부품구입비, 시설용역비, 오물처리비 등으로 구성되며, 청구법인은다음 <표3>와 같이 매입세액을 공제분, 불공제분, 공통분으로 구분·집계하고 있으며, 그 중 공통분을 안분계산하여 부가가치세를 신고한 것으로 심리자료에 나타난다.

OOO

(4) 처분청이 제출한 이 건 관련 경정청구검토서(2007년 9월)에 의하면, 청구법인 쟁점사업장에서는 도축과 관련하여 매월 도축세(지방세)를 납부하고 있으며, 쟁점사업장에서 도축된 물량은 OOO 및 축산물등급판정사 직원이 입회한 가운데 컴퓨터의 통제를 받아 도축 두수 및 생산물량이 자동계량기에서 확인되어 청구법인 쟁점사업장의 컴퓨터 서버에 기록되고 있는 등 도축 두수를 엄격하게 관리하고 있는 것으로 나타나므로, 청구법인이 제시한 쟁점사업장에서 처리한 생우·생돈의 도축 두수는 신빙성이 있는 것으로 보인다.

(5) 살피건대, 청구법인과 같이 생우·생돈의 도축·가공 및 육류판매업 등의 부가가치세 면세사업과 타인의 위탁을 받아 도축·가공서비스를 제공하는 부가가치세 과세사업을 겸영하는 사업자로서, 과세사업인도축·가공서비스와 면세사업인 자가도축이 모두 같은 공정에서 이루어지고, 그 도축이나 가공에 있어 단위당 소요시간에 차이가 없는 경우에도 공급가액을 기준으로 하여 공통매입세액을 안분하는 경우에는,

공급가액 중 면세사업분은 청구법인이 생우·생돈을 매입하여 도축·가공한 다음 판매한 가액인 반면, 과세사업분은 타인의 소와 돼지를 도축한데 대한 수수료이어서, 면세사업분의 공급가액에는 소와 돼지의 매입가액이 포함되나, 과세사업분의 공급가액에는 포함되지 아니하기 때문에 이들 공급가액은 그 성격이 상이하여 이 공급가액 비율에 의하여 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 안분함은 불합리하다고 할 것이므로, 공통매입한 재화나 용역이 과세·면세사업에 기여한 정도는 각 공정별 도축 두수에 비례하여 실지 귀속한다고 보는 것이 합리적인 안분계산이라고 할 것이다OOO.

한편, 청구법인은 도축공정에 대하여는 도축 두수를 적용하되, 가공공정은 보다 정확한 공통매입세액의 안분계산을 위하여 당해 공정에 투입되는 생우·생돈의 중량(㎏)에 의하여야 한다고 주장하나, 가공공정에 투입되는 생우·생돈의 개별적인 특성에 따른 편차에 의하여 중량의 차이가 발생하는 것에 불과한 것으로 보이고, 또한 이 같은 차이는 공정에 투입되는 도축 두수가 많아지면 서로 상쇄되는 것이므로 이 부분에 대하여 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다하겠다.

따라서, 쟁점사업장에서 과세 및 면세사업 공통으로 발생한 공통매입세액은 도축공정 및 가공공정에 대하여 각 공정별 도축 두수에 의하여 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산하는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.