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기각
이 건 처분은 과세근거가 없어 위법․부당한 처분이라는 청구주장의 당부 등

조세심판원 조세심판 | 조심2019중1506 | 법인 | 2020-02-06

[청구번호]

조심 2019중1506 (2020.02.06)

[세 목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

이 건 처분 중 20**년 제*기 부가가치세 및 20**사업연도 법인세의 부과처분에 대한 심판청구는 적법한 이의신청 절차를 거치지 아니한 부적법한 심판청구로 판단됨.한편, 그 외 부과처분에 대한 심판청구의 경우, 청구법인의 대표이사는 사후에 임의작성한 것으로 확인된 거래사실확인서 등 이외에 실물거래사실을 객관적으로 증명할 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 처분청 조사내용에 의하면 쟁점거래처들은 고액의 세금을 체납하고 있고, 대부분의 대표자들은 과거 쟁점거래처의 업종과 관련없는 분야에서 종사하였던 것으로 조사되어 청구법인이 쟁점거래처와 정상적인 거래를 한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 제시한 네비게이션/블랙박스 매입․매출내역 등 자료는 소프트웨어 개발용역 거래와는 관련없는 것으로 쟁점가공거래에 대응하는 수입금액을 객관적으로 산정하기는 어려우므로 이와 관련한 청구주장은 받아들이기 어려움

[주 문]

OOO이 2018.7.6. 청구법인에게 한 2015년 제2기분 부가가치세 OOO 및 2015사업연도분 법인세 OOO의 부과처분에 대한 청구는 각하하고, 2018.7.31. 청구법인에게 한 부가가치세 2016년 제1기분 OOO, 2016년 제2기분 OOO, 2017년 제2기분 OOO, 법인세 2016사업연도분 OOO, 2017사업연도분 OOO의 부과처분 및 대표자 상여처분 2015년 귀속분 OOO, 2016년 귀속분 OOO, 2017년 귀속분 OOO의 소득금액변동통지에 대한 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.10.15. 개업하여 OOO에서 전자제품 제조업, 전자부품과 전자제품 도소매업, 소프트웨어 개발업을 영위하는 법인으로,

처분청은 청구법인이 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 수취한 공급가액 OOO의 세금계산서(6매)에 대해 OOO으로부터 가공거래 혐의자료로 통보받고 2018.1.19.부터 2018.5.5.까지 청구법인에 대해 부가가치세 세목별 조사를 실시, 청구법인이 2016년 제1기부터 2016년 제2기 동안 OOO, (주)OOO(이하 “OOO”이라 한다), OOO(주)(이하 “OOO”이라 한다), 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다), OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다), OOO 주식회사(이하 “OOO”라 한다)등 6개 거래처(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 수취한 공급가액 OOO의 세금계산서(<별지1> 참조, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 조사하고,

<표1> 쟁점세금계산서 과세기간별, 거래처별 공급가액

부가가치세와 관련하여 다음 <표2>와 같이 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 한편, 법인세와 관련하여 다음 <표3>과 같이 쟁점세금계산서 중 계약취소에 따른 수정세금계산서분(5매 2017년 제1기 공급가액 OOO)을 제외한 나머지 거래분에 대해 공급가액 OOO 상당의 거래분은 가공매입(이하 “쟁점가공거래”이라 한다)으로 보아 이를 손금불산입하며, 공급가액 OOO 상당의 거래분은 위장매입(이하 “쟁점위장거래”이라 하고, 쟁점가공거래와 쟁점위장거래를 합하여 이하 “쟁점거래”라 한다)으로 보아 이를 손금에 산입하는 것 등으로 하여

<표3> 법인세 소득금액 조정내역

<표2> 부가가치세 고지내역

다음 <표4>와 같이 청구법인에게 2015년 2기∼2017년 2기 부가가치세 합계 OOO, 2015∼2017사업연도 법인세 합계 OOO을 각 경정․고지하고, 쟁점가공거래분에 대해서는 각 해당 거래의 공급대가 상당액을 귀속 연도별로 청구법인의 대표자에게 상여처분하는 것으로 하여 소득금액변동통지하였다.

<표4> 이 건 처분내역

나. 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.10. 이의신청을 거쳐 2019.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점거래를 모두 가공거래 또는 위장거래로 판정하면서 해당 거래를 “소프트웨어 개발용역”거래와 “재화의 공급”거래로 구분한 후, 소프트웨어 개발용역 거래에 대해서는 계약서, 발주서, 거래명세서 등을 신뢰할 수 없어 가공거래로 판단하였고, 재화의 거래 중 가공거래로 판단한 거래에 대해서는 발주서, 거래명세서 등을 신뢰할 수 없다는 이유로 가공거래로 판단하였으며, 재화의 거래 중 위장거래로 판단한 거래에 대해서는 거래대금을 제3자의 계좌로 송금하였다는 이유로 위장거래로 판단하였다.

당초 OOO은 OOO과 청구법인과의 2016년 제2기 거래분에 대해 가공거래로 확정한 바 없고, 처분청도 조사결과 해당 과세기간의 거래분에 대해 가공거래로 확정한 바 없기 때문에 청구법인과 OOO의 대부분의 거래를 사실과 다른 세금계산서라는 처분청의 처분은 인정할 수 없다. 또한 처분청은 2016년 제2기 거래분 중 27%만을 가공거래로 판정하고, 73%의 거래는 위장거래로 판정하였으나, 이는 처분청이 제시한 과세근거와 부합하지 아니하지 않을 뿐만 아니라 가공거래 및 위장거래에 각 해당하는 세금계산서를 구분하여 제시하지 못하고 있으며, OOO이 통보와 무관한 2016년 제1기 거래분도 가공거래로 판정한 것에 대해서도 납득할만한 과세근거를 제시하지 못하고 있다.

청구법인과 쟁점거래처간에는 소프트웨어 개발용역 관련 거래가 없음에도 처분청은 소프트웨어 개발용역 관련 거래를 가공거래로 판단하면서 쟁점세금계산서 중 어느 것이 소프트웨어 개발용역과 관련된 세금계산서인지 제시하지 못하여 처분청의 의견은 근거가 없다.

부가가치세는 공급자가 공급사실을 부가가치세 징수에 대한 증거로 세금계산서를 교부하고 공급받는 자는 그 대가를 지급함으로써 거래가 종료되는 다단계거래세로, 공급사실 여부의 판단은 교부된 세금계산서와 지급된 대가를 기준으로 판단하여야 할 것인데, 처분청은 쟁점세금계산서 중 어느 것이 재화의 공급과 관련된 세금계산서인지 어느 것이 가공거래와 관련된 세금계산서인지 제시하지 못하고 있다.

또한, 처분청의 재화의 공급과 관련된 일부 거래를 위장거래로 판단하였으나, 위장거래가 성립되기 위해서는 교부된 세금계산서와 대가 지급 관계가 1:1로 대응되어야 하는데 그러한 세금계산서는 존재하지 아니하고, 처분청은 쟁점세금계산서 중 어느 세금계산서가 위장거래와 관련된 것인지 제시하지 못하고 있다. 더욱이 당사자간의 합의에 따른 채권양도 거래는 법률이 인정한 정상적인 거래에 해당한다. 이외에도 처분청은 이해할 수 없는 처분근거와 고지서를 발급하여 근거없는 과세처분을 하였다.

