가. 청구인은 2002.12.24. OOOOO OO OOOOO OOOOO OOOOOO 107동 1006호(건물 전유부분 114.940㎡, 이하 “이 건 아파트”라 한다)를 취득하여 2008.10.20. 양도한 후 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 배우자가 OOOO OOO OO OO리 656-20 소재 무허가주택(주택면적 127.6㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 소유한 사실을 확인하여 청구인이 이 건 아파트 양도당시 1세대 2주택자로 보아 등기부 기재가액인 320,000,000원을 양도가액으로 하고 취득가액을 환산취득가액 255,399,061원으로 하여 2010.8.13. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 11,232,370원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.3. 이의신청을 거쳐 2011.3.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택의 소재지인 OO군이 주택투기지역이 아닌 토지투기지역으로 지정되었으나, 청구인은 국유토지를 대부받아 신축한 쟁점주택을 취득하였는바, 토지가 수반되지 아니한 쟁점주택이 「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호 다목의 지정지역에 소재하는 것으로 볼 수 없고, 설령 쟁점주택이 지정지역에 소재한다고 하더라도 쟁점주택은 청구인이 가끔 주말에 뇌경색을 치료하기 위하여 한의원을 방문하고 휴식 등을 보내기 위한 것으로 상시 거주하지 않는 농어촌주택이므로 이 건 아파트의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세의 규정을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의4 제1항 제1호 다목의 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역은 주택과 부수토지 및 주택과 부수토지 외의 지역을 모두 포함하는 규정인바, 청구인이 이 건 아파트 양도당시 1세대 2주택자로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주택을 「조세특례제한법」제99조의4 제1항에서 규정하고 있는 농어촌주택으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 국유재산관리관 OO군수와 청구인의 배우자 김OO이 2006년 8월 계약한 국유재산대부계약서에 의하면, OO군수가 2006년 8월에 OOOO OOO OO OO리 656-20 대지 281㎡ 및 같은 리 656-21 전 315㎡를 대지(주거)와 경작을 사용목적으로 청구인의 배우자인 김OO에게 2006.11.16.부터 2010.12.31.까지 대부하였다.

(2) 청구인이 제시한 2010년도 재산세(주택)과세대장에는 쟁점주택이 2002년에 신축되었고, 용도란에는 ‘농어가주택’으로 기재되어 있으며, 면적은 99㎡로 기재되어 있고, 기준시가는 24,200,000원으로 나타나며, OO군청의 개별주택가격열람에 쟁점주택의 면적이 127.6㎡로 나타난다.

(3) 기획재정부장관이 고시한 투기지역 지정·해제현황에 의하면, OO군이 2004.8.25. 주택외지정지역(토지투기지역)으로 지정되었다가 2008.1.30. 해제된 것으로 나타난다.

(4) 「조세특례제한법」제99조의4에 의하면, 일반주택을 보유하던 1세대가 농어촌주택 취득기간인 2003.8.1.부터 2008.12.31.까지 일정 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하는 경우에는 일반주택 양도시 1세대 1주택의 비과세규정을 적용할 수 있도록 규정하고 있는데, 같은 조 제1항에는 농어촌주택이 취득당시 광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 및 같은 법 제117조의 규정에 의한 도시지역 및 허가구역, 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역, 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령이 정하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것, 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 연면적이 150제곱미터 이내일 것, 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액의 합계액이 당해 주택의 취득당시 1억5천만원을 초과하지 아니할 것으로 규정하고 있으며,

「소득세법」제104조의2 제1항은 기획재정부장관이 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정지역으로 지정할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제168조의3 제1항에서 “지정지역”이라 함은 국토해양부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당 지역의 부동산가격 상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청하는 경우로서 기획재정부장관이 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역을 말하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 국유재산관리관 OO군수와 청구인의 배우자 김OO이 2006년 8월 계약한 국유재산대부계약서에 의하면, 쟁점주택의 토지는 국유토지를 대부받은 것으로 나타나고, 청구인이 제시한 2010년도 재산세(주택)과세대장상 용도란에는 ‘농어가주택’으로, OO군청의 개별주택가격열람에 쟁점주택의 면적이 127.6㎡로, 결정가격은 2006.1.1.기준 30,200,000원으로 무허가주택인 점, 쟁점주택 소재지인 OO군이 쟁점주택 취득시에 주택지정지역(주택투기지역)이 아닌 주택외지정지역(토지투기지역)으로 고시된 점, 기획재정부장관이 「소득세법」제104조의2 제1항의 지정지역을 주택지정지역(주택투기지역)과 주택외지정지역(토지투기지역)으로 구분하여 고시하는 점으로 보아 토지가 수반되지 아니한 무허가주택인 쟁점주택을 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역에 포함된 주택으로 보는 것은 불합리하다 하겠다. 따라서 쟁점주택은 「조세특례제한법」제99조의4 제1항에서 규정하고 있는 농어촌주택에 해당된다고 보이는바, 처분청이 이 건 아파트 양도당시 청구인을 1세대 2주택자로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.