2. 피고가 2010. 1. 4. 원고에게 한 2002년 귀속 종합소득세 343,261,850원 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 주식회사 골든브릿지개발(종전 명칭은 일성화학공업 주식회사이었다가 2002. 9. 26. 현재 명칭으로 변경되었다. 이하 '이 사건 회사'라고 한다)은 서울 강서구 등촌동 (지번 생략) 대 3,381㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)에 오피스텔을 신축하여 판매하는 사업을 하였다.

나. 양천세무서장은 이 사건 회사에 대한 세무조사에서 이 사건 회사가 2002 사업연도 대차대조표상 이 사건 토지 가액을 342,559,434원에서 7,994,815,730원으로 평가증액한 것으로 보아 이와 같이 평가증액된 금액을 익금에 산입하고 그 금액 중 자사주식 매입에 지출된 사실이 확인되는 6,057,543,331원을 기타 사외유출로 처분하고 나머지 귀속자가 불분명한 1,594,712,965원을 이 사건 회사 공동대표이사이던 원고와 소외인에게 상여처분하고 원고에 대하여 797,356,483원, 소외인에 대하여 797,356,482원을 소득금액 변동통지하였으며, 이에 따라 강서세무서장은 2008. 2. 4. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 331,196,140원을, 영등포세무서장은 2007. 9. 10. 소외인에게 2002년 귀속 종합소득세 331,947,320원을 부과하였다.

다. 소외인이 전항 기재 부과 처분에 불복하여 심판청구를 제기한 결과 2008. 12. 31. 조세심판원은 소외인이 이 사건 회사의 실질적인 대표이사가 아니었다는 이유로 소외인에 대해 부과된 종합소득세 331,947,320원을 취소하는 결정을 하였으며, 이에 따라 영등포세무서장은 당초 소외인에 대한 인정상여금액을 원고에게 상여처분하고 피고는 2010. 1. 4. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 343,261,850원을 추가로 경정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 11. 30. 청구를 기각하였다.

【인정 근거 : 갑 제1, 2호증(가지번호 포함)의 기재, 변론 전체의 취지】

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

1) 이 사건 처분은 5년의 부과 제척기간을 넘긴 후에 한 것이므로 위법하다.

2) 피고가 사외유출로 보거나 귀속처가 불분명한 것으로 본 부분이 사외유출 되었다거나 귀속처가 불분명하다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령과 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법(2005. 12. 29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 에 따르면, 국세는 같은 항 각 호에서 규정하는 부과 제척기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없고, 부과 제척기간에 관하여 그 제1호 는 ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’, 제2호 는 ‘납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간’, 제3호 는 ‘ 제1호 및 제2호 에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하고 있다. 한편 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 제1항 에 따르면, 종합소득세에 대한 신고기한은 그 과세기간의 다음 연도 5. 31.까지이다.

따라서 특별한 사정이 없으면 원고에 대한 2002년 귀속 종합소득세 부과 제척기간은 5년이고, 그 부과 제척기간은 2003. 6. 1.부터 진행한다. 이 사건 처분은 원고에 대한 2002년 귀속 종합소득세 부과처분으로서 증액경정처분 중 증액 부분에 해당하는데, 부과 제척기간 기산일인 2003. 6. 1.로부터 5년이 지난 후인 2010. 1. 4.에 한 것이므로 무효이다( 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두9971 판결 등 참조).

2) 이에 대하여 피고는, 원고가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였으므로 7년의 부과 제척기간이 적용된다고 주장한다.

구 소득세법 제70조 제1항 , 제73조 제1항 은 근로소득만 있는 자가 연말정산을 통하여 소득세를 납부한 경우에는 과세표준 확정신고 의무를 면제하고 있는데, 그 취지는 근로소득만 있는 거주자는 정부가 원천징수의무자로 하여금 해당 근로소득세를 원천징수하여 이를 납부하게 한 후 연말정산을 하는 방법으로 그 세액을 확정·징수하고 있어 당해 소득의 귀속자가 별도로 신고하여야 할 실질적인 필요가 없으므로 이 같은 경우에는 종합소득과세표준 확정신고절차를 면제하여 줌으로써 납세의무자의 편의를 도모하려는 데에 있다. 따라서 원천징수의무자가 소득세법 등 관계 법령에 정한 절차에 따라 당해 근로자의 근로소득세를 원천징수하고 나아가 연말정산까지 마쳐 소득세가 납부되었다면 이는 적어도 절차적으로는 당해 근로자가 종합소득과세표준 확정신고절차를 이행한 것과 같은 효과가 있다고 보는 것이 옳다. 이 사건에서 원고는 2002년 귀속 근로소득에 대한 원천징수 및 연말정산을 거쳐 근로소득세 891,719원을 이미 납부하였고(을 제2호증의 2), 이 사건 처분 대상 소득 또한 종합소득 중에서도 인정상여 처분에 따른 근로소득에 해당하므로, 근로소득 원천징수 및 연말정산 과정에서 이 사건 처분 대상 소득이 포함되어 있지 않다고 하더라도 이는 근로소득을 과소신고한 경우로 볼 것이지 부과 제척기간을 7년으로 보는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에서 정한 ‘납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 결국 이 사건 처분은 부과 제척기간을 넘긴 것으로서 무효이다. 이 사건 처분은 무효이므로 원고가 한 나머지 주장은 판단하지 않는다.

3. 결론

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.

[별지 관계 법령 생략]