이상과 같이 처분청이 쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 불공제한 처분은 객관적인 과세근거가 없고, 위법․부당하므로 취소되어야 한다(주위적 청구).

(2) 처분청은 OOO의 쟁점가공거래에 대응하는 매출거래의 과세표준 OOO 및 관련 매출세액도 부인하여야 하나, 이를 매출과세표준 및 매출세액에서 차감하지 아니하였고, 법인세의 과세표준은 가공거래에 해당하는 매입액을 부인한 금원이어야 할 것인데 고지서상 법인세 과세표준이 매입세액이 부인된 매입액과 다르다.

그렇다면, 처분청의 법인세 과세는 근거없이 과세한 것이므로 이 건 법인세 과세처분은 취소되어야 한다(예비적 청구).

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 세무조사 당시 수백페이지에 달하는 다량의 자료를 제출하였지만, 실질적으로 세금계산서 수취와 관련하여 실거래가 있었음을 직접적으로 입증할 객관적인 자료를 제출하지 못하고 동일한 형식의 법인명과 대표자 이름만 바꿔 작성한 동일한 내용의 확인서, 사후에 임의작성한 것으로 보이는 계약서, 발주서 등을 제출하였다.

OOO, OOO, OOO, OOO의 경우에는 OOO가 사업자등록상 발기인으로 되어 있었고, 위 업체들의 전자세금계산서를 본인의 집에서 발행한 것으로 확인되었으며, 위 업체들은 설립후 세금을 전혀 납부하지 아니하거나 소액만 납부한 채 고액의 세금을 체납하고 있으며, 대표자 및 직원의 근무사실을 입증할 근로소득 지급명세서를 거의 제출하지 아니하였고, 위 업체의 대표자들은 과거 현재 업종과 관련없는 분야에서 종사한 것으로 확인되어 위 4개 업체는 OOO의 설립되어 OOO가 자택에서 세금계산서만을 발행하는 업체일 가능성이 농후하다. 쟁점거래처 중 OOO와 OOO의 경우에도 설립후 세금을 전혀 납부하지 아니하거나 소액만 납부한 채 고액의 세금을 체납하고 있으며, 대표자 및 직원의 근무사실을 입증할 근로소득 지급명세서를 거의 제출하지 아니하였고, OOO의 경우 전․현직 대표이사가 OOO의 업종과 전혀 관련이 없는 분야에서 종사한 사실이 확인된다.

청구법인은 쟁점거래처로부터 실제로 소프트웨어 개발용역을 공급받았다며 소프트웨어 개발계약서, 거래명세서, 발주서 등을 제출하였으나, 청구법인이 쟁점거래처와 실물거래의 증빙자료들은 사후에 임의로 작성된 문서로 확인되고, 발주서의 경우 연번이 기재되지 않거나 잘못 기재된 경우가 많으며, 거래명세서는 인수인이 확인되지 아니하여 물품인수여부가 확인되지 아니하거나, 대금지급과 관련한 금융조회 결과, 외형상으로는 쟁점거래처에 대금을 지급한 것으로 하고 실제로는 개인 명의 계좌에 대금을 입금한 사실이 확인되었다.

따라서, 소프트웨어 개발용역과 관련된 거래분에 대해서는 가공거래로 보았고, 쟁점거래처가 아닌 개인 명의 계좌에 입금한 거래분에 대해서는 이를 위장거래로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하되, 위장거래분에 대해서는 법인세의 손금으로는 인정하였다.

(2) 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것으로 판명되어 그것이 실지비용인지, 아닌지가 다투어지고 있고, 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대해서는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것인바(OOO 참조),

OOO, OOO, OOO, OOO의 경우 OOO의 조사를 통해 OOO 1인에 의해 세금계산서가 발행된 사실이 확인되고, 동 업체들의 대표자를 포함한 직원들에 대해 근로소득 지급명세서가 제출되지 않는 등 그 실체가 확인되지 않으며, 쟁점거래처 대부분이 세금을 납부하지 않고 체납하고 폐업하는 불성실 업체로, 처분청은 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 상당한 정도로 입증하였고, 금융기관을 통한 확인으로 대금지급내역이 확인되는 금액에 대해서는 법인세의 손금으로 인정하였다.

그러나 청구법인은 실거래사실을 입증할 자료를 제출하지 못하거나 제출된 자료도 사후에 임의로 작성해 제출한 자료임이 확인되었고, 쟁점거래처의 실체에 대해 진술을 거부하였는데 이에 더하여 매입․매출의 비율대로 청구법인의 매출을 익금불산입해야 한다고 주장하는 것은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

② 이 건 처분은 과세근거가 없어 위법․부당한 처분이라는 청구주장의 당부

③ 쟁점가공거래분에 대응하는 수입금액을 감액하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 일부개정되기 전의 것)

제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제37조(납부세액 등의 계산) ① 매출세액은 제29조에 따른 과세표준에 제30조의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조 제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것)

제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다.

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점거래의 거래대금을 개인 명의 계좌로 입금한 내역으로 처분청이 제출한 자료를 과세기간별, 쟁점거래처별로 정리하면 다음과 같다.

<표5> 청구법인이 쟁점거래 대금을 개인 명의 계좌로 입금한 내역

(2) 처분청이 제출한 조사종결보고서의 보충조서에 따르면, 처분청은 2018.1.19부터 2018.5.5.까지 청구법인과 쟁점거래처와의 거래에 대해 세목별(부가가치세) 조사를 실시하여 청구법인이 2015년 제2기부터 2017년 제2기까지 쟁점거래처와의 쟁점거래에 대해 다음과 같이 조사하였다.

(가) OOO은 OOO에 대해 현장확인을 실시하여 OOO이 2017.4.3. 직권폐업한 업체로, 현장확인 당시 대표 OOO은 간경변증으로 치료중이며, 법인이사인 OOO가 세무조사 관련 서류를 수령하였고, OOO는 쟁점세금계산서를 발행한 OOO, OOO, OOO, OOO의 사업자등록상 발기인으로 되어 있으며, 위 업체들의 전자세금계산서를 본인의 집에서 발행한 것으로 확인하였고, OOO이 2016년 제2기에 수취한 세금계산서 OOO 중 OOO은 가공거래로, OOO이 발행한 OOO의 세금계산서 중 OOO의 세금계산서는 가공혐의, 가공거래확정, 매출과다 등으로 판단됨에 따라 OOO이 발행, 수취한 대부분의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 조사하였다.

처분청은 OOO이 2015.9.23. 개업한 이래 부가가치세 등 OOO만 납부하고, 청구법인에 대한 세무조사 종결일까지 OOO의 체납을 하였으며, 2016년에 청구법인에게 발행한 세금계산서가 가공거래 혐의자료로 처분청에 통보되었는데, 해당 기간 동안 OOO에는 근로소득 지급명세서에 제출된 직원이 없고, 청구법인의 대표자도 OOO의 직원을 본 사실이 없다고 진술하여 OOO은 실체가 없는 사업자로 판단하였다.

