2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 1. 3. 원고에게 한 부가가치세 2008년 1기분 43,662,681원, 2008년 2기분 61,672,447원, 법인세 2007년 귀속분 118,634,064원, 2008년 귀속분 646,011,037원, 2009년 귀속분 74,436,187원의 각 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 동을 원재료로 하여 전선 및 통신케이블 제품을 제조・판매하는 법인으로서,원고의 실질적인 운영자는 신AA이고, 주주는 신AA의 배우자인 김BB(주식 20%)과 신AA의 자 신CC(주식 60%), 신DD(주식 20%)로 구성되어 있으며, 대표이사는 신CC이고, 사내이사로는 김BB, 고EE이 등재되어 있다.

나. 원고는 2008년에 소외 FF산업 주식회사(이하 'FF산업'이라 한다)로부터 현금 또는 수표로 합계 26억 5,000만 원을 지급받아 원고 명의의 계좌로 입금하였다.

다. 원고는 2007. 2. 10. 신AA와 사이에 '영업활동 성공보수 지급약정(이하 '이 사건 약정'이라 한다)을 체결한 다음, 2007년부터 2009년까지 사이에 신AA에게 위 약정상 성과급 명목으로 합계 14억 3,900만 원(2007년 4억 8,400만 원, 2008년 5억 3,000만 원, 2009년 4억 2,500만 원)을 지급하였다.

원고는 위 지급금액에 관하여 2007년부터 2009년까지의 각 사업연도 법인세 신고시 '지급수수료' 계정과목으로 손금계상 하였다.

라. ○○지방국세청장은 2011. 6. 14.부터 2011. 12. 14.까지 원고에 대하여 세무조사를실시하여, 피고에게 ① 원고가 FF산업으로부터 지급받은 26억 5,000만 원 중 1,545,794,200원은 매출누락에 따른 입금액으로 보아 공급가액 1,405,267,455원을 원고의 2008년 제1기 내지 제2기 부가가치세 과세표준에 가산하고 2008 사업연도 법인세 계산시 익금산입하며, ② 원고가 2007년부터 2009년까지 신AA에게 성과금 명목으로 지급한 14억 3,900만 원 중 1,307,621,350원은 이익처분에 의한 상여로 보아 이를 각 사업연도 법인세 계산시 손금불산입하여야 하며, ③ 그 외 원고가 2007년부터 2010년까지 임원진인 고EE, 김GG, 신CC에게 지급한 상여금을 각 사업연도 법인세 계산시 손금불산입하고, 원고가 자료상으로부터 수취한 세금계산서에 관하여 2010년 제1기, 제2기 부가가치세 계산시 매입세액 불공제 및 2010 사업연도 법인세 계산시 증빙불비가산세를 부과하라는 내용의 조사결과를 통보하였다.

마. 피고는 위 조사결과 통보에 따라 2012. 1. 3. 원고에 부가가치세 2008년 제1기 78,700,635원, 2008년 제2기 195,715,901원, 2010년 제1기 43,263,504원, 2010년 제2기 138,099,482원, 법인세 2007 사업연도 128,354,280원, 2008 사업연도 734,976,531원, 2009 사업연도 86,360,959원, 2010 사업연도 44,491,153원을 경정결정하여 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 3. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2013. 10. 22. ① 원고가 FF산업으로부터 지급받은 금액에 관하여는 위 금액이 매출누락금액인지 여부를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하고, ② 원고가 신AA에게 지급한 금액에 관하여는 위 금액을 법인세 계산시 손금불산입하여야 한다고 보아 원고의 청구를 기각하며, ③ 원고가 임원진들에게 지급한 상여금은 손금산입하고, 원고가 자료상으로부터 수취한 세금계산서 관련 부분에 관하여는 원고의 청구를 기각한다는 취지의 결정을 하였다.

사. ○○지방국세청장은 조세심판원의 결정에 따라 2013. 11. 11.부터 2013. 11. 30.까지 원고에 대한 재조사를 실시하여, 피고에게 원고가 FF산업으로부터 지급받은 금액 1,545,794,200원(최초 세무조사시 매출누락금액으로 평가했던 금액임) 중 2008. 6. 26.자 입금액 195,000,000원(공급가액 177,272,727원)은 매출누락이 아닌 금전거래 관련 입금으로 보이고 나머지 금액 1,350,794,200원(공급가액 1,227,994,727원)만이 원고의 매출누락금액으로 판단되므로 이 사건 처분에서 위 195,000,000원(공급가액 177,272,727원)과 관련된 부가가치세 및 법인세를 감액경정 하라는 취지의 재조사결과를 통보하였다.

