2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가2005. 3. 14. 원고에대하여한2001년귀속법인세65,757,518원,2002년귀속법인세1,197,922,160원,2003년귀속법인세1,982,467,638원,2002년271분부가가치세272,009,500원,2003년1기분부가가치세54,796,000원,2003년271분부가가치세439,109,800원의각부과처분은무효임을확인한다.

2. 예비적 청구취지

피고가 2005. 3. 14. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 법인세 65,757,518원, 2002년 귀속 법인세 1,197,922,160원, 2003년 귀속 법인세 1,982,467,638원, 2002년 2기분 부가가치세 272,009,500원, 2003년 1기분 부가가치세 54,796,000원, 2003년 2기분 부가가치세 439,109,800원의 각 부과처분을 취소한다.

가. 광주지방국세청장은 2004. 12. 1.부터 2005. 2. 25.까지 원고에 대한 조세범칙조 사(이하 '이 사건 조사'라 한다)를 실시하였는데 그 조사결과는 아래와 같다.

원고는, ① 인천 서구 ▼▼동 410-248 소재 ★★산기 주식회사(대표이사 이○○, 이하 '★★산기'라 한다)로부터 2003년 1,160,000,000원(부가가치세 별도) 상당의 가공세금계산서를 수취하고, ② 김포시 하성면 ♧♧리 456-2 소재 주식회사 ◁◁시스템(대표이사 허●●, 이하 '◁◁시스템'이라 한다)으로부터 2003년 1,000,000,000원(부가가치세 별도) 상당의 가공세금 계산서를 수취하였으며, ③ 부천시 ◇◇구 ◆◆동 24-8 소재 ◀◀기계공업 주식회사(대표이사 주◎◎, 이하 '◀◀기계'라 한다)로부터 2003년 730,000,000(부가가치세 별도) 상당의 가공세금 계산서를 수취하고, ④ 전남 화순군 도곡면 ▷▷리 231-3 소재 주식회사 ☆☆산업(대표이사 유□□, 이하 '☆☆산업'이라 한다)으로부터 2002년 780,000,000원, 2003년 450,000,000원(각 부 가가치세 별도) 상당의 가공세금계산서를 수취하였으며, ⑤ 전남 담양군 대전면 ■■리 969-1 소재 주식회사 ▽▽개발(전 대표이사 이△△, 2004. 5. 20. 상호를 주식회사 ▶▶이앤씨로, 대표이사를 강▲▲으로 변경, 이하 '▽▽개발'이라 한다)로부터 2002년 830,000,000원, 2003년 400,000,000원(각 부가가치세 별도) 상당의 가공세금계산서(위 @ 내지 @항의 각 세금계산서를 '이 사건 각 세금계산서'라 한다)를 수취하여 가공비용을 계상하였으므로, 이를 손금불산입하고, 또한, 원고는 ⑥ 2001. 2.부터 2003. 1.까지 법인자금 3,140,000,000원을 사외로 유출하여 공사발주처인 ♤♤시멘트 주식회사(이하 '♤♤시멘트'라 한다)의 당시 대표이사 이♠♠에게 공사사례금으로 지급함으로써 2001년 140,000,000원, 2002년 1,500,000,000원, 2003년 1,500,000,000원 상당의 법인자산을 부당하게 감소시켰으므로, 이를 익금산입한다.

나. 이에 피고는 2005. 3. 14. 원고에 대하여 2001년 귀속 법인세 65,757,518원, 2002년 귀속 법인세 1,197,922,160원, 2003년 귀속 법인세 1,982,467,638원, 2002년 2기분 부가가치세 272,009,500원, 2003년 1기분 부가가치세 54,796,000원, 2003년 2기분 부가가치세 439,109,800원의 각 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼없는사실,갑제1,2호증,을제1,10호증(각가지번호포함)의각기재,변론전체의취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은, 아래와 같은 위법사유가 있는바, 주위적으로는 그 하자가 중대ㆍ명백하므로 무효이고, 예비적으로는 취소되어야 한다.

(1) 원고는 하수급업체들로부터 가공세금계산서를 수취한 사실이 없으므로 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는♤♤시벤트에대출명의만을빌려주었고,대출금은모두♤♤시멘트가상환하였으므로,원고가법인자금을부당유출하였다는,사실과다른전제에선피고의이사건처분은위법하다.

(3) 원고는 갑 제2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 서류 외에 어떠한 과세자료도 등초할 수 없어 과세근거를 확인하지 못해 의견진술을 하지 못하였으므로, 이 사건 처분은 적정절차의 원칙을 위반한 것이다.