처분청은 청구법인이 세무조사 당시 OOO으로부터 블랙박스, 휴대용 빔프로젝트용 소프트웨어 개발에 대한 용역을 공급받고 세금계산서를 수취하였다고 주장하며 소프트웨어 개발계약서, 비밀유지계약서 등을 제출하였으나, 해당 계약 이전에 OOO의 연구개발실이나 연구인력을 확인한 사실이 없고, OOO의 소프트웨어 개발능력에 대한 구체적인 판단근거에 대해 답변하지 못하였으며, 실제 어떤 용역을 공급받았는지에 대한 구체적인 입증자료도 제출하지 못하였고, OOO의 대표자 OOO은 2002년경 스탠드바를 운영한 사실이 있으며, 2013∼2015년 동안에는 OOO 및 OOO 등 건설업체에서 일용근로자로 근무한 사실이 있고, 스프트웨어 관련 일을 한 사실이 확인되지 않으며, OOO의 직원이 1명도 확인되지 않는 점등을 감안할 때 청구법인이 OOO으로부터 소프트웨어 개발용역을 공급받았다는 청구법인의 주장은 신뢰하기 어렵다고 판단하였다.

또한 청구법인이 OOO으로부터 소프트웨어 개발용역 이외에도 블랙박스, 네비게이션 등의 재화를 공급받았다고 주장하며 발주서, 거래명세서, 통장사본 등을 제출하였으나, 해당 발주서에는 업체별로 REF NO.를 생성함에도 REF NO.가 생략되어 있고, 그 이유에 대해 청구법인의 합리적인 답변이 없어 임의작성된 발주서로 판단하였고, 청구법인이 거래대금을 계좌를 통해 지급하였다며 제출한 통장사본에 대해 금융조회를 한 결과, 거래정보에는 “OOO주식회사”, “OOO(주)”, OOO 등으로 기재하여 마치 OOO으로 송금한 것처럼 되어 있으나 실제로는 OOO 명의 OOO 계좌 OOO, OOO 명의 OOO 계좌 OOO 등 수인이 개인명의 계좌로 입금된 사실이 확인되었으며, 이는 실물거래 없이 OOO으로부터 세금계산서만 수취하고 실제로는 OOO, OOO으로부터 블랙박스 등을 매입한 것으로 판단하였다.

이에 따라 처분청은 OOO으로부터 받은 세금계산서 관련 매입세액은 불공제하고 OOO, OOO 등에게 입금한 금액에 대해서는 법인세 각 사업연도 소득금액 계산시 손금으로 인정하는 것으로 조사하였다.

처분청은 청구법인과 OOO과의 거래분 중 소프트웨어 개발용역 거래분과 관련하여 청구법인이 처분청에 제출한 소프트웨어 플랫폼 개발계약서(2016.7.5. 청구법인-OOO, 계약목적물 : 블랙박스 소프트웨어 개발, 블랙박스 EM BOARD 개발, 휴대용 빔프로젝터 소프트웨어 개발 등) 및 비밀유지 계약서(2016.7.4. 청구법인-OOO) 등을 제출하였다.

(나) 처분청은 OOO가 2016.6.18. 개업하여 현재 OOO로 상호변경후 현재까지 사업 중인 사업자로, 2016∼2017사업연도에는 대표자 OOO에 대한 근로소득 지급명세서를 제출되지 않았고, 법인과 관련없는 OOO, OOO에 대한 근로소득 지급명세서만 제출하였으며, OOO, OOO, OOO과 함께 OOO가 본인의 자택에서 세금계산서를 발행 및 수취한 업체로, 위 업체들은 OOO가 법인 설립 및 사업자등록을 하였고, 각 업체의 대표자들은 실제 근무사실이나 급여 지급사실이 확인되지 아니하는 명의상 대표자에 불과한 것으로 판단하였다.

청구법인이 OOO로부터 공급받았다는 소프트웨어 개발용역과 관련하여 2016년 OOO의 최초 발주서가 연번 1번이 아닌 11번으로 기재되어 있는 것에 대해 합리적인 답변을 하지 못하였고, 청구법인이 OOO이 넘는 금액으로 OOO에 발주를 한 2016.8.22.은 OOO의 사업자등록 신청일이며, 법인설립등기일(2016.8.17.)로부터 5일 밖에 되지 않은 시점이고, 소프트웨어 개발계약(2016.9.8.)을 하기 전으로, 청구법인이 소프트웨어 개발용역 발주를 한 것은 신뢰하기 어려우며, 청구법인이 OOO, OOO, OOO, OOO와 맺은 각각의 소프트웨어 개발계약서는 동일한 양식에 상호만 변경한 계약서로, 해당 문서는 사후에 임의작성된 문서로 판단하였다. 또한, 청구법인이 OOO로부터 블랙박스, 네비게이션 등 재화를 공급받았다고 주장하며 발주서, 거래명세서, 통장사본 등을 제출하였으나, 발주서는 앞서 언급한 바와 같이 임의작성된 서류로 보이고, 거래명세서에는 인수자가 없어 물품 인수여부를 확인할 수 없으며, 대금 지급과 관련하여 금융조회를 한 결과, 거래정보에는 OOO로 기재되어 있으나, 실제로는 OOO 명의 OOO 계좌 OOO, OOO 명의 OOO 계좌 OOO 등 수인의 개인계좌로 송금한 사실을 확인하였다.

이에 처분청은 청구법인이 실제 소프트웨어 개발용역를 공급받은 사실 없이 세금계산서만 수취하거나 실제로는 OOO, OOO 등으로부터 블랙박스 등을 공급받고 OOO 명의의 세금계산서를 수취한 것으로 조사하였다.

(다) 처분청은 OOO이 2016.9.1. 개업하여 OOO에서 소프트웨어 개발서비스업로 사업자 등록 후 현재 휴업중인 법인으로, 개업 후 현재까지 부가가치세 등 OOO만 납부하고 OOO의 국세를 체납하고 있는 점, 2016∼2017년에 대표자 OOO에 대한 근로소득 지급명세서를 제출하지 않으면서 법인과는 직접적으로 관련이 없는 OOO 대표 OOO에 대한 근로소득 지급명세서만 제출한 점, 청구법인의 대표 OOO은 처분청과의 문답시 OOO의 직원을 본 적이 없다고 진술한 점 등에 비추어 OOO은 실체가 없는 법인으로 OOO가 세금계산서를 발행하기 위한 목적으로 설립한 법인으로 보았다.

한편, 청구법인이 OOO와 동일하게 블랙박스 및 휴대용빔프로젝트 관련 소프트웨어 개발 및 EM보드 개발 등의 용역을 공급받았다고 주장하며, 소프트웨어 개발계약서, 비밀유지계약서, 발주서 등을 제출하였으나, 청구법인이 제출한 소프트웨어 개발계약서의 계약일이 2016.9.5.로, 사업자등록번호가 “OOO”으로 되어 있으나, OOO의 사업자등록이 처리된 날은 2016.10.7.로, 2016.9.5.에는 OOO의 사업자등록번호가 존재하지 않았고, 설령 청구법인이 OOO과 실제 계약을 하였다고 하더라도, 청구법인이 매출실적이 확인되지 않는 신생업체와 소프트웨어 개발용역 계약을 체결하면서 소프트웨어 개발인력에 대한 확인도 없이 계약을 체결하였다는 것은 신뢰하기 어려우며, 대표자 OOO은 2014년 OOO에서 일용근로소득을 지급받은 적이 있고, 2016년 인천에서 개별화물로 사업자등록을 하여 사업을 한 사실이 있어 청구법인이 OOO과 실제 소프트웨어 개발용역을 공급받지 아니한 것으로 판단하였다.