아. 피고는 원고에 대하여, 2013. 12. 17. ○○지방국세청장의 재조사결과 통보에 따라 FF산업으로부터 지급받은 금원에 관하여 2008년 제2기 부가가치세 및 2008 사업연도 법인세를 감액경정 하였고(제1차 경정), 2014. 1. 3. 조세심판원의 결정에 따라 원고의 임원진들에게 지급된 상여금에 관하여 2007 사업연도 법인세, 2008 사업연도 법인세, 2009 사업연도 법인세, 2010 사업연도 법인세를 각 감액경정 하였으며(제2차 경정), 2014. 4. 1. 직권으로 위 FF산업으로부터 지급받은 금원에 관하여 2008년 제1기 부가가치세를 감액경정하였다(제3차 경정). 피고의 위 각 경정처분에 따른 세금 액수의 변화는 아래와 같다.

(아래 생략)

[인정근거] 갑 제1 내지 4호증, 을 제 1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 포함), 다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고가 2008년 FF산업으로부터 지급받은 26억 5,000만 원은 원래 2006년도 원고 회사의 HH금속에 대한 매출신고 누락액을 FF산업에 대한 선급금으로 계상해 놓았다가 2008년에 FF산업으로부터 그 선급금을 회수한 것으로서 매출액이 아니다.

가사 위 26억 5,000만 원을 선급금 회수금액으로 인정받지 못한다고 하더라도 위 금액은 매출액이 아니다{피고가 매출누락액으로 평가한 1,350,794,200원 중 1억 3,900만 원은 주식회사 II케이블(이하 'II케이블'이라 한다)로부터 기지급 선급금을 회수한 것이고, 5억 4,500만 원은 주식회사 HH금속(이하 'HH금속'이라 한다)으로부터 피해보상금으로 지급받은 것이며, 4억 3,400만 원은 원고의 전 대표이사이던 고EE이 관리하던 비자금이 입금된 것이고, 나머지 232,794,200원은 신AA가 주식회사 JJJ전선(이하 'JJJ전선'이라 한다)으로부터 대여받은 돈이다 }.

나아가 원고는 이후 위 26억 5,000만 원을 FF산업에 대한 선급금으로 계상해 놓은 것에 대하여 세무서로부터 가공자산 과다계상으로 지적받은 다음 위 금액을 익금산입・상여로 소득처분하고 귀속자를 신AA로 하여 신AA가 이에 대한 소득세를 납부하였으므로 다시 위 26억 5,000만 원에 대하여 과세하는 것은 이중과세로 위법하다.

나. 원고가 신AA에게 지급한 14억 3,900만 원은 신AA가 원고의 영업이익 창출에 기여한 데 대한 성과급 내지 영업이익 수수료를 지급한 것에 해당하므로 이를 법인세 계산시 손금산입하여야 하다.

3. 관계법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. FF산업으로부터 지급받은 금액이 매출액인지 여부

1) 인정사실

가) 원고는 2006년도 HH금속에 대한 매출액 57억 4,100만 원에 대한 매출신고를 누락하였다가 추후 위 매출액을 익금산입・유보로, 그에 대한 대응원가 3,215,000,000원을 손금산입・유보로 세무조정하여 법인세를 추가납부하면서 위 매출액 중 원고로의 입금이 확인되지 않는 26억 5,000만 원을 FF산업에 대한 선급금으로 회계처리 하였다.

나) 원고는 2008년 FF산업으로부터 26억 5,000만 원을 지급받았는데, 그 중 1,545,794,200원의 지급은 대부분 별지 '매출처별 매출누락 내역' 표 기재와 같이 HH금속, JJJ전선, II케이블 등 원고의 거래 회사들이 FF산업 명의 계좌에 입금한 금액을 원고가 FF산업으로부터 지급받는 방식으로 이루어졌다. FF산업은 2008년 당시 원고의 직원인 김KK(주식 30%), 정LL(주식 25%)가 주주였고, 2005. 8. 1.부터 2008. 1. 7.까지 사업장 소재지를 원고의 □□ 사무실인 □□구 □□동 1 □□빌딩 4층에 두고 있었던 회사이다. FF산업의 2007년 수입금액은 232,519,938원, 소득금액은 114,417,885원이었고, 2008년 수입금액은 569,893,225원, 소득금액은 49,784,927원이었다.

다) 그 후 2009년에 ○○지방국세청은 원고가 2006년도 매출액 중 26억 5,000만 원을 선급금으로 회계처리 한 것은 가공자산 과대계상에 해당한다고 지적하였고 이에 피고는 위 2006년도 매출액 26억 5,000만 원에 대하여 익금산입・상여 소득처분을 하면서 귀속자를 신AA로 지정하였으며 신AA는 위 처분에 따라 2006년 귀속 소득세를 납부하였다.