나. 판단

(1) 원고의첫째주장에대한판단

살피건대, 갑 제3호증의 2 내지 6, 갑 제21호증의 2, 4, 5, 을 제6호증의 2 내지 21, 을 제24, 30호증의 각 기재, 갑 제21호증의 3(원고는 갑 제21호증의 3이 수사기관 의 강요에 의해 작성된 것이라는 취지의 주장을 하나, 이를 인정할 만한 증거가 없다), 을 제21호증의 4, 을 제31, 32호증의 각 일부 기재와 이 법원의 ◀◀기계에 대한 사실 조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① ☆☆산업의 경우, ☆☆산업이 자금 사정으로 ♤♤시멘트 포항공장 클링카싸이로 신축공사와 ♣♣ 증설 부대공사에 참여하지 못하였음에도, ☆☆산업의 대표이사인 소외 유□□과 친분이 있는 원고의 이사 소외 최♥♥가 위 유□□에게 대가로 부가가치세 10%와 수수료 2-3%를 지급하겠다고 하면 서 가공세금계산서의 발행을 부탁하는 관계로, 2002년 클링카싸이로 신축공사 관련 세금계산서 3장 합계 780,000,000원 상당(각 부가가치세 별도, 이하 같다), ♣♣ 증설 부 대공사 관련 세금계산서 3장 합계 450,000,000원 상당을 발행하여 준 사실, ② ▽▽개발의 경우, 원고와 실제 거래사실이 없음에도, 원고의 대표이사인 이♡♡이 자신의 동생인 소외 이△△ 명의로 설립하여 실제로는 위 이♡♡이 운영하는 회사인 관계로, 2002년 클링카싸이로 신축공사 관련 세금계산서 3장 합계 830,000,000원 상당, 2003년 ♣♣ 증설 부대공사 관련 세금계산서 1장 400,000,000원 상당을 발행하여 준 사실, ③ ★★산기의 경우, 위 최♥♥의 요청에 따라 2003년 ♤♤시멘트 포항공장의 ♣♣ 증설 부대공사와 관련하여 ★★산기가 실제 공사하지 않은 부분(분쇄제조 투입설비 교체공사 등)이나 실제 공사한 부분에 있어 공사금액을 초과하는 금액에 관한 세금계산서 5장 합계 1,160,000,000원 상당을 발행하여 주고, 수회에 걸쳐 이중계약서를 작성하여 주었으며, 그 대가로 위 1,160,000,000원 중 700,000,000원의 10%에 해당하는 70,000,000원을 부가가치세 명목으로, 3%에 해당하는 21,000,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실, ④ ◁◁시스템의 경우, ♤♤시멘트 포항공장 전기공사 (추가공사 2건 포함)의 실제 공사금액 합계가 3,670,000,000원임에도, 위 최♥♥의 요청에 따라 공사금액의 합계가 4,670,000,000원인 것처럼 2003년 세금계산서 3장 합계 1,000,000,000원 상당을 추가로 발행하여 주고, 위 1,000,000,000원을 포함한 1,120,000,000원의 10%에 해당하는 112,000,000원을 부가가치세 명목으로, 위 1,000,000,000원의 5%에 해당하는 50,000,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실, ⑤ ◀◀기계의 경우, ♤♤시멘트 포항공장 SLAG MILL PLANT 부대설비 공사의 실제 공사금액이 3,900,000,000원임에도, 위 최♥♥가 공사대금 지급을 위한 자금마련을 위하여 은행 시설자금 융자를 추가로 받아야 하니 도급계약서를 변경하여 작성하여 달라고 요구하는 관계로, 공사금액의 합계가 4,630,000,000원인 것처럼 2003년 세금계산서 2장 합계 730,000,000원 상당을 추가로 발행하여 주고, 그 대가로 위 730,000,000원의 10%에 해당하는 73,000,000원을 부가가치세 명목으로, 2%에 해당하는 14,500,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실이 인정되고, 이에 어긋나는 듯한 갑 제14호증의 기재는 믿지 아니하며, 갑 제7 내지 12, 15 내지 19호증 (각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며 달라 반증이 없는 바, 위 각 인정사실에 의하면, 원고는 ☆☆산업, ▽▽개발, ★★산기, ◁◁시스템, 삼영기계로부터 합계 5,350,000,000원 상당의 허위의 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다 할 것이다.

(2) 원고의둘째주장에대한판단

살피건대, 갑 제21호증의 2, 6, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9, 33, 35호증, 을 제13 호증의 3 내지 7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 대표이사인 위 이♡♡이, ① 원고가 수령한 공사대금 중 2001. 2. 15. 100,000,000원을, 같은 해 9. 25. 40,000,000원을 당시 ♤♤시멘트의 대표이사였던 소외 이♠♠에게 공사사례금으로 각 지급하고, ② 2002. 5. 20. 원고 명의로 2,500,000,000원을 대출받아 위 이♠♠에게 지급한 후 같은 해 10. 24. 그 중 1;500,000,000원을 원고가 수령한 공사대금으로 상환하였으며(나머지 1,000,000,000원은 위 이♡♡이 개인 명의로 대출받은 금원으로 상환하였다), ③ 2003. 1. 6. 위 이♠♠에게 원고가 수령한 공사대금 중 1,500,000,000원을 다시 공사사례금으로 지급하여, 합계 3,140,000,000원의 법인자금을 부당유출한 사실이 인정되고 달리 반증이 없다.

(3) 원고의셋째주장에대한판단

살피건대, 원고가 갑 제2, 3호증(각 가지변호 포함)의 각 서류를 등초한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 인정사실에 의하면 원고에게 과세근거 등을 확인하여 의견 진술을 하기에 충분한 자료가 제공되었다고 보이므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 세금계산서가 실질거래에 기초한 것이고, 원고가 위 이♠♠에게 법인자금을 유출한 사실이 없음을 전제로 하는, 원고의 이 사건 주위적 청구와 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.