또한 청구법인이 OOO으로부터 블랙박스, 네비게이션 등의 재화를 매입하였다며 발주서, 거래명세서, 통장사본 등을 제출하였으나, 청구법인이 거래처별로 작성한 발주서임에도 발주서 REF NO. 순서가 발주일과 맞지 않아 이를 지적하는 처분청에 대해 청구법인은 합리적인 답변을 제시하지 못하였고, 청구법인이 OOO에 최초로 발주한 발주서가 2016.8.10. 작성된 것으로 기재되어 있으나, OOO의 법인 설립등기일이 2016.8.31.이고, 사업자등록일이 2016.9.7.이어서 이를 신뢰할 수 있는 서류로 보기 어렵다고 보았으며, 청구법인이 블랙박스 등를 공급받고 대금은 OOO의 금융계좌에 지급하였다고 진술하였으나, 금융조회 결과 거래정보에는 “OOO(주)”, “OOO주식회사”, “OOO주식”등로 기재되어 있는 반면, 실제로는 OOO 명의 OOO 계좌 OOO 지수민 명의 OOO 계좌 OOO 등 수인의 개인명의 계좌로 입금한 것으로 확인하였다.

처분청은 청구법인과 OOO과의 거래분 중 소프트웨어 개발용역 거래분과 관련하여 청구법인이 처분청에 제출한 소프트웨어 플랫폼 개발계약서(2016.9.5. 청구법인-OOO, 계약목적물 : 블랙박스 소프트웨어 개발, 블랙박스 EM BOARD 개발, 휴대용 빔프로젝터 소프트웨어 개발 등) 및 비밀유지 계약서(2016.9.5. 청구법인-OOO) 등을 제출하였다.

(라) OOO는 2016.3.3. 개업하여 소프트웨어 개발서비스업으로 사업자등록을 한후 2017.5.31. 폐업한 사업자로, 개업 후 1건의 세금을 납부한 적이 없고, 세무조사 종결일 현재 OOO의 세금을 체납하고 있으며, 2016∼2017년에 단 1명의 근로소득 지급명세서를 제출하지 않았고, 청구법인의 대표 OOO도 OOO와의 거래하면서 OOO의 직원을 본 적이 없다고 진술하였으며,

청구법인이 OOO로부터 OOO, OOO, OOO과 마찬가지로 소프트웨어 개발용역 및 블랙박스, 네비게인션 등 재화를 공급받았다고 주장하였으나, 세무조사 당시 청구법인이 제출한 소프트웨어 개발계약서, 거래명세서 등에 OOO가 아닌 OOO의 사업자등록번호가 기재되어 있거나, OOO의 사업자등록신청일에 작성된 계약서임을 지적하는 조사공무원의 지적에 대해 청구법인의 대표 OOO은 제출된 계약서 및 물품거래명세서가 세무조사 과정에서 사후에 작성된 서류라고 진술한 사실이 있으며, OOO의 대표 OOO은 2014∼2015년에 OOO에 소재하는 OOO에서 근무한 이력이 있을 뿐 소프트웨어 개발과 관련된 업무나 사업을 한 이력이 확인되지 아니한 점을 고려할 때 청구법인이 OOO로부터 소프트웨어 개발용역을 공급받았다는 주장은 신뢰하기 어려우며,

청구법인이 OOO로부터 블랙박스, 네비게이션 등의 재화를 매입하였다며 제출한 발주서, 거래명세서, 통장사본등을 검토해 본 결과, 거래명세서에는 인수자 확인이 되어 있지 않았고, 대금이 마치 OOO에 지급된 것으로 서류에 위장한 후 실제로는 OOO 명의 OOO OOO, OOO 명의 OOO OOO 등 수인의 개인명의 계좌로 입금된 사실이 확인되었다.

이에 처분청은 청구법인이 1명의 직원도 없는 OOO로부터 소프트웨어 개발용역을 공급받은 사실이 없이 세금계산서만 수취하거나 실제로는 OOO, OOO 등으로부터 블랙박스 등을 매입하고, 세금계산서는 OOO의 것을 수취한 것으로 판단하였다.

위와 같은 조사내용을 바탕으로 처분청은 청구법인이 OOO, OOO, OOO, OOO로부터 소프트웨어 개발용역을 공급받은 사실 없이 세금계산서를 수취하였거나, 실제로 불용처리 또는 땡처리된 블랙박스 등을 무자료로 매입하고, OOO, OOO, OOO, OOO 명의의 세금계산서를 수취한 것으로 판단하여 사실과 다른 세금계산서를 수취한 부분에 대해서는 관련 매입세액을 불공제하고, OOO 등 개인에게 입금한 금액에 대해서는 법인세의 손금으로 인정하는 것으로 조사하였다.

위 조사내용과 관련하여 처분청이 제출한 청구법인 OOO에 대한 문답서의 내용은 다음과 같다.

OOO

(마) 처분청은 OOO가 2017.7.19. 개업하여 소프트웨어 개발업을 하는 것으로 사업자등록한 법인으로, 2017.7.19.부터 2017.12.19.까지는 OOO가 대표이사였고, 2017.12.20.부터 현재까지는 OOO이 대표이사로 등재되어 있는바, OOO와 OOO에 대해서는 2017.9.1.∼2017.9.14. 기간에 대해 500,000원의 급여를 지급한 것으로 신고하였고 현 대표자 OOO에 대해서는 근로소득 지급명세서를 제출하지 아니한 점, OOO는 205∼2017년에 OOO, OOO, OOO 등 의료기관에서 근무한 이력이 있고, OOO은 2017년에 OOO에서 부동산 임대사업을 등록한 사실이 있으며, OOO은 2014∼2017년 OOO, OOO, OOO 등 건설업체의 일용근로자로 근로한 사실이 확인되는 등 소프트웨어 개발 사업 및 근로사실이 확인되지 아니한 점, 청구법인의 대표 OOO도 세무조사 당시 OOO 대표 OOO, OOO을 본 적이 없으며, 수출처의 소개로 신원미상의 OOO이사와 거래하였다고 주장한 점, 청구법인이 OOO와의 거래가 실거래라고 주장하며 제출한 2017.12.4.과 2017.12.12.자로 작성된 거래명세표를 보면, 당시 대표자가 OOO임에도 OOO으로 기재되어 있고, 구체적으로 OOO가 제공한 용역의 내용을 알 수 없으며, 2017년 제2기에 매입이 없는 상태에서 매출만 발생한 점에서 OOO로부터 수취한 세금계산서는 가공매입세금계산서로 판단하였다.

(바) OOO은 2015.8.13. 전자기기 도소매업을 하는 것으로 개업한 후, 2016.6.30. 폐업한 업체로, OOO도 개업후 1건의 세금도 납부하지 아니한 채 세무조사 종결일(2018년 5월) 현재 부가가치세 등 5건 OOO을 체납하고 있고, 대표자 OOO을 포함한 직원들에 대한 근로소득 지급명세서를 제출하지 아니하였으며, 청구법인 대표 OOO은 OOO으로부터 수취한 세금계산서를 실거래로 의한 세금계산서라고 주장하며, 거래명세서, 발주서를 제출하였으나, 거래명세서에 인수자가 없는 등 제출된 서류만으로는 청구법인이 전화기 어댑터, 빔프로젝터 등을 실제 매입하였다고 보기 어렵고, 거래대금도 OOO 등 개인명의 계좌로 입금된 사실이 확인된 점을 종합하여 볼 때 처분청은 OOO이 처음부터 부가가치세등을 납부할 의사 및 능력이 없이 실제 거래처를 은닉하기 위해 설립된 법인으로 판단하였다.

