청구인은 사업용부동산인 서울특별시 관악구 OOO동 OOOOO 소재 대지 367.6㎡ 및 건물 775.36㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 OOO에게 651,000,000원에 양도한 사실이 있다(매매계약일 91.5.16, 잔금지급약정일 91.5.20).

처분청은 쟁점부동산 양도가액 중 부가가치세가 과세되는 건물부분의 양도가액을 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항 및 제4항 제2호의 규정에 의하여 청구인의 장부가액(토지가액 157,000,000원, 건물가액 163,219,390원이며 이에 대하여는 청구인도 다툼이 없음)에 의하여 242,119,650원으로 안분계산하여 91.12.2 청구인에게 91년 제1기 부가가치세 29,054,357원을 결정 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.1.31 심사청구를 거쳐 92.5.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인은 쟁점부동산의 장부가액이 대지 157,000,000원, 건물 163,216,390원으로 기장되어 있다하여 대지의 평당가액이 600～700만원으로 호가하는 현실을 무시하고 부가가치세법이 아닌 시행령의 규정에 의하여 장부가액으로 환산 과세함은 실질과세원칙에 위배되는 것이므로 실지매매계약서에 의한 매매가액을 환산하여 과세하여야 한다는 주장이다.

국세청장은 쟁점부동산의 장부가액에 비례하여 과세표준을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건은 쟁점부동산의 실지양도가액 중 부가가치세가 과세되는 건물가액을 토지와 건물의 장부가액에 비례하여 안분계산한 처분의 적법여부를 가리는 데 다툼이 있다.

나. 관련법규정을 보면,

부가가치세법 제13조[과세표준] 제5항은 “제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제48조의 2[과세표준의 안분계산] 제3항은 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있으며, 동조 제4항은 “제3항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순서에 의한다(90.12.31 신설).

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계를 보면,

청구인은 토지가액과 건물가액의 구분없이 매매대금 651,000,000원으로 하여 91.5.16 청구외 OOO과 쟁점부동산 매매계약을 체결하였으며, 같은 날 계약금 및 중도금 350,000,000원을, 91.5.20 잔금 301,000,000원을 수령하기로 하였음이 처분청에서 제출한 쟁점부동산의 매매계약서 사본에 의하여 확인되고 있다.

다만 청구인이 심사청구시에는 쟁점부동산의 양도에 따른 부가가치세 과세표준을 공시지가에 의하여 안분계산할 것을 주장하면서 쟁점부동산의 매매계약서를 제출한 사실이 없었으나, 심판청구시에는 처분청이 과세근거로 한 쟁점부동산의 매매계약서와 다른 부동산매매계약서 사본을 제출하고 이에 의하여 토지가액과 건물가액을 계산할 것을 주장하고 있으나, 심판청구시에 제출한 쟁점부동산 매매계약서 사본이 사실이라면 심사청구시에 제출하여 실지거래가액에 의한 과세표준계산을 주장할 수 있었음에도 심사청구시에 이의제시나 주장이 없었던 것으로 보아 심판청구시에 제출한 부동산매매계약서 사본은 신빙성이 없는 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 위 부가가치세법의 규정에 따라 청구인의 장부가액에 의하여 건물가액을 계산하고 부가가치세를 과세한 것은 적법하다고 판단되므로 이 건은 청구주장이 이유없어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.