라) 원고의 대표이사인 신CC은 ○○지방국세청으로부터 세무조사를 받던 기간인 2011. 12. 9. 원고가 2008년도에 1,545,794,200원의 매출금액을 법인세 및 부가가치세 신고시 신고누락하였음을 확인한다는 확인서를 원고 및 본인의 명의로 작성한 다음, 신CC과 신AA가 2011. 12.경 위 1,545,794,200원에 관하여 거래일자, 매출액, 매출처, 자금의 흐름 등을 기재하여 작성한 별지 매출처별 매출누락 내역을 첨부해서 ○○지방국세청에 제출하였다. 위 별지 매출처별 매출누락 내역에는 '상기의 신고누락한 매출금액은 위와 같이 대부분 FF산업으로 입금받은 후 FF산업의 선급금을 회수하는 것으로 당해 법인에 재입금하였습니다'라고 기재되어 있다.

마) ○○지방국세청장은 별지 매출처별 매출누락 내역에 기재된 금액을 매입신고 누락액으로 평가하여 JJJ전선, HH금속과 원고 사이의 거래에 따른 위 매입누락자료를 각 관할 세무서장에게 통보하였고, 각 관할 세무서장은 JJJ전선, HH금속에 위 매입신고 누락액을 반영한 법인세(2008 사엽연도 법인세)를 부과하였다. JJJ전선, HH금속은 위 각 법인세 부과처분에 대하여 불복하지 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제9 내지 16, 23, 24호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2) 판단

원고가 2008년 FF산업 등으로부터 별지 매출처별 매출누락 내역 기재와 같이 지급받은 금액 중 2008. 6. 26.자 지급금액 1억 9,500만 원을 제외한 나머지 1,350,794,200원이 원고의 매출액인지 여부에 관하여 보건대, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 위 1,350,794,200원은 원고의 2008년도 매출액으로 봄이 타당하다.

① 원고는 2006년도 매출액 중 26억 5,000만 원의 회계처리를 위하여 위 금액을 원고의 관련회사인 FF산업에 대한 선급금으로 계상한 것일 뿐 FF산업에 실제로 위 금액을 선급금으로 지급하지 않았고, 2007년 및 2008년 당시의 FF산업의 소득 및 수익금액에 위 26억 5,000만 원이 반영되어 있지 않음에 비추어 볼 때 FF산업 또한 위 26억 5,000만 원을 선수금으로 회계처리 하지 않은 것으로 보이며, 2008년에도 FF산업이 원고의 거래처들로부터 금원을 입금 받아 이를 원고에게 지급한 것이지 FF산업의 자산에서 위 금원을 지급한 것이 아니므로, 원고가 2006년에 FF산업에 선급금 26억 5,000만 원을 지급하였다가 2008년에 FF산업으로부터 위 선급금을 회수하였다는 원고의 주장을 믿기 어렵다.

② 나아가 원고가 주장하는 것처럼 2006년도 매출액 26억 5,000만 원에 대하여 원고 및 신AA가 법인세 및 소득세를 납부하였다는 이유로 2008년에 FF산업으로부터 원고가 지급받은 26억 5,000만 원 중 일부에 대하여 법인세를 부과하는 것이 이중과세로서 위법하다고 하려면, 익금산입・상여 소득처분한 위 2006년도 매출액 26억 5,000만 원과 2008년에 FF산업으로부터 원고가 지급받은 26억 5,000만 원이 실질적으로 동일한 금원이라는 점이 인정되어야 할 것인데 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 처분을 이중과세로 볼 수 없다.

③ 원고의 대표이사인 신CC과 원고의 실질적 운영자인 신AA가 작성한 별지 매출처별 매출누락 내역에도 '상기의 신고누락한 매출금액은 위와 같이 대부분 FF산업으로 입금받은 후 FF산업의 선급금을 회수하는 것으로 당해 법인에 재입금하였습니다'라고 기재되어 있어 위와 같이 원고가 허위로 계상된 선급금 26억 5,000만 원의 회계처리를 위하여 2008년도 매출액 26억 5,000만 원을 FF산업에 대한 선급금 회수금인 양 가장하였다는 점을 뒷받침해준다.