(3) 청구법인은 쟁점거래에 대해 다음과 같이 주장한다.

(가) 청구법인과 OOO간의 2016년 6월부터 2016년 12월까지 거래는 모두 정상거래이고, OOO의 직권폐업이 청구법인과 OOO간의 수수한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 근거가 되지는 아니하며, OOO의 직원 및 대표자에 대한 급여지급여부는 OOO 내부의 사정에 불과하여 이는 OOO이 청구법인에게 발행한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 것의 근거가 되지 아니하고, OOO의 전자세금계산서를 OOO가 발행한 것은 OOO과 OOO간의 위임관계로 보는 것이 합리적이며, 세금계산서의 발급장소를 제한하는 규정이 존재하지 않는데 OOO가 자택에서 세금계산서를 발행하였다고 하여 해당 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 그 근거가 없어 위법․부당하다.

처분청은 OOO의 조사결과를 근거로 2016년 제1기 및 제2기에 청구법인과 OOO간에 수수한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 판단하였으나 OOO이 가공혐의, 가공거래확정 및 매출누락이 있는 것으로 판단한 것은 2016년 제2기 거래만 해당한다. 뿐만 아니라 OOO이 OOO과 청구법인간의 거래를 가공거래로 확정한 바도 없다. 오히려 이의신청시 처분청에 의해 제출된 OOO의 문답서에서 OOO는 OOO이 땡물건을 매입하여 공급하였다고 진술한 사실이 확인되고, OOO의 물품공급 거래사실확인서 및 물품공급과 채권양도 사실확인서등에서 OOO의 대표가 땡처리 물품을 매집하여 공급하였음을 확인하였다( 「민법」제499조에서 채권양도계약을 인정하고 있고, 세법이 이와 달리 정하지 아니하는 한 채권양도는 적법한 거래이다). 그러나, 처분청은 어느 세금계산서가 위장거래인지, 또는 가공거래인지 특정하지도 아니한 채 OOO이 통보한 내용과도 무관한 2016년 제1기 거래분(181,036천원) 전체를 가공거래로 확정하였을 뿐만 아니라 OOO의 통보내용을 들어 2016년 2기 거래분 중 27%에 상당하는 OOO의 거래분을 가공거래로, 나머지 73%OOO 거래분을 OOO의 판단과는 다르게 위장거래로 확정하였다.

청구법인은 거래 당시 OOO의 사업자등록증, 부가가치세 과세표준증명원, 사업용계좌 사본, 기업부설연구소 인정서 등으로 OOO을 정상적인 법인으로 판단한 후, 실제 정상적인 거래를 하였다. 또한, 발주서상 REF NO.는 법인 내부관리용으로 작성되는 것으로 필요에 따라 관리되는 경우도 있지만 그렇지 않은 경우도 상당한데 OOO의 체납사실 또는 발주서상 REF NO.만을 근거로 OOO으로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 단정하는 것은 근거가 없고, 위법․부당한 처분이라 할 것이다.

청구법인과 OOO간의 9건의 거래 중 소프트웨어 개발용역거래는 존재하지 아니하고 모두 재화의 공급에 관한 것인데, 처분청은 사실관계를 왜곡하여 일부 거래가 소프트웨어 개발용역 거래라고 판단하면서도 어느 세금계산서가 소프트웨어 개발용역분인지 특정하지 못하고 있고, 처분청이 위장거래라고 하는 거래와 관련하여 세금계산서 발급내용과 계좌송금내역을 비교해도 그 내용이 일치하는 거래가 없어 그 근거가 없는 것으로 위법․부당하다.

처분청은 청구법인이 OOO의 요청에 의해 송금한 금액(OOO, 공급가액 OOO) 중 OOO만을 위장거래라고 하나, 처분청의 주장대로라면 위장거래에 해당하는 금액은 OOO이 되어야 한다.

위와 같은 처분청의 의견을 종합하면, 처분청의 주장에 해당하는 세금계산서가 존재하지 아니하고, 설사 세금계산서가 존재한다 하더라도 쟁점세금계산서가 가공거래 또는 위장거래라고 하는 것은 정황에 의존한 추정, 전후 주장이 대치되는 모순된 의견, 존재하지 아니하는 거래의 허위사실 주장 등 신뢰할 수 없는 의견들로, 청구법인과 OOO간의 거래를 사실과 다른 세금계산서로 본 처분은 근거가 없어 위법․부당하고 그에 따라 이루어진 처분은 취소되어야 한다.

한편, 청구법인은 위의 주장과 관련하여 ① OOO의 대표이사 OOO이 청구법인과 OOO은 2016년 6월부터 2016년 12월까지 거래를 하였고, 동 거래는 OOO이 사업자 및 비사업자 등으로부터 물품을 매입하여 공급하였으며, 소트프웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 수행한 사실이 없다는 취지의 OOO의 사실확인서, ② OOO이 비사업자등으로부터 덤핑물건을 모집하여 공급한 물품의 대금 중 일부는 법인 통장외에 물품공급자에게 직접 송금할 것을 요청하였다는 사실을 확인한다는 취지의 사실확인서, ③ OOO의 사업자등록증, ④ OOO의 사업용계좌사본, ⑤ OOO의 기업부설연구소 인정서(2016.2.2. OOO 발급), ⑥ OOO의 채권양도 계좌 명세서 등을 제출하였다.

(나) 청구법인은 2016년 9월부터 2017년 12월까지 OOO와 PCB, 소프트웨어, 블랙박스, 내비게이션, 전자부품 등의 재화를 정상적으로 공급받았다. 처분청은 OOO의 근로소득 지급명세서를 제출하지 않았고, OOO의 세금계산서가 OOO의 자택에서 발급되었다는 의견이나, 이에 대한 청구법인의 주장은 OOO의 동일쟁점에 대한 청구법인의 주장과 동일하고, 「상법」상 무능력자 이외에 누구나 법인의 발기인이 될 수 있기 때문에 OOO가 OOO, OOO, OOO, OOO의 설립에 관여하였으므로 해당 4개 법인의 사실상 대표자라는 처분청의 의견은 성립되지 않으며, OOO의 경우 OOO 대표의 지휘 아래 현재까지 특허출원등 왕성한 기업활동을 하고 있다. 따라서 이상의 처분청의 의견은 근거없는 추정에 불과하다.

청구법인과 OOO간에는 소프트웨어 개발용역 거래는 존재하지 아니하고 재화의 공급거래만 존재하는데(OOO의 채권양도계좌명세서 및 통장사본, OOO 매입대금 지급명세서 참조), 청구법인과 OOO간 거래 중 일부를 소프트웨어 개발용역 거래라고 하면서 해당 세금계산서를 특정하지 못하는 처분청의 의견은 근거없는 허위주장에 불과하다. 또한, 발주서가 사후 작성된 문서이고 거래명세서상 인수자가 확인되지 않는다는 의견에 대해서는 OOO의 동일 쟁점에 대한 청구법인의 주장과 동일하다.

특정인에게 대금을 지급한 거래에 대해서는 위장거래로 판단하여 이를 법인세의 손금으로 인정하였다는 처분청의 의견과 관련하여 처분청은 가공거래와 위장거래의 구분하는 기준을 제시한 바 없고 가공거래와 위장거래에 각 해당하는 세금계산서를 특정하지 아니하였으며, 대금지급과 1:1로 대응하는 세금계산서도 존재하지 않으므로 처분청이 주장하는 위장거래는 존재하지 아니한다. 설령 위장거래에 해당하는 세금계산서가 존재한다 하더라도 당사자간의 적법한 채권양도계약 이외의 위장거래로 볼 근거가 없고, 처분청의 의견대로 OOO 계좌에 입금된 금액을 위장거래로 본다 하더라도 제3자에게 송금된 OOO 중 OOO만 위장거래로 보아야 할 것이고, 위장거래로 구분된 거래는 처분청이 임의로 구분한 것에 불과하다.

발주서가 사후 작성되었다거나 거래명세상 상 인수자의 날인이 없다는 것만으로 2016년 제2기 및 2017년 제2기의 거래가 가공거래라는 주장은 인정될 수 없다.

수정세금계산서는 당초 발행된 세금계산서를 취소하는 효력이 있다고 할 것인데, 처분청은 OOO와의 거래 2017.3.3. 수정세금계산서 OOO에 의해 이미 취소된 2016.12.30. OOO과 2016.12.26. OOO의 매입거래도 가공거래 또는 위장거래로 부인하고 있는데, 이는 명백한 이중과세에 해당한다.

한편, 청구법인은 위 청구주장과 관련하여 ① 청구법인과 OOO는 2016년 9월부터 2017년 12월까지 거래를 하였고, 동 거래는 OOO가 사업자 및 비사업자 등으로부터 물품을 매입하여 공급하였으며, 소트프웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 수행한 사실이 없다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ② OOO가 비사업자등으로부터 덤핑물건을 모집하여 공급한 물품의 대금 중 일부는 법인 통장외에 물품공급자에게 직접 송금할 것을 요청하였다는 사실을 확인한다는 취지의 사실확인서, ③ OOO의 사업자등록증, ④ OOO의 납세증명서, ⑤ OOO의 사업용계좌 사본, ⑥ 특허출원통지서(특허청장 발급, 중고자동차 직거래 시스템 및 방법), ⑦ OOO의 채권양도 계좌 명세서, ⑧ OOO의 매입대금 지급내역서 등을 제출하였다.

(다) 청구법인은 OOO과 2016년 9월부터 2017년 9월까지 총 17건의 OOO의 거래를 하였고, 주요 거래품목은 모듈, 블랙박스, 네비게이션, 전자부품, 소프트웨어 등의 재화를 공급받았다.

처분청은 OOO이 휴업중이고, 개업후 OOO의 부가가치세만 납부하고 OOO의 세금을 체납중이라고 하나, 청구법인은 거래 당시 OOO의 사업자등록증, 국세 납세증명원, 지방세 납세증명원, 사업용계좌사본 등을 제출받고, 모든 거래를 정상적으로 처리하였다. 또한 처분청은 OOO이 OOO의 OOO에 대한 근로소득 지급명세서만 제출하였다고 하나 이는 당사자간의 거래에 의한 것으로 이를 근거로 OOO과의 거래를 위장거래로 볼 수는 없다.

청구법인과 OOO간의 거래는 재화의 공급이고, 소프트웨어 개발용역거래는 존재하지 아니한다. 이는 OOO의 물품공급 및 채권양도 사실확인서와 물품공급 거래사실확인서로 확인된다. 더구나 처분청은 소프트웨어 개발용역거래 관련 세금계산서를 특정하지 못하고 있다.

발주서 REF NO.의 연번이 맞지 않고, 법인설립 등기 및 사업자등록 전에 발주서를 발급하였다는 처분청의 의견과 관련하여 앞서 언급한 바와 같이 내부적으로 발주서 연번 관리가 제대로 되지 않는 경우가 상당히 있을 수 있고 발주서 REF NO.만을 근거로 사실과 다른 세금계산서라고 단정하는 것은 타당하지 아니하다.

처분청은 어느 세금계산서가 재화의 공급과 관련된 세금계산서이고, 그 중 어느 세금계산서가 위장거래와 관련된 세금계산서인지 특정하지 못하고 있어 이와 관련된 처분청의 의견은 근거가 없고, 설사 위장거래 관련 세금계산서가 존재한다 하다라도 청구법인이 제3자에게 송금한 금액과 1:1로 대응하는 세금계산서가 존재하지 아니한다. 또한 OOO 법인계좌 이외의 계좌로 송금된 것은 총 11개 계좌 총 OOO(공급대가)이나, 처분청은 OOO등의 계좌로 입금된 금액을 위장거래로 본다고 하면서 제3자 계좌로 송금한 OOO 중 OOO(2016년 제2기 거래액의 44%)만을 위장거래로 확정하였는데 처분청의 주장대로라면 위장거래에 해당하는 금액은 OOO이 되어야 할 것이다.

수정세금계산서는 당초 발행된 세금계산서를 취소하는 효력이 있다고 할 것인데, 처분청은 OOO와의 거래 2017년 제1기 수정세금계산서 OOO 및 OOO 총 OOO에 의해 이미 취소된 2016.12.21. OOO과 2016.12.30. OOO, 2016.12.30. OOO의 매입거래에 대해서도 가공거래 또는 위장거래로 부인하고 있는데, 이는 명백한 이중과세에 해당한다.

한편, 청구법인은 위 주장과 관련하여 ① 청구법인과 OOO은 2016년 6월부터 2017년 9월까지 거래를 하였고, 동 거래는 OOO이 사업자 및 비사업자 등으로부터 물품을 매입하여 공급하였으며, 소트프웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 수행한 사실이 없다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ② OOO이 비사업자등으로부터 덤핑물건을 모집하여 공급한 물품의 대금 중 일부는 법인 통장외에 물품공급자에게 직접 송금할 것을 요청하였다는 사실을 확인한다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ③ OOO의 사업자등록증 사본, ④ OOO의 국세, 지방세 납세증명서, ⑤ OOO의 사업용계좌사본, ⑥ OOO의 채권양도 송금내역서, ⑦ OOO의 매입대금 지급내역서(2016년 9월 ∼ 2017년 9월) 등을 제출하였다.

(라) 청구법인은 OOO와 2016년 3월부터 2016년 12월까지 총 7건 OOO의 거래를 하였고, 주요거래품목은 블랙박스, 통신기기, 기구샘플, 빔프로젝트, 전자부품 등올 정상적으로 재화를 공급받았다. 그러나 처분청은 2016년 제2기 OOO 중 OOO을 가공거래로, 2016년 제1기 OOO과 2016년 제2기 OOO을 위장거래로 확정하면서, 그 근거로 OOO가 2016.3.30. 개업하여 2017.5.31. 단기폐업한 법인이고, 개업후 납세실적이 없고, 고액의 체납이 있으며 대표자 OOO의 근로소득지급내역이 없다는 근거를 들고 있으나, 청구법인이 OOO와 거래한 것은 OOO의 폐업 이전의 거래분으로, OOO의 폐업이나 체납, 대표자에 대한 급여지급여부가 사실과 다른 세금계산서로 보는 근거가 될 수 없다는 것은 앞서 살펴본바와 같다. 청구법인의 OOO의 사업자등록증, 사업용계좌사본 등을 제출받았고, 모든 거래를 정상적으로 처리하였다.