④ 피고가 HH금속 및 JJJ전선에서 FF산업을 거쳐 원고에게로 입금된 금원을 HH금속 및 JJJ전선의 매입신고누락액으로 판단하여 HH금속 및 JJJ전선에 대해 과세처분을 한 것에 대해 HH금속과 JJJ전선은 불복하지 않았다. 이러한 점에 비추어 보면, 원고의 주장과 달리 위 1,350,794,200원은 별지 매출처별 매출누락 내역 기재 각 매출처에 대한 원고의 매출액으로 봄이 타당하고, 갑 제14 내지 16호증의 기재만으로 이를 뒤집기에 부족하다.

나. 원고가 신AA에게 지급한 금원의 성격에 관한 판단

1) 인정사실

가) 원고와 신AA 사이에 체결된 이 사건 약정은, ① 원고회사가 신AA에게 영업에 관한 모든 권한을 위임하고, ② 영업활동에 필요한 모든 지원을 제공하며, ③ 원고의 매출 실적이 2004년 매출실적 290억 원보다 100억 원 이상 증가한 390억 원을 초과하여 달성할 경우에는 신AA에게 1억 원에 100억 원 초과하여 증가한 매출액 10억 원당 500만 원씩을 가산하여 이를 영업활동 성공보수로 지급하기로 하는 내용이다.

나) 원고의 매출액은 2003년 160억 원, 2004년 294억 원이었다가 2005년 664억 원, 2006년 997억 원으로 점차 증가하였고, 2007년부터 2010년까지는 1,000억 원을 계속 초과하였다. 원고의 2006년부터 2009년까지 사이의 수입금액 및 사업연도소득금액은 다음과 같다.

(다음 생략)

다) 원고의 2007년부터 2009년까지 사이의 주주들에 대한 배당소득과 신AA에게 지급한 수수료의 금액은 다음과 같다.

(다음 생략)

[인정근거] 갑 제1호증, 을 제6, 8호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2) 판단

원고가 2007년부터 2009년까지 신AA에게 지급한 14억 3,900만 원이 영업비용에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 위 14억 3,900만 원은 원고가 신AA에게 영업위탁비용으로 지급한 것이 아니라 실질적으로 회사의 이익을 신AA에게 상여로서 지급하여 처분한 것에 해당한다고 보이므로, 이는 법인세 계산시 손금불산입하여야 한다.

① 원고와 신AA 사이의 이 사건 약정에 의하면, 원고가 신AA에게 지급하는 성과급 산정의 기준이 약정 당시인 2007년의 원고 매출액이 아니라 2004년의 원고 매출액과 2007년 이후의 원고 매출액의 차액이어서 위 약정상의 성과급을 신AA가 2007년 이후 원고의 영업 활동을 위탁해서 담당하는 것에 대한 대가로 보기 어렵고, 오히려 위 약정은 2007년 당시 원고의 매출액과 상당한 차이가 나는 2004년 매출액을 기준으로 삼아 신AA에게 향후 안정적으로 일정 이익을 분배해 줄 수 있도록 하려는 의도 하에 체결된 것으로 보인다.

② 이 사건 약정 체결 이후인 2006년부터 2009년까지 사이에 원고의 수입이나 각 사업연도소득이 특별히 증가하지 않았는바, 이 점에 있어서도 원고가 2007년부터 2009년까지 신AA에게 지급한 금원이 신AA의 영업 위탁 활동에 대한 대가라고 보기 어렵다.

③ 위 약정은 성과급의 일정한 상한을 예정해 두고 있지 않고 막연히 장래를 향해 원고의 2004년 매출액보다 매출액이 100억 원 이상 클 경우 계속하여 그 차액에 따라 일정 비율로 신AA에게 성과급을 지급하도록 되어 있기 때문에 위 성과급을 신AA가 2004년부터 2007년까지 원고에 기여해 온 노력의 대가로 보기도 어렵다.

④ 원고의 주주들은 신AA의 배우자, 신AA의 자녀들로 구성되어 있고, 신AA는 주주는 아니지만 실질적으로 원고의 경영에 영향력을 행사하는 자이며, 실제로 신AA가 원고로부터 2007년부터 2009년까지 지급받은 성과급의 액수는 60%의 주식을 소유한 신CC이 받은 배당소득의 액수와 유사하다.

다. 소결론

원고가 2008년에 FF산업으로부터 받은 금원 중 1,350,794,200원은 매출신고가 누락된 매출액에 해당하고 이에 대한 과세처분이 2006년도 매출액 26억 5,000만 원에 대한 과세처분과 중복되지 않으며, 또한 원고가 2007년부터 2009년까지 신AA에게 지급한 14억 3,900만 원은 영업비용이 아니라 원고의 이익을 신AA에게 상여로 지급한 것이라고 봄이 타당하므로, 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.