처분청은 청구법인과 OOO와의 거래 중 일부를 소프트웨어 개발용역거래로 보았으나, 청구법인은 OOO와 재화의 공급거래를 하였고, 소프트웨어 개발용역거래를 하지 아니하였는바, 이는 청구법인에 제출한 OOO의 물품공급 및 채권양도 사실확인서 및 물품공급 거래사실확인서에 의해 확인된다. 더구나 처분청은 어느 세금계산서가 소프트웨어 개발용역거래와 관련된 세금계산서인지 특정하지 못하고 있다. 또한, 처분청은 거래명세서 등에 인수자의 확인이 없어 신뢰할 수 없고, 개인명의 계좌로 입금된 금액은 위장거래에 해당한다는 의견이나, 이는 OOO의 동일쟁점에 대한 청구법인의 주장과 동일하며 청구법인의 주장은 OOO의 채권양도계좌명세서 및 통장사본, OOO의 매입대금 지급내역서에 의해 확인된다. 위장거래와 관련하여 처분청은 어느 세금계산서가 위장거래에 해당하고, 어느 세금계산서가 가공거래에 해당하는지 특정하지 못하고 있을 뿐만 아니라 청구법인의 제3자 송금내역에 1:1로 대응하는 세금계산서도 1건(2016.3.31. OOO)을 제외하고 존재하지 않는다. 따라서 청구법인의 위장거래는 존재하지 아니한다. 따라서 처분청의 위장거래로 구분한 것은 임의로 구분한 것에 불과하다.

아울러 청구법인은 OOO 법인계좌 이외의 계좌로 송금된 것은 총 12개 계좌 총 OOO(공급대가)이나, 처분청은 OOO등의 계좌로 입금된 금액을 위장거래로 본다고 하면서 제3자 계좌로 송금한 OOO 중 2016년 제1기 OOO(2016년 제1기 거래액의 100%), 2016년 제2기 OOO(2016년 제2기 거래금액의 53%)를 위장거래로 확정하였는데 처분청의 주장대로라면 위장거래에 해당하는 금액은 OOO이 되어야 할 것이다.

한편, 청구법인은 위 주장과 관련하여 ① 청구법인과 OOO는 2016년 3월부터 2016년 12월까지 거래를 하였고, 동 거래는 OOO가 사업자 및 비사업자 등으로부터 물품을 매입하여 공급하였으며, 소트프웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 수행한 사실이 없다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ② OOO가 비사업자등으로부터 덤핑물건을 모집하여 공급한 물품의 대금 중 일부는 법인 통장외에 물품공급자에게 직접 송금할 것을 요청하였다는 사실을 확인한다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ③ OOO의 사업자등록증, ④ OOO의 사업용계좌 사본, ⑤ OOO의 채권양도 계좌 명세서, ⑥ OOO의 채권양도사실확인서, ⑦ OOO의 매입대금 지급내역서 등의 증빙을 제출하였다.

(마) 처분청은 OOO가 세금을 체납하고 있고, OOO와 OOO에 대한 OOO의 급여를 지급하고, 현 대표자 OOO에 근로소득 지급명세서가 제출하지 않았으며, OOO와 무관한 OOO이사와 거래한 것으로 진술하였고 거래명세서상 날짜의 당시 대표자가 아닌 현재의 대표자가 기재되어 있어 임의작성되었다는 의견이나, 거래처의 체납사실 및 대표자 급여지급문제는 OOO의 내부사정에 불과하고 OOO이사는 2018년 1월부터 2019년 1월까지 OOO에 근무한 사실이 당사자와의 통화를 통해 확인되었으며, OOO의 대표자가 변경된 시점은 2017.12.20.로 세금계산서를 교부한 것은 12월말이고, 작성일자를 12월 4일로 하더라도 전자세금계산서와 거래명세서상 대표자는 변경된 대표자 명의로 작성되는 것이므로 이는 처분청이 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 근거가 될 수 없고, 청구법인은 OOO와 정상적인 거래를 하였다.

처분청은 OOO와의 거래 중 일부를 임의로 소프트웨어 개발용역로 판단하였으나, OOO와의 거래는 모두 재화의 공급거래로 이는 OOO 물품공급 및 채권양도 사실확인서와 물품공급 거래사실확인서에 의해 확인된다. 더구나 처분청은 소프트웨어 개발용역과 관련된 세금계산서를 특정하지 못하고 있다. 그리고 청구법인은 쟁점세금계산서 중 아이폰연동 소프트웨어 개발 대금 OOO의 지급을 완료하였고 이는 OOO에 대한 송금내역과 대금수령 사실확인서에 의해 확인된다.

처분청은 OOO와의 거래를 부인하면서 2018년 제2기 수정세금계산서 OOO 및 OOO에 대해 이미 취소된 2017.12.12. OOO, 2017.12.29. OOO에 대한 매입거래도 가공거래로 보아 부인하였는바 이는 명백한 이중과세에 해당한다.

한편, 청구법인은 위 주장과 관련하여 ① OOO는 청구법인에게 아이폰 연동 드라이브(소프트웨어)를 공급하였고, 소프트웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 제공한 바 없다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ② OOO 대표 OOO이 청구법인으로부터 아이폰관련 무선 프리코드 소프트웨어 비용을 직접 송금받았음을 확인한다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ③ OOO가 OOO를 OOO로 지정한다는 편지, ④ OOO의 사업자등록증, ⑤ OOO의 사업용계좌 사본, ⑥ OOO의 송금내역, ⑦ OOO 이사로부터 받은 명함 사본 등을 제출하였다.

(바) 처분청은 OOO이 세금을 체납하고 있고, 1명의 근로소득 지급명세서도 제출하지 않았으며, 거래명세서상 인수자가 확인되지 않고, 제출된 서류만으로는 전화기 등 실질적인 매입거래로 보기 어려우며, 대금지급시 법인계좌 이외의 계좌로 송금한 사실이 확인되어 이를 위장거래로 보아 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, OOO의 체납사실 및 직원에 대한 급여지급 문제는 OOO의 내부사정에 불과하고, 거래명세서의 인수자가 확인되지 않는 것은 내부적으로 관리가 제대로 되지 않는 경우로 그러한 정황만으로 위장거래여부를 판단할 수 없는 것이며, 처분청은 위장거래분와 관련한 세금계산서를 특정하지 못하고 있고, 대금지급과 1:1 대응하는 세금계산서도 존재하지 아니하여 처분청이 위장거래로 분류한 거래는 임의로 구분한 것에 불과하다.

처분청은 2016년 제1기 중 OOO과의 거래에 대해 82%를 가공거래로 보았으나, 청구법인은 OOO과 실물거래를 기반으로 세금계산서를 수취하였고, 이는 거래명세서상 인수자가 확인되지 않는다는 정황논리라든지, 청구법인이 하지도 않은 소프트웨어 개발용역 거래라는 이유로 가공거래로 임의로 판단하는 것은 위법부당하다. 청구법인의 실물거래 사실은 청구법인이 제출한 OOO의 채권양도계좌명세서, 채권양도사실확인서, 송금내역, OOO 매입대금 지급내역서에 의해 확인된다.

한편, 청구법인은 위 주장과 관련하여 ① 청구법인과 OOO은 2015년 11월부터 2016년 6월까지 거래를 하였고, 동 거래는 OOO이 사업자 및 비사업자 등으로부터 물품을 매입하여 공급하였으며, 소트프웨어 개발용역거래를 의뢰받거나 개발용역을 수행한 사실이 없다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ② OOO이 비사업자등으로부터 덤핑물건을 모집하여 공급한 물품의 대금 중 일부는 법인 통장외에 물품공급자에게 직접 송금할 것을 요청하였다는 사실을 확인한다는 취지의 OOO 대표 OOO의 사실확인서, ③ OOO의 사업자등록증, ④ OOO의 사업용계좌 사본, ⑤ OOO의 채권내역 송금내역서, ⑥ OOO의 거래대금 지급내역서 등을 제출하였다.

(사) 청구법인은 예비적 주장과 관련하여 쟁점세금계산서의 동기간 청구법인의 총매출의 78%에 해당하고 이를 과세기간 별로 분석하면, 2015년 54%, 2016년 82%, 2017년 74%에 해당하는 금액으로 이를 기준으로 해당 매출액을 계산하는 것이 타당하지만, 청구법인의 총 매입액 중 블랙박스와 네비게이션 이외의 전자부품은 자가 사용분과 도소매분이 혼재되어 있어 매입에 따른 매출액을 계산하는 것이 기술적으로 불가능하므로 이를 대체하기 위해 해당 과세기간의 매입 부인비율로 매출을 부인할 수도 있겠지만, 이 또한 「부가가치세법」상의 매입․매출의 대응이 된다고 보기 어려운 실정이어서 청구법인은 매입과 매출의 대응이 가능한 블랙박스와 네비게이션 만이라도 해당 매출을 부인하는 것이 타당하다는 주장이다.

청구법인이 제출한 2016년부터 2018년까지 네비게이션/블랙박스 매입․매출내역 총괄자료, 세무조사결과 통지서상 청구법인의 매입 총액 대비 부인된 매입액 비율자료는 다음 <표6>, <표7>과 같다.

<표6> 2016년부터 2017년까지 네비게이션/블랙박스 매입․매출내역(총괄)

<표7> 세무조사결과통지서상 청구법인 매입총액 대비 부인된 매입액 비율

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 이 건 처분 중 2018.7.6. 청구법인에게 한 2015년 제2기 부가가치세 OOO, 2015사업연도 법인세 OOO의 부과처분은 청구법인이 처분을 안 날로부터 90일이 경과한 2018.10.10. 이의신청을 제기하였는바, 위 2건의 처분에 대한 심판청구는 적법한 이의신청 절차를 거치지 아니한 부적법한 심판청구로 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처가 비사업자로부터 물품을 매입하여 청구법인에게 해당 물품을 매출한 후, 청구법인이 해당 비사업자에게 직접 대금을 송금하게 한 것이 「민법」상 적법한 채권양도거래로서 정상적인 거래라고 주장하나, 그러한 거래가 채권양도거래에 해당하는지 단정하기 어렵고, 설령 채권양도거래에 해당한다 하더라도 청구법인은 기 발행된 쟁점세금계산서를 바탕으로 쟁점거래처로부터 실제 물품을 공급받았음을 입증하여야 하나, 청구법인의 대표이사 OOO도 인정한 바와 같이 사후에 임의작성한 것으로 확인된 거래사실확인서 등 이외에 실물거래사실을 객관적으로 증명할 자료를 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인은 처분청이 어느 세금계산서가 가공거래인지 또는 위장거래인지 특정하지 아니하였고, 대금결제 내역과 1:1로 대응하는 세금계산서도 특정하지 아니한다고 주장하나, 쟁점거래처가 가공거래분과 위장거래분을 같은 세금계산서에 발급할 수 있는 것이고, 대금도 청구법인이 반드시 세금계산서별로 결제하는 것은 아니라 사정에 따라 대금을 나누거나 합하여 결제할 수 있는 것이므로 처분청이 위장거래와 가공거래의 세금계산서를 특정하지 아니한다고 하여 과세근거가 없다는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 점, 청구법인은 쟁점거래가 소프트웨어 개발용역거래가 존재하지 아니하고 모두 재화의 공급 거래라고 주장하나, 청구법인이 세무조사 당시 처분청에 제출하였다는 소프트웨어 개발계약서, 비밀유지 계약서 등을 제출하여 이에 대한 청구주장은 세무조사 당시의 청구법인의 소명내역과는 다른 점, OOO, OOO, OOO, OOO의 경우 사업자등록상 모두 OOO가 발기인으로 되어 있고, 위 업체들의 전자세금계산서를 OOO의 집에서 발행한 것으로 확인되었으며, 처분청 조사내용에 의하면 쟁점거래처들은 설립후 세금을 전혀 납부하지 아니하거나 소액만 납부한 채 고액의 세금을 체납하고 있고, 대표자 및 직원의 근무사실을 입증할 근로소득 지급명세서를 거의 제출하지 아니하였으며, 대부분의 대표자들은 과거 쟁점거래처의 업종과 관련없는 분야에서 종사하였던 것으로 조사되어 청구법인이 쟁점거래처와 정상적인 거래를 한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점세금계산서 중 OOO와의 거래분 2017.12.12. OOO, 2017.12.29. OOO, OOO과의 거래분 2016.12.21. OOO과 2016.12.30. OOO 합계 OOO은 수정세금계산서가 발행되어 해당 거래가 취소되었으므로 이에 대한 매입세액을 부인하는 것은 이중과세에 해당한다고 주장이나, 처분청이 제출한 자료를 보면, 실제 수정세금계산서가 발행된 거래분은 OOO과의 거래분 2016.12.21. OOO, 2016.12.30. OOO, 2016.12.30. OOO과 OOO와의 거래분 2016.12.30. OOO, OOO등 합계 OOO으로, 처분청은 <표2>와 <표3>에서 보는 바와 같이 해당 수정세금계산서가 발행된 2017년 제1기 부가가치세 경정시 수정세금계산서 관련 매입세액을 가산하여 매입세액으로 공제하였고, 법인세 경정시에도 2017사업연도에 수정세금계산서 관련 매입액 OOO을 손금에 가산하여 경정한 사실이 확인되므로 청구법인의 주장은 수정세금계산서 발행과 관련한 사실관계 및 처분청의 경정내용에 대해 오인한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이와 관련한 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(6) 다음으로 쟁점③에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점가공거래에 대응하는 수입금액을 감액하여야 한다고 주장하나, 쟁점가공거래는 처분청이 청구법인의 소프트웨어 개발용역을 공급받은 것을 가공거래로 조사한 것으로 청구법인이 공급받은 소프트웨어 개발용역이 어느 매출거래와 관련된 것인지는 청구법인이 입증하여야 할 것이나, 청구법인이 제시한 <표6>의 네비게이션/블랙박스 매입․매출내역, <표7>의 세무조사결과통지서상 청구법인의 매입총액 대비 매입부인비율 및 매입인정비율 자료는 소프트웨어 개발용역 거래와는 관련없는 것으로 쟁점가공거래에 대응하는 수입금액을 객관적으로 산정하기는 어려우므로 이와 관련한 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 쟁점세금계산서 내역